Для того чтобы обеспечить эту работу, за линию фронта начали засылаться оперативные группы НКГБ и НКВД как из Москвы, так и прифронтовыми территориальными органами. Однако в связи с тяжелой обстановкой на фронтах засылка опергрупп не носила массового характера. Опергруппы НКВД-НКГБ и созданные на их базе партизанские отряды в начале войны и в последующем внесли огромный вклад в развитие диверсионной войны. С выходом в свет 18 июля 1941 года постановления ЦК ВКП(б) «Об организации борьбы в тылу германских войск» вся тяжесть по его организации легла на НКВД. Если директивы и постановления СНК и ЦК ВКП(б) по организации партизанского движения выполнены в полном объеме не были, то директивные указания НКВД, которым руководил Л.П. Берия, начали исполняться неукоснительно. С указаниями ведомства Л.П. Берии не считаться было смерти подобно. В это же время было начато восстановление спецшкол и учебных центров по подготовке партизанских специалистов при различных подразделениях органов НКГБ. Преподавателями и инструкторами спецшкол стали работники НКВД и НКГБ. Одним из крупнейших центров по подготовке специалистов стала Особая группа при НКВД, а затем Отдельная мотострелковая бригада особого назначения НКВД СССР (ОМСБОН).

Одной из неразрешимых проблем в этот период становится обеспечение партизанских отрядов и оперативных групп НКВД средствами радиосвязи. Ею были обеспечены только около 1,5 % подразделений. Объяснялось это не только большим дефицитом радиостанций и радистов, но и «радиобоязнью» партизанских командиров, то есть опасениями быть обнаруженными немецкими радиоперехватчиками. Поэтому единственно возможным способом осуществления связи надолго стала связь через пеших курьеров, посылавшихся как действующими на зафронтовой территории партизанами и подразделениями НКВД, так и по обусловленному заранее паролю с советской территории. Передача разведданных через них была малоэффективной, так как под ударами немецких войск Красная армия постоянно отходила, и связникам приходилось догонять линию фронта. С Большой земли связник нес с собой агитационную литературу или взрывчатку. Ненадежность такого вида связи подтверждается тем, что только 5 % информации достигало адресатов. Кроме того, добытые разведданные в результате отсутствия возможности своевременной их передачи за линию фронта теряли свою актуальность. Во избежание раскрытия агентурной сети в случае поимки немцами связного курьеры-связники никогда лично не встречались с агентами. Они забирали направленные ими донесения из «почтовых ящиков», в качестве которых служили малопосещаемые тайные места в виде дупла дерева, развалин и т. п. Лишь с лета 1942 года картина кардинально изменилась. Все партизанские отряды, формировавшиеся в тылу и забрасывавшиеся через линию фронта, были снабжены радиостанциями, запасом батарей и обслуживались подготовленными радистами.

Для того чтобы обеспечить эффективную связь, скоординировать проведение боевой и разведработы, обеспечить переправку за линию фронта вновь созданных отрядов на линии фронта и в нейтральных зонах, которые не контролировались нашими и немецкими войсками, областными управлениями НКВД была создана сеть оперативно-переправочных пунктов, обслуживавшихся оперативниками разведотделов территориальных органов госбезопасности. Каждый пункт включал в себя пять — семь оперативных работников НКВД, радиста с радиостанцией, материальную базу, на которой хранился запас боеприпасов, обмундирования и продуктов питания.

Сотрудники оперативно-переправочных пунктов для групп и отрядов, боевых групп и агентов-одиночек разрабатывали задания в зависимости от складывавшейся обстановки, намечали оптимальные пути продвижения, определяли сроки выполнения заданий, пути и сроки возвращения на свою территорию. Вопросы переброски агентуры и партизанских отрядов оперативные работники переправочных пунктов обязательно согласовывали с командованием частей Красной армии, в полосе которых находились. При необходимости для обеспечения переброски ими привлекались армейские разведподразделения. На оперативно-переправочных пунктах всегда был резерв боевых групп и агентов-разведчиков, которые использовались для выполнения отдельных заданий командования по разведке вражеской обороны и совершения диверсий в его тылу и на коммуникациях.

В целом первые месяцы войны стали периодом становления партизанского движения на оккупированной территории. В силу объективных и субъективных причин этот процесс был весьма болезненным, длительным и стоил первым партизанам значительных жертв. В то же время полученный опыт быстро осмысливался партийно-советскими, армейскими органами и специальными службами, что позволило советскому руководству вскоре развернуть невиданную дотоле в истории полномасштабную партизанскую войну.

23 июля 1941 года можно считать датой начала организации партизанского движения в Калининской области. В этот день был подписан важный документ:

29 июля 1941 года вышла директива начальников Управлений НКГБ и НКВД по Калининской области начальникам городских и районных отделов НКВД и межрайонных отделов НКГБ «О недостатках в руководстве партизанским движением и мерах по их устранению». В ней говорилось о недопустимости и преступности переброски в тыл противника неподготовленных диверсионных групп и партизанских отрядов. Созданием партизанских отрядов в тылу противника управлял генеральный комиссар госбезопасности Л.П. Берия, который стремился лично руководить всей зафронтовой деятельностью в тылу противника. Ниже приведен завизированный им документ о мероприятиях по развертыванию партизанского движения в Калининской области.