11 августа Лисин вернулся в Кронштадт, он потопил 4 транспорта, в том числе два шведских, общим водоизмещением 10 000 брт.

16 октября С-7 снова вышла в море, однако была торпедирована финской подводной лодкой Vesihiisi. Лисин попал в плен, но был освобожден после финской капитуляции и продолжил службу в штабе Тихоокеанского флота. Позднее ему было присвоено звание Героя Советского Союза.

Напряжение в отношениях между СССР и Швецией было велико. Шведское правительство заявило русскому военно– морскому атташе, что шведским военным кораблям теперь отдан приказ «атаковать любую подводную лодку в случае угрозы, независимо от того, находится ли она в шведских территориальных водах или нет».

20 июля на входе в Финский залив Щ-303 (Травкин) потопил Aldebaran водоизмещением 7800 брт, который перевозил части 7-й горной дивизии. При отходе подводная лодка на глубине 27 метров столкнулась со скалой. От сильного удара торпедные аппараты получили повреждения, и Щ-303 вернулась на базу.

Семь советских подводных лодок первой волны, действовших в Балтийском море, снова вернулись на свою базу, их командиры были приняты лично Ждановым и получили поздравления. Они успешно провели 12 из 24 атак, и теперь «железная трасса» в Балтийском море была под угрозой. В то время как советские тральщики, атакуемые самолетами противника, пытались расчистить акваторию Финского залива от мин, в море по очереди вышли две новых волны подлодок: сначала 10 августа 6 бортов: Л-3 (Грищенко), М-96 (Маринеско), Щ-407 (Афанасьев), «Лембит» (Матиасевич), Щ-309 (Кабо) и Щ-310 (Ярошевич). Они уничтожали войсковые транспорты противника на входе в Ботнический залив и вдоль немецкого побережья. За ними в сентябре последовали С-13 (Маланченко) и С-9 (Мыльников). Лодка Щ-323 (Андронов), получив повреждения от взрыва мины, легла на обратный курс, М-97 и Щ-405 были потеряны.

4 сентября лодка «Лембит» атаковала конвой в районе Аландских островов. В ходе контратаки «Лембит» была повреждена патрульным катером, в носовой части начался пожар, подводная лодка легла на грунт. После 9 часов ремонта Матиасевичу удалось устранить повреждения и уйти. Эта же лодка 14 сентября торпедировала и повредила немецкий транспорт Finnland (водоизмещение 2300 брт), после чего вернулась в Кронштадт.

В конце сентября в море вышла третья волна лодок: Щ-308 (Костылев), С-12 (Тураев), Д-2 (Линденберг), Щ-307 (Момот), М-102 (Гладилин), Щ-320 (Вишневский), Щ-303 (Травкин) и 8 других бортов.

Лодка С-12 во время войны установила рекорд по продолжительности нахождения в море среди советских подводных лодок – 61 день (немцы достигли 127 дней). Шесть лодок – Щ-304, Щ-305, Щ-306, Щ-311, Щ-302 и Щ-320 – не вернулись из похода.

Советские подводные лодки в 1942 году провели 40 боевых походов, 30 из них в Балтийском море. 10 лодок было потеряно, 15 – повреждено.

12 января 1943 года Красная армия атаковала немецкие линии обороны у Ленинграда. Вермахт отступал, и, хотя германские войска еще удерживали северное и южное побережье Финского залива, ужасной блокаде пришел конец. Теперь снабжение Ленинграда можно было круглый год осуществлять по автомобильным и железным дорогам.

С 28 марта по 11 мая 1941 года немецкий корабль под руководством капитана 1-го ранга Чирха под прикрытием 5 истребителей установил перед входом в Финский залив двойные противолодочные сети – это была операция «Вальросс». Советская авиация не вмешивалась. Эта стена из стальных сетей служила для усиления заграждений, образованных установкой 10 000 мин с интервалом 20 метров, к которым были добавлены еще и вспомогательные заграждения. Эти заграждения доставили командирам еще оставшихся трех дивизионов подводных лодок, капитанам 1-го ранга Верховскому и Курникову, а также капитану 2-го ранга Кабанову, много проблем. 16 лодок было размагничено, в их носовом отсеке была установлена огромная пила для резки сетей. Несмотря на потерю 18 апреля лодки Щ-323 (Андронов), подорвавшейся на мине у Кронштадта, командование решило в первой половине мая отправить в море первую волну лодок. Три лодки типа Щ («Щука») – Щ-303 (Травкин), Щ-408 (Кузьмин) и Щ-406 (Осипов) – попытались прорвать блокаду. Только Щ-303 18 мая подошла к сети у Наргё. Травкин попытался на удалении менее 500 метров от побережья на глубине 18 метров проскользнуть между берегом и заграждением, но рули подводной лодки запутались в сети, и Травкин смог освободить лодку лишь после часа утомительной работы. Лодка повернула назад и 11 июня вернулась на свою базу. Ни Щ-406, ни Щ-408 назад не вернулись.

Июнь, июль, август. Восемь попыток преодолеть ужасное заграждение в итоге принесли потерю 4 лодок и повреждение 4 других. Советские подводные лодки оставались заблокированными в пределах Финского залива по октябрь 1944 года. Поэтому задача проведения атак на конвои противника, перевозившие с железную руду, была поставлена советской авиации ВМФ.

Военная и политическая ситуация складывалась благоприятно для СССР. На верфях Кронштадта проводился ремонт подводных лодок, завершалась постройка пяти «Катюш» и трех «Щук». Таким образом, в январе 1944 года к боевому применению были готовы 26 подводных лодок. Постепенно русские снова завоевали господство в восточном районе Финского залива, однако это господство стало эффективным лишь летом 1944 года вместе с освобождением Карелии.

В 1943 году сеть, установленная немцами на входе в залив, была разрушена штормами, и немецкий адмирал Куммец, командующий Балтийским морским районом, приказал установить новые заграждения.

Куммец с июля выделил для постоянного оперирования за сетями и минными заграждениями две или три подводные лодки. Им удалось потопить несколько советских патрульных катеров и тральщиков, а также небольшие финские грузовые суда.

30 июля U-250 (капитан-лейтенант Вернер Шмидт) была потоплена патрульным катером МО-103 (Коленко).

Куммец приказал вывести из Финского залива быстроходные катера, которым постоянно угрожали налеты советских бомбардировщиков, и заменил их старыми подводными лодками, которые не могли больше использоваться в Атлантике. На проходившее 9 июля 1944 года совещание Гитлер пригласил генерал-фельдмаршала Моделя, генералов Фрисснера и фон Грайма и гросс-адмирала Дёница. Он заявил: «Контроль над Балтийским морем очень важен для нас. Он (контроль) играет существенную роль для обеспечения импорта шведской руды, в которой мы остро нуждаемся для нашего вооружения и которая нам необходима для создания нового оружия подводного флота… »

До этого момента сходившие с немецких верфей новые подводные лодки проводили ходовые испытания в южном районе Балтийского моря, где их экипажи проходили обучение без помех со стороны СССР. И один из упреков, исходивших от некоторых критиков, состоял в том, что они вели свою собственную войну, не заботясь об общей военной ситуации.

После своей капитуляции 2 сентября 1944 года Финляндия порвала дипломатические отношения с германским рейхом и потребовала от него вывести германские войска из финской зоны, а также удалить военные корабли из финских портов. 26 сентября Швеция запретила немецким транспортам входить в свои территориальные воды и возобновила торговые отношения с СССР.