Истинной проверке командирские качества Нельсона подвергались, когда требовалось найти противника и потом уничтожить его в битве. В 1798 году Нельсон сразу правильно предположил, что Бонапарт направляется в Египет. Затем, после долгих поисков, он обнаружил французский флот в Абукирской бухте, пошел на оправданный риск, проведя свой флот вплотную к береговым мелям, чтобы атаковать французскую линию с двух сторон. Учитывая прекрасный уровень подготовки, агрессивность и высокий моральный дух британских моряков, такой маневр практически гарантировал уничтожение врага.

В 1798 году Средиземноморская кампания, кульминацией которой стало Абукирское сражение, сохранила Британии инициативу в морской войне. В 1796 году армия Бонапарта сокрушила Австрию и захватила большую часть Итальянского полуострова. Франко-австрийское соглашение, подписанное в Кампо-Формио, позволило французам установить свою гегемонию почти во всей Западной Европе. Испания переметнулась к противнику и заключила союз с Францией. Пруссия оставалась нейтральной, а франко-русский союз выглядел вполне реальным. В Булонском лагере готовилась армия вторжения, чтобы высадиться на берегах Англии. Впервые за годы войны Великобритания осталась одна.

Постоянной головной болью Адмиралтейства была перспектива прорыва Тулонского флота в Атлантику. Британским эскадрам, стоящим в Гибралтаре и Лиссабоне, вероятно, удалось бы помешать этому. Но контроль над Средиземным морем сам по себе имел огромное стратегическое значение для Англии. Защита морского пути на восток, в частности — в Индию, делала совершенно необходимой защиту независимости Неаполитанского королевства и Оттоманской империи, включая Египет. Вдобавок присутствие британского флота на Средиземном море вынуждало Францию и Испанию делить свои морские силы и не позволяло противникам Британии сосредоточить весь флот в Атлантике.

Победы Бонапарта сделали необязательным присутствие британского флота к востоку от Гибралтара. При отсутствии союзников на континенте британские линейные корабли не могли ни затормозить продвижение французских армий, ни убедить континентальные государства вроде Неаполя остаться в британской орбите. Сверхосторожный британский командующий вице-адмирал сэр Уильям Готэм в 1795 году дважды отказался дать бой Тулонскому флоту и потерял господство в Средиземном море. Несколько фрегатов и других небольших кораблей, которые он отрядил для действий против французского судоходства и атаки прибрежных войсковых конвоев, не сыграли никакой серьезной роли. Пока французский флот бездеятельно стоял в Тулоне, англичане вполне могли временно вывести флот из Средиземного моря.

Однако в марте и апреле 1798 года Адмиралтейство получило несколько сообщений, указывающих на то, что французы собрали в Тулоне множество кораблей. Туда же прибыла армия численностью около 80000 человек. Спенсер, Первый Лорд Адмиралтейства, и военный министр Дандас опасались, что французы попытаются прорваться через Гибралтарский пролив в Атлантику и прибыть в Брест для завершения подготовки к вторжению в Англию. Однако все карты путали другие сообщения, которые говорили, что целью Бонапарта станут Неаполь, Египет и Левант. Но в любом случае французскому флоту нельзя было позволить выйти в море. Премьер-министр Уильям Питт-младший отчаянно пытался сколотить вторую коалицию для войны против Франции. Вероятных союзников можно было привлечь на свою сторону, только снова установив господство на Средиземном море. Это лишило бы французский флот свободы действий, сняло бы угрозу Оттоманской империи и важнейшим торговым путям в Адриатике. Британскому правительству казалось, что «появление британской эскадры на Средиземном море станет тем фактором, от которого в данный момент зависит судьба Европы». Именно так заявил Спенсер Сент-Винсенту.

В это время Нельсон поднимает свой флаг на мачте «Вэнгарда» в качестве адмирала Синего флага и 1 мая 1798 года присоединяется к флоту Сент-Винсента возле Кадиса. Через неделю он входит в Средиземное море в качестве командира разведывательной эскадры, состоящей из 74-пушечных кораблей «Вэнгард» (капитан Берри), «Орион» (Сомарец) и «Александер» (Болл) и 3 фрегатов. Он должен был следить за действиями французов в Тулоне. Сначала фрегаты действовали хорошо. «Терпсихора» захватила французский корвет, экипаж которого подтвердил, что Бонапарт находится в Тулоне и войска грузятся на корабли, однако никто совершенно ничего не знал об их пункте назначения. В гавани были обнаружены 19 линейных кораблей, из которых 15 могли немедленно выйти в море. Но 20 мая Нельсона постигла серьезная неудача. Северо-западный шторм отбросил его корабли на юг, «Вэнгард» потерял фок-мачту и две стеньги. Действуя в истинно нельсоновском стиле, капитан Болл отказался выполнить приказ адмирала и оставить «Вэнгард» в одиночестве. Несмотря на опасную близость берега, «Александер» сумел взять «Вэнгард» на буксир и отвел его на стоянку к островку Сан-Пьетро у берегов Сардинии. Именно так поступил сам Нельсон в прошлом году, когда на фрегате «Минерва» рисковал, чтобы спасти Харди от захвата испанцами. Такие эпизоды выковали нерушимые узы, связывавшие Нельсона с его капитанами. Через 4 дня на «Вэнгарде» поставили временные мачты. Более серьезные последствия имел уход фрегатов. Их командир капитан Хоуп решил, что «Вэнгард» все равно уйдет в док на ремонт, и увел разведывательные корабли в Гибралтар. До самого конца кампании Нельсон страдал от нехватки фрегатов, «глаз флота», как он сам их называл. Теперь ему приходилось полагаться на сведения, полученные от захваченных судов, в основном французских и итальянских, а также на донесения консулов и других британских дипломатов в иностранных портах. Огромную пользу адмиралу принесли депеши, которые доставлял бриг «Ла Мутин» капитана Томаса Харди.

Когда Нельсон снова вернулся к Тулону, порт оказался пуст. Армада Бонапарта, состоящая из сотни войсковых транспортов и судов снабжения в сопровождении 13 линейных кораблей и 7 фрегатов вице-адмирала Брюэса, который держал флаг на 120-пушечном «Ориане», незаметно вышла в море, воспользовавшись штормом. Нельсон знал ничуть не больше, чем в тот день, когда отделился от Сент-Винсента со своими 3 линейными кораблями. Теперь ему предстояло, не имея легких судов, отыскать противника, который растаял за горизонтом и мог направиться куда угодно — на запад в Атлантику, на восток в Италию, Египет или Левант. Решение, которое предстояло принять Нельсону, имело решающее значение для исхода всей войны. Если он направится на восток и ошибется, противник сумеет прорваться в Атлантику. При этом появлялась опасность, что французы смогут ускользнуть и от флота Сент-Винсента, находившегося возле Кадиса.

Тем временем Сент-Винсент получил директиву Адмиралтейства с приказом послать 12 линейных кораблей в Средиземное море, «чтобы расстроить намерения Тулонского арсенала, каковы бы они ни были». Этим флотом мог командовать сам Сент-Винсент, или поручить это «кому-либо из адмиралов». К директиве было приложено личное конфиденциальное письмо лорда Спенсера, который просил Сент-Винсента не брать на себя командование экспедицией. «Я думаю, что почти необходимо предложить вам отдать эскадру под командование сэра Г. Нельсона, знакомство которого с этой частью света, а также его активность и предусмотрительность, делают его особенно подходящим для выполнения этой задачи».