Штаб партизанского движения во главе с первым секретарем Компартии Белоруссии П.К. Пономаренко располагал большими возможностями, чем военные советы фронтов, в организации партизанам поставок оружия, боеприпасов, медикаментов и продовольствия через линию фронта. Для этого использовалась транспортная авиация дальнего действия. При военных советах Юго-Западного направления, Брянского, Западного, Калининского, Ленинградского и Карельского фронтов были созданы фронтовые штабы партизанского движения.

Одновременно с созданием ЦШПД перед партизанским движением были поставлены важные военно-политические задачи. В ЦШПД были введены от ЦК ВКП(б) П.К. Пономаренко, от НКВД — В.Т. Сергиенко, от разведывательного управления НКО Г.Ф. Корнеев. То есть ЦШПД стала руководить «тройка». А первым заместителем П.К. Пономаренко стал майор госбезопасности С.С. Бельченко. Он же руководил всей партизанской разведкой в тылу противника, являясь начальником разведотдела ЦШПД. Начальники штабов партизанского движения стали членами военных советов фронтов, что обеспечило координацию действий партизан с частями Красной армии. Работники НКВД, возглавлявшие эти штабы, приобрели дополнительный статус. При их непосредственном участии разрабатывались и претворялись в жизнь оперативные мероприятия, направленные на активизацию партизанских действий в прифронтовой зоне; партизаны снабжались оружием, боеприпасами, медикаментами, обмундированием и продовольствием; в советский тыл вывозились авиацией раненые и больные. С созданием штабов партизанского движения как органов, управляющих и координирующих зафронтовую работу, началась внутренняя реорганизация партизанских отрядов. Они стали укрепляться представителями НКВД и реорганизовываться в самостоятельные боевые единицы с непосредственным подчинением штабам партизанского движения при военных советах фронтов. После создания 30 мая 1942 года Центрального и периферийных штабов партизанского движения число школ по подготовке специалистов для них и число обучаемых в них было сокращено, но зато значительно увеличено время и качество подготовки специалистов. Начался переход от количественных показателей к качественным. 13 января 1944 года ЦШПД был упразднен, а руководство партизанами передано республиканским и областным штабам партизанского движения, которым было удобнее координировать действия партизан и частей Красной армии и снабжать их всем необходимым, так как в это время партизанская борьба активно велась лишь в западных областях оккупированной территории СССР.

16 июля 1942 года был создан Калининский штаб партизанского движения. На него возлагалось руководство партизанским движением в области в целом и конкретно боевой и разведдеятельностью бригад и отрядов в интересах войск Калининского фронта. Штаб должен был обеспечить снабжение партизан оружием, боеприпасами, медикаментами, организовать подготовку боевых кадров, организовать связь между партизанскими подразделениями, армейскими штабами.

В разное время начальниками Калининского штаба партизанского движения были капитан госбезопасности Радченко и майор госбезопасности С.С. Бельченко. В декабре 1942 года для укрепления руководства партизанским движением Калининский штаб партизанского движения сформировал оперативную группу из своих работников. Начальником группы был назначен батальонный комиссар Алексей Иванович Штрахов. Оперативная группа, постоянно находясь в тылу противника, вникала в дела партизан, оказывала помощь в разработке планов боевой деятельности, руководила диверсиями.

В этот период зарождается и крепнет новая, более совершенная и универсальная форма организации партизан — партизанская бригада. В оккупированных областях СССР их были десятки. В Калининской области действовали Калининские партизанские бригады (или КПБ).

С начала лета 1942 года в Идрицкий и Себежский районы начали прибывать отряды спецназначения и опергруппы НКВД, которые подчинили себе стихийно возникшие и разрозненные местные партизанские отряды и группы. После этого партизанская тактика действий стала приобретать рейдовый характер. Большие диверсии стали проводиться объединенными силами нескольких отрядов или бригад, подчинявшихся единому командованию в лице ЦШПД и НКВД под непосредственным руководством их представителей на местах — командиров отрядов спецназначения и оперативно-чекистских групп. Они сыграли огромную роль в организации партизанского движения. Эти отряды представляли собой небольшие подразделения силами до 20 человек и предназначены были для действий в полосе своего фронта с проникновением в глубокий тыл вражеских войск для ведения разведки, организации диверсий на коммуникациях противника, оказания помощи партизанам оружием, взрывчаткой, обучения партизан подрывному делу, координации действий партизан и фронта, руководства партизанским движением в тылу. Большое количество отрядов спецназначения гибло при заброске в тыл врага с парашютами, при переходе линии фронта или в ходе проведения диверсий. Бойцы отрядов не имели документов, удостоверявших их личность, руководствовались только «легендой». Многие погибшие в тылу врага спецназовцы были похоронены не под своими настоящими именами, а фактически остались безымянными. Партизаны между собой называли бойцов отрядов спецназначения «фронтовиками». Несколько подобных групп спецназначения действовало в Идрицком и Себежском районах, например группы Петракова, Чугунова, Бобруся, Прудникова, группа «Максим».