Чапаевцев под Уфой контратаковали части 4-й и 8-й дивизий, это были обычные крестьяне и горожане, как добровольцы, восставшие против советской власти летом 1918 года, так и мобилизованные. Неудача этой атаки — следствие не только ее плохой подготовки, но и вызванных кинжальным огнем чапаевцев потерь и растерянности бойцов, часто остававшихся без офицеров и даже унтеров. Комиссар 220-го Иваново-Вознесенского полка Ефим Капустянский описывал этот бой по горячим следам: «9 июня в 10–11 часов неприятель двинулся восемью цепями на наш полк. Несмотря на то что не спали две ночи и не имели два дня ни крошки хлеба во рту, наши солдаты дрались как львы. После боя подтвердилось, что были уничтожены три неприятельских полка: 15-й Михайловский, 14-й и 16-й Уфимские во главе со всеми командирами — убитыми, ранеными и попавшими в плен, а также присланные на поддержку 29-й и 31-й полки, бежавшие в панике, несмотря на останавливающий их нагайками 5-й кавалерийский полк, который также в панике бежал».

Панический характер отступления 4-й и 8-й дивизий и полное уничтожение большинства полков, участвовавших в контратаке утром 9 июня, — большое преувеличение. Это был поспешный, но все же организованный отход. Однако человек, принимавший непосредственное участие в боях с белыми, каппелевцев в рядах противника не заметил. Фрунзе в своих донесениях также указывал, что против чапаевцев действуют 4-я и 8-я дивизии белой армии и сибирские казаки и не упоминал о присутствии Волжского корпуса на этом участке.

Белые не были разгромлены и не потеряли боеспособности, тем не менее успех Красной армии был налицо. Выдающуюся роль в нем сыграли 25-я дивизия и личное участие в бою ее командиров, в том числе Василия Чапаева. Известный военный специалист и военный историк Николай Какурин в книге «Как сражалась революция» писал: «В ночь с 8-го на 9 июня попытки наших частей переправиться через р. Белую на остальных участках по-прежнему не увенчались успехом, а между тем противник, сосредоточив сильные резервы, усиленно атаковал наши части, переправившиеся у Красного Яра. Одно время здесь назревал благоприятный для него перелом, когда некоторые полки 25-й дивизии поколебались и осадили на переправы, но личный пример командования и начальников скоро увлек их вперед, тем более что противник в своих контратаках, по-видимому, истощил свои последние усилия, и к вечеру 9 июня части Красной армии вновь вступили в Уфу. Окончательным своим результатом, благоприятным для красного оружия, Уфимская операция обязана 25-й стрелковой дивизии, на которую и пала вся тяжесть боев за Уфу. Этот успех достался ей не даром: за два дня боя она потеряла около 2 тыс. человек… Потери противника были еще больше и по приблизительным подсчетам достигали 3 тыс. человек. Окончательно надломленный и очистивший уже Уфу противник некоторое время упорно еще держался против Ударной группы Туркестанской армии, препятствуя до 16 июня ее попыткам переправиться через Белую».

Взятие Уфы было значительным успехом: занят крупный город и железнодорожный узел, в котором захвачены значительные запасы военных материалов и миллионы пудов продовольствия, необходимого Красной армии для дальнейшего продвижения на Урал. 10 июня Михаил Фрунзе отмечал в приказе по Южной группе Восточного фронта: «9 июня после ряда упорных боев доблестными полками 25-й стрелковой дивизии взята Уфа. Нами взято много пленных, пулеметов, оружия. Разбитый и понесший огромные потери противник обращен в бегство и спешно уходит на северо-восток…»

В письме в Иваново-Вознесенский губком партии Фрунзе писал о выдающейся роли 220-го стрелкового полка, сформированного из рабочих города; командарм отметил, что полк первым переправился через реку и преодолел с непрерывными боями 25 верст, несмотря на сильное сопротивление противника и недостаток патронов. Исключительную стойкость «ткацкого» полка отмечал в своих приказах и Чапаев.

10 июня неоправившийся от контузии Фрунзе прибыл в Уфу, где его встретили раненый Чапаев и Фурманов. Командарм, не дождавшись окончания рапорта, попытался отчитать начдива за несоблюдение рекомендаций врачей, а комиссара — за нежелание повлиять на командира. Чапаев ответил: «Я, Михаил Васильевич, как предписали врачи. Они, точно, предписали мне покой. Но я так понимаю, что покой мне будет только в Уфе, среди своих бойцов. А военком не мог согласиться со мной, когда я приехал, он же не мог меня беспокоить… Даже не спорили…» Чапаев перешел в наступление и, в свою очередь, упрекнул Фрунзе и Тронина за то, что они прибыли в Уфу, не оправившись после боевых ранений.

Возможно, Чапаеву, привыкшему находиться среди бойцов, в центре внимания и событий, действительно было неуютно в госпитальной палате и он надеялся быстрее выздороветь «на ногах». Такой психологический эффект вполне вероятен. Кроме того, Чапаев понимал, что его присутствие в дивизии повышает боевой дух красноармейцев, дисциплинирует их при вступлении в большой город, смягчает возможные эксцессы. «В окно заглядывают восторженные чапаевцы. Но у окна не задерживаются. Какая-то особенная деликатность, чуткость. Взглянет, увидит знакомую приземистую фигуру во френче, с забинтованной головой, улыбнется и отойдет. Чапаев с нами. Больше ничего и не надо», — писал впоследствии Тронин.

Стороны подводили итоги боев. Красные праздновали победу и возвращение под свой контроль одного из богатейших хлебопроизводящих районов России, сохранение самарских, симбирских, ижевских и боткинских заводов, производивших вооружение, боеприпасы и военное снаряжение. Фрунзе в интервью «Известиям» сказал, что «Колчак сломан и разбит на пять шестых… По существу, вопрос с Колчаком решен. Его последнее контрнаступление под Челябинском, где он собрал свои последние силы, закончилось для него полным крахом».

Белым оставалось зализывать раны, печалиться о нереализованных возможностях, анализировать причины неудач и готовиться к предстоящему отступлению. «Этот период закончился попыткой армейского командования при работе нового штаба организовать сопротивление сначала западнее р. Белой, а затем на Белой. Результаты были слабыми. В первом случае все предположения оказались необоснованными и несоображенными с временем и состоянием частей; успеха от маневра Уральской группы не получилось. Сибирские казаки под руководством генерала Волкова не оправдали возлагавшихся на них надежд. Во втором переоценили значение р. Белой как преграды. Армейское командование, видимо, подошло к этой оценке с меркой обычной войны, а не гражданской. В гражданской войне (когда тыл неспокоен) очень плохо удерживаются именно крупные пункты, хотя бы они имели хорошие укрепления или естественные преграды.

На реке Белой были успешные боевые эпизоды, но в общем в первых числах июня Уфа была снова отдана красным — начался отход к Уралу и за Урал с мелкими ежедневными, изнурительными боями. Это было окончательной ликвидацией нашего весеннего наступления. Надежды на то, что положение скоро изменится, уже не было», — писал Петров. Впрочем, по его убеждению, в тот момент белый фронт еще не чувствовал обреченности и надеялся повторить опыт зимы 1918/19 года, когда слабые белые дивизии и корпуса удержались на западных склонах Уральского хребта и затем перешли в наступление.

Будберг смотрел на положение дел более мрачно: «На фронте никакого просвета, и армии безудержно катятся на восток, потеряв, очевидно, способность остановиться, задержаться и начать оказывать сопротивление… Ставка упорно не желает понять всю грозность положения и продолжает цепляться за надежду какого-то чудесного поворота в нашу пользу. По сведениям приезжающих с фронта строевых офицеров, высшие и низшие штабы переполнены законными и незаконными женами, племянницами и детьми… солдат заброшен; штабы доносят заведомую неправду; при эвакуации Уфы раненых бросили, а штабы уходили, увозя обстановку, мебель, ковры, причем некоторые лица торговали вагонами и продавали их за большие деньги богатым уфимским купцам; что за последнее время грабеж населения вошел в обычай и вызывает глухую ненависть самых спокойных кругов населения».