Несмотря на опасения его учителя, лорда Сент-Винсента, неудовольствие щепетильного короля Георга III, этот скандал никак не сказывается на карьере адмирала. В следующем году он получает звание вице-адмирала и под командованием сэра Гайда Паркера атакует датский флот в Копенгагене. За этот бой он получает титул виконта. После разрыва в 1803 году Амьенского мира Нельсон становится главнокомандующим Средиземноморским флотом и следующие 2 года ведет блокаду южного побережья Франции. В январе 1805 года флот Вильнёва прорывается в море и уходит к берегам Вест-Индии. Нельсон гонится за ним туда и обратно в Европу. После короткого отпуска с Эммой Гамильтон и их дочерью Горацией в Мертоне (графство Суррей) Нельсон становится во главе флота, блокирующего объединенный франко-испанский флот в Кадисе. Противник выходит в море, и 21 октября 1805 года возле мыса Трафальгар Нельсон встречает его. Бой завершается сокрушительной победой англичан, однако Нельсон умирает от раны, полученной в тот момент, когда исход боя был уже решен.

Автобиографическая справка, написанная самим Нельсоном в 1799 году, из которой взята большая часть приведенной выше информации, составлена очень скромно и прямо и не дает повода обвинить ее автора в тщеславии. Она скорее скрывает прекрасные качества флотоводца. Например, в ней даже не упоминается, что еще до Абукирского сражения Нельсон приобрел репутацию яростного воина, чей пыл не ослабел даже после тяжелых ран (Нельсон потерял глаз на Корсике в 1794 году и руку на Тенерифе в 1797 году). Эта слава пришла к Нельсону после того, как он лично возглавил абордажные партии, захватившие в феврале 1797 года в бою у Сент-Винсента испанские корабли «Сан Хосе» и «Сан Николас». Нельзя в ней было прочитать и о том, что высокая боеспособность его флота поддерживалась строгой дисциплиной, удивительным образом сочетавшейся с прямо-таки отеческой о своих моряках. Его физическая отвага, непоколебимая верность долгу, почти детская жажда боя и славы просто не подлежали сомнению. С другой стороны, эта справка благородно отдает дань тем, кто учил Нельсона или кому он был чем-то обязан, особенно виконту Худу, сэру Джону Джервису (граф Сент-Винсент), Его Королевскому Высочеству принцу Уильяму, герцогу Кларенсу (будущему королю Вильгельму IV), с которым он служил в Вест-Индии.

Такая поддержка была очень важна. Еще молодым капитаном во время службы на Подветренных островах Нельсон получил два выговора от Адмиралтейства за «пренебрежение правилами и обычаями службы». Вероятно, только дружба с принцем Уильямом спасла Нельсона от гнева Их Лордств. В 1783 году лорд Худ представил Нельсона королю Георгу III, который «был особенно внимателен» и почтил молодого капитана приглашением в Виндзор к принцу Уильяму. Не менее важным было то, что Адмиралтейство сумело распознать таланты Нельсона, и когда пришла нужда, сумело правильно их использовать. В начале 1798 года, когда французский флот в Тулоне начал проявлять повышенную активность, граф Спенсер, Первый Лорд Адмиралтейства, дал Нельсону «Вэнгард» и послал на соединение с флотом Сент-Винсента. В 1802 году преемник Спенсера лорд Барэм поставил Нельсона командовать флотом, который через 3 года сокрушил франко-испанскую морскую мощь при Трафальгаре. Когда командующим флотом был Сент-Винсент, он ждал рекомендаций Спенсера, чтобы продвинуть Нельсона вперед нескольких офицеров на пост командующего эскадрой, которая была послана в Средиземное море и начала кампанию, завершенную Абукиром. Сент-Винсент назначил на корабли Нельсона нескольких своих лучших капитанов. Эдвард Берри служил лейтенантом у Нельсона на «Агамемноне» и «Кэптене». Александер Болл служил под командованием Роднея в битве у островов Всех Святых в 1782 году. Томас Луис командовал линейными кораблями с 1783 года. Р. У. Миллер командовал флагманом Нельсона «Кэптен» в бою у мыса Сент-Винсент. Сэмюэль Худ не раз участвовал в боях во время Американской революции и принимал участие в оккупации Тулона в 1793 году. Бенджамен Хэллоуэл сражался вместе с Нельсоном на Корсике при осаде Бастии и Кальви, находился на флагманском корабле Джервиса у мыса Сент-Винсент. Томас Трубридж командовал кораблем, возглавлявшим английский флот в том же бою и вместе с Нельсоном атаковал Тенерифе. Томаса Харди все помнят как флаг-капитана Нельсона при Трафальгаре. Томас Фоли и Джеймс Сомарец сражались у мыса Сент-Винсент. Все они входили в «шайку братьев», которая заслужила бессмертную славу в бою при Абукире.

Со своей стороны, Нельсон прилагал все силы, чтобы наладить теплые отношения со своими капитанами. Во время частых совещаний он подогревал их энтузиазм, добивался сплоченности, тактического взаимопонимания. Он хотел, чтобы в бою каждый командир использовал малейшую возможность для захвата инициативы. Сам Нельсон дал этому прекрасный пример. В бою у мыса Сент-Винсент он вышел из строя, чтобы захватить удирающие испанские корабли. Его понимание боя не было интуитивным, так как оттачивалось многими годами учебы. Нельсон старательно изучал тактику, которую ему умело преподавал адмирал Худ. Худ еще в 1783 году сказал принцу Уильяму-Генри, что молодой капитан «сможет дать ему больше информации по морской тактике, чем любой другой офицер флота». Флаг-капитан Нельсона Берри в мемуаре, написанном после боя у Абукира, отмечал, что во время поисков флота Брюэса квартердек «Вэнгарда» стал

Такая тщательная подготовка Нельсоном своих офицеров резко повышала боеспособность флота в ту эпоху, когда флажная сигнализация была еще слабо развита. Первая словарная сигнальная книга поступила на корабли британского флота лишь в сентябре 1805 года у Кадиса. Поэтому не удивительно, что в момент начала боя при Абукире и Трафальгаре сигналы не слишком требовались. Действительно, при Трафальгаре знаменитый сигнал Нельсона: «Англия ожидает, что каждый исполнит свой долг» — встретил ехидную реплику его младшего флагмана. Коллингвуд заметил: «Я хотел бы, чтобы Нельсон прекратил сигналить. Мы и так хорошо знаем, что нам следует делать». Именно здесь лежит ключ «нельсоновской манеры командования». Нельсон готовил своих капитанов так, что на любое изменение ситуации в бою они реагировали инстинктивно, не задумываясь. Поэтому можно сказать, что корабли и капитаны являлись исполнителями воли адмирала.

Тактика, которую применили Нельсон и его капитаны в боях при Абукире и Трафальгаре, не была совершенно новой, да и сами они не были безрассудными смельчаками. Однако они были достаточно отважными, чтобы порвать с принятыми правилами. Боевые инструкции, восходящие к XVII веку, заложили основы регламентации маневров во время морского боя, и эти маневры были схожи с теми, что применяет армия на суше. В обоих случаях целью сражения становилось не уничтожение противника, а достижение так называемого стратегического преимущества и сохранение армии и флота «in-being». Требование сохранять линию кордебаталии мешало агрессивным адмиралам и позволяло противнику, который не желал сражаться, достаточно легко выходить из боя. В результате упрямые попытки Грейвза в бою в Чезапикской бухте в 1781 году стоили ему победы. И тогда наиболее предприимчивые британские адмиралы стали прорывать вражескую линию, чтобы помешать противнику бежать. Нельсон довел эту тактику до логического завершения, используя сосредоточение сил и постановку противника в два огня, то есть атакуя его с обоих бортов. В результате достигалось уничтожение вражеского флота. Во время боя Славного Первого Июня в 1794 году Хоу с 25 кораблями частично прорвал линию французов и захватил 6 из 26 линейных кораблей противника. В бою у мыса Сент-Винсент флот Джервиса, состоящий из 15 кораблей, захватил 4 из 27 испанских линейных кораблей. 2 корабля захватил Нельсон, самостоятельно выйдя из линии. В бою у Кампердауна в октябре 1797 года Дункан, имевший 15 линейных кораблей, прорвал вражескую линию в 2 местах и захватил 8 из 15 голландских кораблей. При Абукире Нельсон уничтожил 11 из 13 вражеских линейных кораблей. При Трафальгаре Нельсон имел 27 линейных кораблей. Он сумел захватить 20 вражеских кораблей из 33 (18 французских и 15 испанских).