Адмирал был слаб от ран и приступов лихорадки, и Гамильтоны настояли, чтобы он поселился в палаццо Сесса. Его разместили в просторном покое с видом на залив. Эмма начала преданно ухаживать за ним, одновременно занимаясь грандиозными приготовлениями к празднованию сорокалетия Нельсона. На прием были приглашены капитаны всех английских судов, стоявших на рейде Неаполя, причем им предлагалось взять с собой всех офицеров и мичманов, свободных от службы. Празднество состоялось 29 сентября 1798 года. На обед у сэра Уильяма было приглашено 80 человек, на бал явилось 1740, на ужин — 800 человек. Стол был сервирован с исключительной изысканностью, на каждом столовом приборе красовалась надпись «Г. Н. Во славу 1 августа».

Нельсон был неравнодушен к женским чарам, совершенно естественная черта для моряка, постоянно находившегося в походах. Широко известен его роман с оперной певицей из Ливорно Аделаидой Коррелья. Он даже заказал для нее у местного художника свой портрет-миниатюру и, будучи человеком довольно прижимистым, тем не менее, посылал ей деньги через английского купца и уполномоченного адмиралтейства в Ливорно. Конечно, чувственная красота, простота обхождения леди Гамильтон и ее склонность к бурному проявлению эмоций произвели сильное впечатление на непритязательного моряка, не привыкшего к рафинированному обществу.

Трудно сказать, каковы были чувства леди Гамильтон в отношении героя в начале их знакомства. Следует напомнить, что сэр Уильям в ту пору уже был немолодым и хворым человеком. Безусловно, Эмма любила мужа, но эта привязанность была лишена глубокой страсти. По ее собственному признанию, «он мне лучший муж-товарищ…, хотела бы сказать "отец", но в то же время какое счастье и благословение было бы иметь детей». Ей исполнилось уже тридцать три года, она начала полнеть, что заметно по ее портрету в виде Ариадны кисти Виже-Лебрён, но, по свидетельству современника, «лицо ее действительно прекрасно… Она являет собой какое-то совершенно невиданное сочетание: сама естественность и в то же время само искусство». Когда Эмма ухаживала за больным Нельсоном, ей было лестно, что этот герой поверял ей свои чувства, изливал все наболевшее на сердце, ибо видел в ней глубокое понимание и отзывчивость, которых не находил в жене. Чувствовать уважительное отношение и даже преклонение со стороны героя было чрезвычайно соблазнительно для женщины с прошлым Эммы, дочери кузнеца.

Поражение французского флота взбодрило воинственный дух неаполитанцев и укрепило положение королевской четы. По требованию Марии-Каролины и настоянию сэра Гамильтона, поддерживаемого Нельсоном, Парижский договор с Францией был расторгнут, французский посол Гарат выслан, сформирована армия из 70 тысяч человек под командованием австрийского генерала Мака с целью восстановления власти папы в Папской области (ставшей после оккупации французами Римской республикой). 23 октября 1798 года неаполитанские силы вошли в Рим как завоеватели, но долго не продержались. Уже 14 декабря наступление французов вынудило их сначала отступить, а затем спасаться бегством.

Возникла угроза столкновения наступающих французов с местным плебсом, который давно требовал выступить против безбожной Франции. Король, будучи не в силах организовать отпор, решил тайно бежать в Палермо на Сицилию. Под покровом ночи леди Гамильтон, рисковавшей быть растерзанной разъяренной толпой, удалось переправить драгоценности короны, казну и большую монаршую семью (включая новорожденную дочку наследного принца) с огромным штатом на флагман Нельсона «Передовой». Сэр Уильям занимался отправкой лучших картин из своего собрания и коллекции из 2 000 античных ваз на английском корабле «Колосс».

23 декабря, после некоторой задержки ввиду ожидавшегося шторма, перегруженные корабли, на которых царил невиданный беспорядок, взяли курс на Палермо. Налетела ужасающая буря, по признанию Нельсона, он сам не мог припомнить, «чтобы так задувало». Сэр Уильям, человек далеко не робкого десятка, засел в каюте с заряженными пистолетами в обеих руках, обещая спустить курки, как только корабль начнет тонуть, дабы не умирать, глотая соленую воду. Леди Гамильтон вновь проявила себя безупречно: она ухаживала за больными, отдала королевской семье свои постельные принадлежности, сама отказавшись ложиться спать. Она нянчила шестилетнего принца Альберта, бившегося в конвульсиях, мальчик умер на ее руках на другой день. Утром 26 декабря «Передовой» вошел в бухту Палермо, на которую падал снег. Семья расположилась в заброшенном дворце, почти пустом и холодном, где не закрывались ни окна, ни двери. Впрочем, это совершенно не обескуражило короля, ибо в здешних местах была прекрасная охота.

Именно во время пребывания в Палермо любовь Нельсона к леди Гамильтон превратилась в сущую манию. Материнская забота вкупе с ее чувственностью, долгое время подавляемой, теперь излилась на него полным потоком. Сэр Уильям, которого постоянно донимали хвори, окончательно слег после того, как судно с его драгоценной коллекцией потерпело крушение неподалеку от Сицилии. Эмма и Нельсон теперь везде появлялись вместе. Правда, адмирал чрезвычайно встревожился, когда узнал, что к нему собирается приехать супруга. Он немедленно послал ей письмо, в котором настоятельно уговаривал жену отказаться от затеи свидеться с бродягой-моряком:

«…не имеющим возможности уделить ей и сотой доли заслуженного ею внимания. Если ты все же приедешь, мне останется только одно: спустить флаг и отправить тебя обратно, ибо ни в Неаполе, ни в Палермо нормального дома я устроить решительно не могу. Вдали от Англии меня удерживают исключительно государственные интересы, и если я буду иметь удовольствие видеть, как их сицилийские величества благополучно вернулись на трон, то, весьма вероятно, летом появлюсь дома. Добрый сэр Уильям, леди Гамильтон и я — главные механизмы, удерживающие страну на плаву. И лишь справившись со своим делом, мы все сможем двинуться домой».

Тем временем революционная партия в Неаполе взяла бразды правления в свои руки и совместно со вступившими в королевство французами образовала так называемую Партенопейскую республику, в честь древнегреческого города, некогда существовавшего у подножия Везувия. Не вдаваясь в подробности довольно своеобразной истории ее существования, скажем только, что она потерпела поражение, французы были разбиты и сдались на милость победителя при условии предоставления возможности вернуться домой. Однако их вместе с местными сторонниками республики подвергли жестоким преследованиям. Все это совершалось при непосредственном участии сил Нельсона, которому британское правительство предоставило полную свободу действий. Вместе с ним в Неаполь отправились сэр Уильям и его супруга в качестве переводчицы и представителя королевы. Вернувшийся в Неаполь король Фердинанд также наделил адмирала всеми полномочиями по подавлению сопротивления мятежников. Оставшаяся в Палермо королева, которую Наполеон Бонапарт называл «единственным мужчиной в Неаполе», не испытывала никакого сострадания к бунтовщикам, среди которых, кстати, было немало знатных людей и женщин:

«Бунтовщики слагают оружие и сдаются на милость короля. Далее, как мне кажется, надо примерно, самым суровым образом покарать некоторых предводителей… Для женщин, принимавших активное участие в бунте, исключения делать не следует: они не заслуживают снисхождения… Такова печальная необходимость, ибо в противном случае королю и шести месяцев не удастся управлять страной в мире и покое… Ну и наконец, дорогая миледи, я советую лорду Нельсону действовать к Неаполе так, как если бы он находился в каком-нибудь ирландском городе, население которого тоже вздумало бунтовать… Короче говоря, я советую вам, миледи, проявить величайшую твердость».