По мере развития холодной войны руководство США шло по пути предоставления всё больших полномочий ЦРУ. Отчасти это было связано с подлинными действиями советской агентуры, в частности в лице коммунистических партий, которые в ряде европейских стран, прежде всего во Франции и Италии, представляли серьёзную силу. Отчасти обстановка обострялась в результате объективных процессов послевоенного обнищания и разорения.

Аллен Даллес был привлечён к составлению проекта секретной директивы СНБ, разосланной избранному кругу лиц в высшей администрации 16 июня 1948 года под номером NSC 10/2290. Основные положения этой директивы настолько соответствовали настрою Аллена, что скорее всего её основным автором был именно он. Она предусматривала создание в рамках ЦРУ Управления специальных проектов, которое должно было заниматься именно тем, чего добивался Даллес — проведением секретных операций, неразрывно связанных со сбором информации. Директива исходила из того, что СССР, страны социалистического блока, коммунистические партии и группы проводят «тайную враждебную деятельность» с целью дискредитировать и подорвать международное влияние США и других стран Запада. На этом основании намечалось, наряду с открытыми акциями, приступить к массированным секретным действиям, носящим прежде всего разведывательный и контрразведывательный характер. На создаваемое с этой целью в рамках ЦРУ Управление специальных проектов возлагалась задача планирования и реализации шпионских и прочих подрывных акций в странах враждебного блока в соответствии с интересами Соединённых Штатов. Управление непосредственно подчинялось директору ЦРУ. Принципиальные направления и характер подрывной деятельности предусматривалось согласовывать с Госдепартаментом и Департаментом обороны, а в случае разногласий передавать вопрос на рассмотрение СНБ. При этом в проведение подрывных операций включались дипломатические представительства США в соответствующих странах (естественно, прежде всего в СССР) путём создания «соответствующих каналов» связи, причём ответственность за операции, проводимые под дипломатическим прикрытием, несло создаваемое управление ЦРУ. Специально оговаривалась необходимость проведения экономической войны, то есть подрыва хозяйственной деятельности стран, которые рассматривались в качестве ныне враждебных и потенциальных военных противников. На содержание Управления специальных проектов и его агентуры предусматривалось выделить необходимые средства в соответствии с расчётами ЦРУ.

Под тайными операциями подразумевались, как указывалось в директиве, такие действия, которые проводились бы по указанию или с разрешения правительства против враждебных государств или групп или в поддержку дружественных государств или групп таким образом, чтобы участие государственных органов США в них нельзя было бы доказать. В случае раскрытия таких акций официальные власти США должны были иметь возможность снять с себя любую ответственность за их проведение. К числу тайных операций были отнесены: пропаганда, экономическая война, «предупредительные прямые действия» (понятно, что за этим неопределённым термином скрывалось всё, что угодно, вплоть до убийства), саботаж, антисаботаж, оказание помощи подпольным движениям сопротивления, партизанским группам и группам, пытающимся добиться освобождения путём бегства. Оговаривалась также поддержка антикоммунистических элементов в странах свободного мира. В число тайных операций не включались шпионаж и контрразведка, так как они относились к разряду средств сбора информации и в ведение нового управления не включались.

Проект директивы был рассмотрен на заседании СНБ 17 июня 1948 года при участии президента Трумэна. После внесения в него незначительных уточнений (исключительно редакционного характера) документ был направлен весьма ограниченному кругу адресатов из числа высшей политической элиты США291.

Аллен не успокаивался. Он продолжал предпринимать разнообразные меры давления с тем, чтобы ЦРУ были предоставлены большие права, увеличено финансирование, резко усилены меры секретности. Через своих знакомых и друзей, в частности являвшихся членами Конгресса, он добился создания летом 1948 года по линии СНБ (и одновременно Конгресса) комиссии фактически под его руководством для проверки состояния разведывательных структур, прежде всего ЦРУ, и разработки рекомендаций правительству по совершенствованию разведки. В комиссию кроме Аллена вошли ещё два человека. Одним из них был Уильям Джексон, во время войны видный офицер разведки, хорошо известный и ценимый генералами Дуайтом Эйзенхауэром и Омаром Брэдли, а по окончании войны занявшийся банковским бизнесом. Вторым являлся Маттиас Корреа, в прошлом один из помощников Даллеса по разведывательной работе (он был ответственным агентом УСС в Италии), а после войны сотрудник разведки Департамента военно-морского флота. В правительственных кругах эту комиссию нередко называли группой Даллеса292. Да и сам Аллен в своей книге писал: «Президент Трумэн предложил мне возглавить комитет, состоявший из трёх членов... Мы должны были представить правительству доклад об эффективности ЦРУ в том виде, в каком оно было организовано согласно закону 1947 года, и о взаимодействии ЦРУ с другими государственными разведывательными органами»293.

В задачи группы входило, как говорилось в официальной инструкции, видимо составленной самим Даллесом, «оценить усилия ЦРУ и его взаимоотношения с другими учреждениями»294. Вначале, по всей видимости, предполагалось, что доклад, который представит группа Совету национальной безопасности, будет спокойным, что в нём будут отмечены лишь отдельные упущения ЦРУ.

Однако выводы комиссии оказались весьма тревожными. Объёмистый отчёт, который оказался в руках членов СНБ 1 января 1949 года (в нём было более 190 страниц) и который позже часто стали называть «отчётом Даллеса», оказался весьма критическим295. Он констатировал, что ЦРУ не выполняет эффективно те задачи, которые были поставлены перед ним законом о национальной безопасности. Авторы писали: «Главный дефект Центрального разведывательного управления состоит в том, что его руководство, административная организация и деятельность не показывают достаточно [высокой] оценки своих функций, особенно в отношении координации работы и производства разведывательных выводов и прогнозов. Результат состоит в том, что Центральное разведывательное управление имеет тенденцию просто стать ещё одним разведывательным учреждением, производящим разведывательную информацию в конкуренции с ранее созданными учреждениями правительственных департаментов»296.

Более того, доклад обвинял ЦРУ и особенно его директора того времени Хилленкоттера, что ведомство предоставляет правительству даже более скудную информацию, нежели разведывательные подразделения Департамента обороны и отраслевых военных ведомств. Рекомендовалось создать оценочный отдел ЦРУ, в который включить «избранную группу лиц» с большим опытом. Отраслевые разведывательные организации должны были тесно сотрудничать с этим отделом, снабжать его максимумом информации, фактически оказываясь в его подчинении. Только таким образом, заключала комиссия, сведения ЦРУ окажутся настолько достоверными, чтобы ими могли руководствоваться те, кто вершат политику в США.

Ещё одним важным вопросом, рассмотренным в докладе, являлось проведение тайных операций, к которым ЦРУ фактически ещё не приступило. Имея в виду крайнюю скудость сведений из «коммунистических стран», которые можно было бы получить на основании анализа открытых источников, Даллес вместе со своими соавторами рекомендовал создание единого Управления специальных проектов под руководством опытного разведчика.

Одним из важных результатов доклада группы Даллеса было увольнение (формально добровольный уход в отставку) Роскоу Хилленкоттера, который также был обвинён Трумэном в том, что не смог