Тральное дело тогда еще пребывало в самом зачаточном состоянии. На вооружении всех флотов мира состояли самые примитивные тралы. Между двумя судами закрепляли проволочный трос длиной 213 метров. Затем оба судна давали одинаковый ход и тащили за собой образовавшуюся петлю. При задевании троса за какое-либо препятствие суда останавливались и выясняли причину. Участвовавший в этом тралении лейтенант В.И. Ларионов (впоследствии участник Цусимского сражения на броненосце «Орел») вспоминал: «Тралили собственно не очень-то старательно и даже недобросовестно, так как пароходы не шли строго по вехам, а стало быть, оставляли мертвые пространства, а к тому же частенько подтягивали середину трала ближе к корме, чем бы это следовало». Водолазы, обследовавшие прибрежную часть предполагаемого района катастрофы с парохода «Буксир», тоже ничего не обнаружили. К тому же тогдашнее развитие водолазного дела не позволяло опускаться ниже 53 метров.

Для участия в поисках «Русалки» был задействован даже Кронштадтский воздухоплавательный парк. Воздушный шар транспортировала винтовая шхуна «Самоед». Сидя в корзине под шаром на высоте 400 метров, наблюдатель, вооруженный биноклем, терпеливо обозревал водную поверхность в надежде обнаружить на мелководье темное пятно — верный признак затонувшего корабля. Однако это начинание закончилось ничем. Очевидец писал: «Камни и банки заметны на глубине до 20–25 футов при благоприятных условиях освещения. Большие отмели до шести сажень глубиною издали заметно отличаются от более глубоких мест цветом воды, однако рассмотреть какие-либо предметы, лежащие на дне, невозможно…»

15 августа последовал приказ прекратить поиски. Впоследствии лейтенант Ларионов вспоминал: «…Осталось неосмотренным пространство площадью в 7,2 квадратные морские мили, и, по-моему, это пространство наиболее важно, так как оно значительно дальше от плавучего (Эрансгрундского. — В.В.) маяка. Большая часть осмотренного нами района, я думаю, и не могла похоронить у себя „Русалку“, так как в таком случае надо предположить, что она могла пройти почти незамеченной мимо маяка, что трудно допустить, даже принимая во внимание пасмурность».

Почему были прекращены поиски именно тогда, когда оставался необследованным как раз наиболее вероятный район нахождения затонувшего броненосца, можно только догадываться. Скорее всего, видя, что ажиотаж вокруг пропавшего без вести броненосца начал понемногу утихать, флотское начальство предпочло заняться делами более насущными. В конце концов генерал-адмирал великий князь Алексей Михайлович объявил:

— Задействовав все возможные силы и средства, я убедился, что «Русалку» отыскать немыслимо, если на помощь не придет сверхъестественное счастье.

Поиски броненосца закончились, однако расследование по факту его гибели только набирало обороты. В начале особой комиссией был произведен анализ технического состояния погибшего корабля, итогом которого стал соответствующий акт. Документ гласил, что по своему состоянию «Русалка» была вполне пригодна для плавания в прибрежной зоне еще в течение 18 лет. В 1891 году «Русалка» была поставлена в док, где были произведены необходимые корпусные работы. Тогда же на броненосец поставили новые котлы, рассчитанные на работу в течение 8–9 лет. Водоотливные средства были в полной исправности, их было достаточно, чтобы удалять воду, которая собиралась в трюме через щели в броневых болтах. Из официального заключения следственной комиссии о техническом состоянии «Русалки»: «…Корпус погибшего броненосца, служивший 26 лет, находится в той степени исправности, которая представлялась достаточной для судна, несшего службу в артиллерийском отряде исключительно на Ревельском рейде и имевшего возможность совершить свой переход к месту назначения и обратно при самых лучших условиях погоды… машина, котлы и водосливные средства… находились в исправном состоянии, которое само по себе, без содействия каких-либо побочных обстоятельств, не могло быть причиною гибели броненосца».

После предварительного расследования лично императором Александром III было велено назначить суд по делу «Русалки». В его состав вошли два военно-морских судьи, четыре временных члена в вице-адмиральских и контр-адмиральских чинах, в том числе начальник управления кораблестроения и старший морской флагман Балтийского флота. Председателем суда был определен опытнейший моряк вице-адмирал Пилкин 2-й. Обвинителем выступал младший флагман флота контр-адмирал Скрыдлов. Судебные заседания проходили в Кронштадте с 28 по 30 января 1894 года.

Старший судостроитель Глазырин, прекрасно знавший устройство и техническое состояние корабля, высказал на суде свое предположение, что причиной гибели «Русалки» могло стать попадание воды при особенно сильном волнении через люки в рубках, через закраины кожуха дымовой трубы и зазоры вращающихся орудийных башен. «Русалка» могла перевернуться, если из-за остановки машины ее развернуло бортом к волне. Сильный порыв ветра и мощный водяной вал могли положить ее на борт, вследствие чего броненосец должен был зачерпнуть бортом большую массу воды. Это еще более уменьшало его поперечную остойчивость. С верхней палубы, через имевшиеся отверстия, вода потоком лилась вниз. Нескольких минут было достаточно, чтобы ее скопилось столько, что при очередном крене она перелилась на подветренный борт и сместила центр тяжести корабля настолько, что он перевернулся и пошел ко дну.

Контр-адмирал Скрыдлов считал, что «Русалку» залило волнами в то время, как из-за порчи машины или повреждения руля она потеряла управление. При этом он допускал, что броненосец мог удариться об один из многочисленных камней в шхерах, по инерции пройти вперед и затонуть на глубине.

Взрыв парового котла, как и взрыв боезапаса, эксперты отвергли, поскольку все найденные вещи с «Русалки» были с верхней палубы и их смыло волнами. В случае взрыва были бы найдены и вещи из внутренних помещений.

Отвечая на вопросы обвинителя, контр-адмирал Бурачек заявил, что причиной гибели броненосца стала потеря капитаном 2-го ранга Иенишем ориентации из-за тумана, закрывшего маяки, что вынудило его уменьшить ход, а это сразу же увеличило воздействие на корабль ветра и волн. Командир изменил курс, вследствие чего корабль наткнулся на подводный камень.

30 января суд объявил предварительный приговор, а 14 февраля его окончательную редакцию, которая гласила: «Контрадмиралу Павлу Степановичу Бурачеку, 56 лет от роду, за недостаточную осторожность в выборе погоды для отправления броненосца „Русалка“ и лодки „Туча“ в море, противозаконное бездействие власти и слабый надзор за подчиненными объявить выговор в приказе, а командира лодки „Туча“, капитана 2-го ранга Николая Михайловича Лушкова, 39 лет от роду, за неисполнение приказаний начальника по небрежности и за противозаконное бездействие власти отрешить от должности…»

28 февраля 1894 года приговор утвердил император Александр III. 7 сентября 1902 года, в девятую годовщину гибели «Русалки», в Ревеле был открыт памятник погибшему броненосцу. Автором его стал известный скульптор Адамсон. Инициатором создания памятника выступил начальник Ревельского порта контр-адмирал Павел Вульф.

Столичный журнал «Нива» так описывал церемонию его открытия: