Окинава должна была защищаться до последнего солдата, так как это был самый ближний японский бастион обороны на южных подступах к метрополии. Кроме того, на острове совершали посадку для заправки и мелкого ремонта самолеты, направлявшиеся из Японии на Тайвань и на Филиппины.

Наступательная операция американских войск в бассейне Тихого океана в 1943–1944 гг. подтвердила тезис, что японцы были специалистами высочайшего класса по проведению оборонительных действий и умению использовать особенности местности при размещении на ней огневых средств, минных полей, для маскировки оборонительных сооружений и организации взаимодействия различных родов войск.

Японская оборона на Окинаве носила позиционный характер и была эшелонирована в глубь острова. В феврале 1945 г. укомплектованные войска 32-й армии были развернуты на подготовленных оборонительных позициях. Командование армии руководствовалось принципом не распылять основную массу войск, поэтому большую их часть оно сконцентрировало в южной части Окинавы, где были идеальные условия для обороны из-за скалистости местности.

На остальных территориях острова войск было меньше. Например, в северной части, на полуострове Мотобу и острове Иэ с отличным аэродромом, — два усиленных батальона из состава 2-го пехотного полка под командованием полковника Такэхико Удо из 44-й отдельной смешанной бригады. Командующий полком разместил свою артиллерию так, чтобы она могла поддерживать огнем бои как на полуострове Мотобу, так и на острове Иэ. Первый пехотный полк (из состава 62-й пехотной дивизии), усиленный дивизионом гаубиц 155 мм, был развернут на холмистой местности в районе аэродромов Кадена и Йонтан, чтобы препятствовать наступлению американских войск с пляжей Хагуси и использованию самолетами противника этих аэродромов. Для обороны островов Керама японское командование использовало лишь три роты моряков, сформированных из состава экипажей лодок, управляемых моряками-смертниками.

В южной части Окинавы, где были размещены главные силы 32-й армии, полоса прикрытия японской обороны на местности, изобилующей ущельями с крутыми, отвесными склонами, проходила по территории населенных пунктов Матинато, Какадзу, Нисибару, Исин и Оуки. Этот рубеж получил название «линия Матинато». Здесь находилась 63-я пехотная бригада в составе пяти пехотных батальонов: четырех в первом эшелоне и одного резервного. Эти войска входили в состав 62-й пехотной дивизии генерала Фудзиоки, размещенной на позициях первого оперативного эшелона 32-й армии.

Главная полоса обороны проходила по горам и населенным пунктам Куван, Накома, Маэда, Коти, Кибара и Гайдзя, лежащих в 3 км к северу от городов Наха, Сюри и Йонабару. Этот рубеж назывался «линией Сюри». Здесь оборонялись главные силы 62-й пехотной дивизии — 64-я и 1-я бригады. Большая часть артиллерии армии была сосредоточена для обороны городов Наха и Сюри. Этот оборонительный рубеж состоял из взаимно прикрывающих друг друга позиций, приспособленных для круговой обороны. Каждый пехотный батальон оборонял одну возвышенность; все его огневые средства размещались в скальных гротах или в железобетонных дотах, соединенных туннелями, по которым их можно было перемещать, чтобы вести стрельбу в различных направлениях. В скалах были оборудованы помещения для укрытия людей при артиллерийских обстрелах или бомбардировках с воздуха. Система огня из автоматического оружия была многоуровневой. Ходы сообщения с многочисленными ответвлениями позволяли пехоте быстро перемещаться к участкам обороны, оказавшимся в опасности. Подходы к оборонительным пунктам защищали проволочные заграждения, минные поля и противотанковые рвы; они находились под прикрытием огня минометов и противотанковых орудий.

Второй рубеж обороны японцы подготовили в районе населенных пунктов Итоман, Юдза, Томури и Накадза (в 2 км к юго-западу от порта Минатога). Расположенные здесь 24-я пехотная дивизия, 44-я отдельная смешанная бригада и военно-морская база Окинава составляли 65 % сил 32-й армии. Это был второй оперативный эшелон 32-й армии, предназначенный для активизации оборонительных действий в виде контрнаступлений и контрударов по американским тактическим соединениям, ведущим наступление в трудных для них условиях.

Японское командование, предвидя возможность высадки на пляжах Минатога американского и морского десанта, планировало привлечь к его отражению войска 24-й пехотной дивизии и 44-й отдельной смешанной бригады во взаимодействии с частью 5-й армейской артиллерийской группы. Отдельная 44-я смешанная бригада генерала Судзуки была размещена на юго-восточной оконечности Окинавы, на полуострове Тинен, в районе между портами Йонабару и Минатога.

24-я пехотная дивизия (генерал Амамия) развернута была на возвышенностях полуострова Кийома, в южной части Окинавы, к югу от города Сюри, и между портами Итоман и Минатога для усиления оборонительных позиций, укрепление которых начала 9-я пехотная дивизия. Приданная 24-й дивизии 2-я специальная пехотная бригада, состоявшая из трех полков пехоты, была размещена во втором эшелоне дивизии, в южной части острова.

Подразделения военно-морской базы (командующий контр-адмирал Минору Ота) вели оборону в юго-западной части Окинавы, на полуострове Ороку, в районе между портами Наха и Итоман.

Для облегчения командования войсками штаб 32-й армии был разделен на две группы: оперативную и интендантскую. Оперативная группа осталась на командном пункте в городе Сюри, а интендантская дислоцировалась в запасном пункте у поселка Цукасан, в 4 км к югу от Сюри. Разделение функций штаба позволило оперативной группе все свое внимание сосредоточить на управлении войсками, обеспечении эффективной их огневой поддержки и взаимодействия. Штаб армии организовал также эвакуацию гражданского населения из предполагаемого района боевых действий в северную часть острова.

За десять дней до вторжения американских войск на Окинаву, 21 марта 1945 г., командующий 32-й японской армией издал боевой приказ о приведении войск в полную боевую готовность. Одновременно саперы получили приказ разрушить взлетно-посадочные полосы на аэродромах Кадена, Наха и Йонтан. К этому времени большая часть из 250 японских самолетов, базировавшихся на Окинаве, была или сбита в воздушных боях или уничтожена на аэродромах.

В целом, японская оборона на Окинаве была прекрасно организована, поскольку командование 32-й армии исходя из конкретной ситуации будущего поля битвы, а также из оборонительных возможностей своих войск правильно распределило свои силы. Японские солдаты и офицеры были полны решимости оборонять остров до последней капли крови. Благодаря развертыванию в южной части острова большей части регулярных войск гарнизона Окинавы здесь была достигнута достаточно высокая концентрация сил и средств. Например, на 12-километровом участке полосы прикрытия обороны сражались пять батальонов пехоты, здесь же находилось 30 % всей артиллерии. Насыщение составляло 1 батальон на 2,4 км, а также 10 орудий и минометов, 4 противотанковых пушки и 3 зенитных орудия на 1 км фронта. В то же время на 15-километровом участке главного рубежа обороны было сосредоточено 19 батальонов пехоты и 2/3 артиллерии армии, то есть на 1 км фронта приходилось 1,3 батальона пехоты, 20 орудий и минометов, 2 танка, 8 противотанковых пушек и 9 зенитных. Это были силы, в два раза превышающие нормы, предусмотренные полевыми уставами. Если еще учесть идеальное использование условий местности для размещения позиций и оборонительных рубежей, то следует признать, что предпринятые японской стороной меры сделали южную часть Окинавы чрезвычайно трудной для ее захвата.