Попытки Врангеля установить союз с Махно закончились расстрелом эмиссара белых по решению СРПУ и штаба махновцев 9 июля 1920 г.

В марте – мае 1920 г. отряды под командованием Махно сражались с частями 1-й Конной армии, ВОХР и др. силами РККА. Летом 1920 г. армия под общим командованием Махно насчитывала более 10 тысяч бойцов. 11 июля 1920 г. армия Махно начала рейд за пределы своего района, в ходе которого взяла города Изюм, Зеньков, Миргород, Старобельск, Миллерово. 29 августа 1920 г. Махно был серьезно ранен в ногу (всего Махно имел более 10 ранений).

В условиях наступления Врангеля, когда белые заняли Гуляйполе, Махно и его СРПУ были не против заключить новый союз с красными, если те будут готовы признать равноправие махновцев и большевиков. В конце сентября начались консультации о союзе. 1 октября, после предварительного соглашения о прекращении военных действий с красными, Махно в обращении к действующим на Украине повстанцам призвал их прекратить боевые действия против большевиков: «Оставаясь безучастными зрителями, украинские повстанцы помогли бы воцарению на Украине либо исторического врага – польского пана, либо опять царской власти, возглавляемой германским бароном». 2 октября было подписано соглашение между правительством УССР и СРПУ (махновцев). В соответствии с соглашением между махновцами и красной армией прекращались военные действия, на Украине объявлялась амнистия анархистам и махновцам, они получали право на пропаганду своих идей без призывов к насильственному свержению советского правительства, на участие в советах и в выборах на V съезд советов, намеченных на декабрь. Стороны взаимно обязались не принимать дезертиров. Махновская армия переходила в оперативное подчинение советскому командованию с условием, что «сохраняет внутри себя установленный ранее распорядок».

Действуя вместе с РККА, махновцы 26 октября 1920 г. освободили от белых Гуляйполе, где разместился Махно. Лучшие силы махновцев (2400 сабель, 1900 штыков, 450 пулеметов и 32 орудия) под командованием С. Каретникова были направлены на фронт против Врангеля (сам Махно, раненный в ногу, оставался в Гуляйполе) и участвовали в форсировании Сиваша.

После победы над белыми 26 ноября 1920 г. красные внезапно напали на махновцев. Приняв командование армией, Махно сумел уйти из-под удара, нанесенного по его силам в Гуляйполе. Южному фронту РККА под командованием М. В. Фрунзе, опираясь на многократный перевес в силах, удалось окружить Махно в Андреевке у Азовского моря, но 14–18 декабря Махно прорвался на оперативный простор. Однако ему пришлось уйти на Правобережье Днепра, где у махновцев не было достаточной поддержки населения. В ходе тяжелых боев в январе – феврале 1921 г. махновцы прорвались в родные места. 13 марта 1921 г. Махно снова был тяжело ранен в ногу.

22 мая 1921 г. Махно двинулся в новый рейд на север. Несмотря на то, что был восстановлен штаб единой армии, силы махновцев были распылены, Махно смог сосредоточить для действий на Полтавщине лишь 1300 бойцов. В конце июня – начале июля М. В. Фрунзе нанес махновской ударной группе чувствительное поражение в районе рек Сулла и Псел. После объявления НЭПа ослабевала поддержка повстанцев со стороны крестьян. 16 июля 1921 г. Махно на совещании в Исаевке под Таганрогом предложил своей армии пробиваться в Галицию, чтобы поднять там восстание. Но по поводу дальнейших действий возникли разногласия, и с Махно последовало только меньшинство бойцов.

Махно с небольшим отрядом прорвался через всю Украину к румынской границе и 28 августа 1921 г. переправился через Днестр в Бессарабию.

Оказавшись в Румынии, махновцы были разоружены властями, в 1922 г. перебрались в Польшу и помещены в лагерь для интернированных. 12 апреля 1922 г. ВУЦИК объявил политическую амнистию, которая не распространялась на 7 «закоренелых преступников», включая Махно. Советские власти требовали выдачи Махно как «бандита». В 1923 г. Махно с женой и двумя соратниками был арестован и обвинен в подготовке восстания в Восточной Галиции. 30 октября 1923 г. в варшавской тюрьме у Махно и Кузьменко родилась дочь Елена. Махно и его соратники были оправданы судом. В 1924 г. Махно перебрался в Данциг, где снова был арестован в связи с убийствами немцев во время Гражданской войны. Бежав из Данцига в Берлин, Махно в апреле 1925 г. прибыл в Париж и с 1926 г. поселился в пригороде Венсен. Здесь Махно работал токарем, столяром, маляром и сапожником. Участвовал в публичных дискуссиях о махновском движении и анархизме.

В Париже с дочерью.

В 1923–1933 гг. Махно публиковал статьи и брошюры, посвященные истории махновского движения, теории и практике анархизма и рабочего движения, критике коммунистического режима. В ноябре 1925 г. Махно писал об анархизме: «Отсутствие своей организации, способной противопоставлять свои живые силы врагам Революции, сделало его беспомощным организатором». Поэтому необходимо создать «Союз анархистов, построенный на принципе общей дисциплины и общего руководства всеми анархическими силами».

В июне 1926 г. Аршинов и Махно выдвинули проект «Организационной платформы Всеобщего союза анархистов», которая предложила объединить анархистов мира на основе дисциплины, соединения анархистских принципов самоуправления с институтами, где сохраняются «руководящие посты хозяйственно-социальной жизни страны». Сторонники «Платформы» провели в марте 1927 г. конференцию, которая приступила к созданию Международной анархо-коммунистической федерации. Махно вошел в секретариат по созыву ее съезда. Но вскоре ведущие теоретики анархизма раскритиковали проект «Платформы» как слишком авторитарный, противоречащий принципам анархистского движения. Отчаявшись договориться с анархистами, в 1931 г. Аршинов перешел на позиции большевизма, и идея «платформизма» провалилась. Махно не простил старому товарищу этого ренегатства.

Своеобразным политическим завещанием Махно стало его письмо 1931 г. к испанским анархистам Х. Карбо и А. Пестанья, в котором он предостерегал их от союза с коммунистами в ходе начавшейся в Испании революции. Махно предостерегает испанских товарищей: «Ощутив относительную свободу, анархисты, как и обыватели, увлеклись свободноговорением».

C 1929 г. у Махно обострился туберкулез, он все реже принимал участие в общественной деятельности, но продолжал работать над мемуарами. Первый том вышел в 1929 г., два других – посмертно. Там он так изложил свои взгляды о будущем анархистском строе: «Такой строй я мыслил только в форме вольного советского строя, при котором вся страна покрывается местными совершенно свободными и самостоятельными социально-общественными самоуправлениями тружеников».

В начале 1934 г. у Махно обострился туберкулез, он попал в больницу. В июле он скончался.

Прах Махно был захоронен на кладбище Пер-Лашез рядом с могилами парижских коммунаров. Через два года после его смерти черное знамя анархии, выпавшее из рук Махно, снова будет развеваться рядом с красным и республиканским знаменами в революционной Испании – вопреки предупреждениям батьки и в соответствии с опытом махновского движения, в соответствии с самой логикой борьбы против угнетения и эксплуатации.