Новый повод к нарастанию взаимного недоверия подал атаман Н. А. Григорьев, поднявший 6 мая мятеж на правобережной Украине. 12 мая под председательством Махно собрался «военный съезд», то есть совещание командного состава, представителей частей и политического руководства махновского движения. Махно и съезд осудили выступление Н. А. Григорьева, но также высказали критику в отношении большевиков, которые своей политикой спровоцировали восстание. «Военный съезд» провозгласил переформирование 3-й бригады в 1-ю повстанческую дивизию под командованием Махно.

Поводом к новому обострению отношений с коммунистами стало развертывание 3-й бригады в дивизию. Парадоксальная ситуация, когда бригада составляла большую часть армии, мешала и соответствующему снабжению, и взаимодействию командования с огромной бригадой, и управлению ее частями. Советское командование сначала согласилось на переформирование, а затем отказалось создавать дивизию под командованием строптивого оппозиционного командира. 22 мая прибывший на Украину Троцкий назвал такие планы «подготовкой новой григорьевщины». 25 мая на заседании Совета рабоче-крестьянской обороны Украины под председательством Х. Раковского обсуждался вопрос «Махновщина и ее ликвидация». Было решено «ликвидировать Махно» силами полка.

Узнав о намерениях командования, Махно 28 мая 1919 г. заявил, что готов сложить с себя полномочия, так как «никогда не стремился к высоким званиям» и «больше сделает в будущем в низах народа для революции». Но 29 мая 1919 г. штаб махновской дивизии постановил: «1) настоятельно предложить т. Махно остаться при своих обязанностях и полномочиях, которые т. Махно пытался было сложить с себя; 2) все силы махновцев преобразовать в самостоятельную повстанческую армию, поручив руководство этой армией т. Махно. Армия является в оперативном отношении подчиненной Южному фронту, поскольку оперативные приказы последнего будут исходить из живых потребностей революционного фронта». В ответ на этот шаг РВС Южного фронта 29 мая 1919 г. принял решение об аресте Махно и придании его суду ревтрибунала. Махно не принял титул командарма и продолжал считать себя комдивом.

Об этом было объявлено, когда сам Южный фронт начал разваливаться под ударами Деникина. Штаб махновцев призывал к восстановлению единства: «Необходима сплоченность, единение. Только при общем усилии и сознании, при общем понимании нашей борьбы и наших общих интересов, за которые мы боремся, мы спасем революцию… Бросьте, товарищи, всякие партийные разногласия, они вас погубят».

31 мая ВРС объявил о созыве IV съезда советов района. Центр расценил решение о созыве нового несанкционированного съезда как подготовку антисоветского восстания. 3 июня командующий Южным фронтом В. Гиттис отдал приказ о начале ликвидации махновщины и об аресте Махно.

6 июня Махно направил телеграмму В. И. Ленину, Л. Д. Троцкому, Л. Б. Каменеву и К. Е. Ворошилову, в которой предложил «прислать хорошего военного руководителя, который, ознакомившись при мне на месте с делом, мог бы принять от меня командование дивизией».

9 июня Махно отправил телеграмму В. И. Ленину, Л. Д. Каменеву, Г. Е. Зиновьеву, Л. Д. Троцкому, К. Е. Ворошилову, в которой подвел итог своим взаимоотношениям с коммунистическим режимом: «Отмеченное мною враждебное, а последнее время наступательное поведение центральной власти к повстанчеству ведет с роковой неизбежностью к созданию особого внутреннего фронта, по обе стороны которого будет трудовая масса, верящая в революцию. Я считаю это величайшим, никогда не прощаемым преступлением перед трудовым народом и считаю обязанным себя сделать все возможное для предотвращения этого преступления… Наиболее верным средством предотвращения надвигающегося со стороны власти преступления считаю уход мой с занимаемого поста».

Тем временем белые вторглись в район Гуляйполя. Некоторое время с небольшим отрядом Махно еще сражался бок о бок с красными частями, но 15 июня с небольшим отрядом покинул фронт. Его части продолжали сражаться в рядах РККА. В ночь на 16 июня семь членов махновского штаба были расстреляны по приговору ревтрибунула Донбасса. Начальник штаба Озеров продолжал сражаться с белыми, но 2 августа по приговору ВУЧК был расстрелян. Махно выдал денежные средства группам анархистов, выезжавшим для подготовки терактов против белых (М. Г. Никифорова и др.) и большевиков (К. Ковалевич и др.). 21 июня 1919 г. отряд Махно переправился на правобережье Днепра.

Корольков. В стане Махно.

В июле Махно женился на Галине Кузьменко, которая на долгие годы стала его боевой подругой.

Махно старался держаться подальше от фронтовых тылов, чтобы не содействовать успехам белых. Отряд Махно 10 июля 1919 г. атаковал Елисаветград. 11 июля 1919 г. махновцы объединились с отрядом националиста атамана Н. А. Григорьева. В соответствии с соглашением двух лидеров Григорьев был объявлен командиром, а Махно – председателем Реввоенсовета Повстанческой армии. Начальником штаба стал брат Махно Григорий. Между махновцами и григорьевцами возникли разногласия в связи с антисемитизмом Н. А. Григорьева и его нежеланием бороться против белых. 27 июля Н. А. Григорьев был убит махновцами. Махно отправил в эфир телеграмму: «Всем, всем, всем. Копия – Москва, Кремль. Нами убит известный атаман Григорьев. Подпись – Махно».

Под давлением Деникина Красная Армия вынуждена была отступать с Украины. Бывшие махновцы, в июне оказавшиеся под командованием большевиков, не хотели уходить в Россию.

Большинство махновских частей, действовавших в составе РККА, а также часть 58-й дивизии красных, перешли на сторону Махно. 1 сентября 1919 г. на собрании комсостава армии в с. Добровеличковке была провозглашена «Революционная повстанческая армия Украины (махновцев)», избран новый Реввоенсовет и штаб армии во главе с командармом Махно.

Превосходящие силы белых оттеснили махновцев под Умань. Здесь махновцы заключили «союз» с петлюровцами, которым передали свой обоз с ранеными.

В июле – августе 1919 г. белая армия продвигалась на просторах России и Украины к Москве и Киеву. Офицеры вглядывались в горизонт. Еще несколько победоносных сражений, и Москва колокольным звоном встретит своих освободителей. На фланге деникинского похода на Москву нужно было решить «несложную» задачу – добить остатки Южной группы красных, банды Махно и, по возможности, украинского националиста Петлюры, путавшегося под ногами российской государственности. После того как белые лихим налетом вышибли красных из Екатеринослава и тем самым преодолели преграду Днепра, зачистка Украины казалась делом решенным. Но, когда в начале сентября белые вошли в район, где собрал свои силы Махно, возникли трудности. 6 сентября махновцы нанесли контрудар под Помощной. Они двигались со всех сторон, и нестройная толпа перед самой атакой превратилась в плотный строй. Белые отбились, но выяснилось, что Махно в это время обошел их позиции и захватил обоз с боеприпасами. Они-то и были нужны батьке.