Несмотря на то что гражданская война в Китае продолжалась, Мао стал проводить первые чистки в рядах своих соратников. В октябре 1930 года он узнал, что руководство СССР планирует поддержать его кандидатуру на пост будущего главы Китайского коммунистического государства. Мао решил избавиться от конкурентов, используя методы Сталина — обвинения и террор. Своих противников он обвинял в заговорщичестве и клеймил их как «антибольшевиков». 20 декабря Мао направил в Шанхай рапорт, согласно которому в рядах китайской красной армии было обнаружено 4400 антибольшевиков. Уже тогда в своих очистительных кампаниях Мао использовал точные цифры, как будто количество подозреваемых можно было знать наверняка.

Мао подтвердил, что большинство антибольшевиков были подвергнуты пыткам и позже расстреляны. Страдания невинных Мао не волновали. Если жертвы не выдерживали и признавались даже в том, чего не совершали, то это, по мнению Мао, все равно было доказательством их вины, поскольку революционеры, верные идее, никогда не смогли бы оклеветать товарищей.

Против Мао поднялось восстание, которое возглавил корпусной комиссар Лю Ди. В январе в Футяне на стенах стали появляться плакаты, созданные противниками Мао, с его характеристиками: лживый, расчетливый, самодовольный и склонный к мании величия. Мао раздает приказы и запугивает, он не способен на переговоры. Если Мао высказывает свое мнение, все должны соглашаться, в противном случае он завалит противников выдуманными обвинениями.

Критику не услышали. По мнению руководства СССР, Мао необходимо было поддержать, чтобы продолжать сражаться против врагов революции. По мнению Юн Чжан и Джона Холлидея, в реалиях сталинизма инициатор чисток всегда побеждает, и поэтому самые безжалостные добиваются больше всего. Лю Ди и других повстанцев приговорили к смертной казни. Осужденных возили по улицам в клетках, как диких зверей, и приглашали всех желающих посмотреть на казнь.

7 ноября 1931 года, в очередную годовщину революции в России, коммунисты провозгласили создание Китайской советской республики, столицей которой стал город Жуйцзинь. Главой республики московским правительством большевиков был назначен Мао, должность которого официально звучала как «председатель Исполнительного центрального комитета» и позже сократилась до «председателя Мао». На вершине иерархической лестницы, однако, стоял другой человек, а именно Чжоу Эньлай, который обладал наибольшим авторитетом как партийный секретарь. Чжоу Эньлай был продуктивным управленцем, основал полицию безопасности и несколько подведомственных ему комитетов, с помощью которых осуществлялся жесткий надзор за гражданами. У членов комитетов свободного времени практически не оставалось, оно уходило на различные заседания, во время которых политические мнения и активность участников находились под пристальным контролем.

Когда Мао избрали главой молодой республики, он утратил свой титул главнокомандующего. Им стал Чжу Дэ, также назначенный на этот пост руководством СССР. Это вызвало гнев Мао, и он отказался смириться с перестановками внутри партии. Сражения против гоминьдановцев продолжались, но Мао думал только о себе.

Осторожный Чжоу Эньлай опасался мстительности Мао, примеры которой были перед его глазами. Он назначил Мао на пост главного комиссара армии. Тем не менее разногласия между Мао и его коллегами продолжались. Он постоянно бранил армейское руководство и отказывался отвечать на телеграммы и исполнять приказы.

На заседании в Нинду чаша терпения соратников Мао переполнилась, но в Москве его по-прежнему считали незаменимым. Армейское руководство раскритиковало Мао за неуважение к лидерам партии — и его сняли с поста комиссара. Должность отдали Чжоу Эньлаю.

Мао не оставил армию и продолжил бунтовать. Он по-прежнему обладал властью как глава республики. Мао продолжил поносить высшие армейские чины и приказывал офицерам игнорировать их приказы, взамен давая солдатам свои указания.

Мао не простил тех, кто выступил против него в Нинду. В особенности он обозлился на Чжоу Эньлая, который занял его место, хотя на самом деле тот пытался защитить Мао. Позже по приказу Мао Чжоу Эньлай не раз публично каялся в совершенных им ошибках. Отношения между Мао и Чжоу Эньлаем напоминали классическую проекцию — когда человек проецирует на других свои недостатки, полностью отрицая их наличие у себя.

Гражданская война продолжалась, и Чан Кайши, возглавивший Гоминьдан, в сентябре 1933 года начал масштабную атаку против коммунистов. Он заключил перемирие с японцами и всерьез принялся за коммунистов. Они вынуждены были бежать на север, пытаясь уклониться от открытого столкновения с Чан Кайши, и это бегство в итоге стало известно как Великий поход. Более 80 000 солдат вышли из Жуйцзиня, окруженного силами Гоминьданя. Женщин оставили в городе на милость войск Чан Кайши. Согласно договору, который Чан Кайши заключил с Советским Союзом, он оттеснил отряды коммунистов к северу. Сын Чан Кайши находился на тот момент в Москве — и кровопролития старались избежать. Великий поход завершился в 1935 году в Шэньси, бедной северной провинции. В живых остались лишь 8000 солдат.

Мао убедил американского газетчика Эдгарда Сноу, что большую часть пути — 9600 километров — он прошел пешком вместе со своими солдатами. Книга Сноу «Красная звезда над Китаем» оказала огромное влияние на имидж Мао, сложившийся в западных странах. Хотя вообще-то в походе Мао несли в паланкине. Как пишут Юн Чжан и Джон Холлидей, Мао сам спроектировал свой паланкин и во время марш-бросков читал в нем любимые книги. Cолдаты и офицеры жаловались Чжан Готао, другому видному партийному лидеру, что руководство армии, превозносившее товарищеское равноправие, которое якобы царило в их рядах, на деле бросало своих раненых и превращало солдат в носильщиков.

Новым форпостом Коммунистической партии в борьбе против японцев стал Яньань, старинный город в провинции Шэньси. Туда Мао переехал в 1937 году на долгие 10 лет. В Яньане было спокойно, поскольку СССР принудил гоминьдановцев и коммунистов к сотрудничеству в общей борьбе против Японии, а Чан Кайши пообещал коммунистам автономию. У Мао появилось время, чтобы углубиться в чтение и написание собственных трудов. Когда в марте 1943 года он официально стал председателем партийного секретариата и политбюро, он отложил в сторону ручку и книги и стал планировать новые чистки.

В Яньань со всей страны стянулись 40 000 молодых людей, чтобы сражаться против японцев. Они были идеалистами, и у Мао в их глазах не было авторитета. Он не обладал какой-то особенной харизмой, и многих раздражали привилегии, которые имело руководство. Мао воспользовался привычным методом разрешения проблем — нагнал страху. Он стал обвинять молодежь в шпионаже в пользу Чан Кайши. В апреле 1943 года многих арестовали и бросили в подземные пещеры, где пленников пытали, устраивали постановочные казни, ломали им коленные чашечки и подбрасывали ядовитых змей. Мао лично давал инструкции: пытки нельзя было прекращать слишком рано или слишком поздно, жертва должна была в состоянии продолжать нести военную службу. Мао Цзэдун инициировал движение под названием «Чжэнфэн» («Порядок в работе») — чистку партийных рядов, целью которой было унижение и подавление свободомыслия. Любые развлечения, включая песни и танцы, оказались под запретом. Вместо этого предлагалось «сосредоточиться на самокритике», а главное — превозносить самого Мао. Обмен письмами с внешним миром был запрещен. Молодежь должна была писать покаянные заявления и выступать с публичными раскаяниями в том вреде, который они якобы нанесли партии. В это время особенно процветали доносы и аресты. Арестованные на допросах вынуждены были указывать на «сообщников», чтобы спасти себя от расправы. У обвиняемых было лишь одно право — публично каяться.