Прошло больше десяти лет, прежде чем султан решился во второй раз подвергнуть себя тяготам военной кампании против Персии. События в Венгрии снова привлекли его внимание к Западу. В 1540 году неожиданно скончался Янош Запольяи, совместно с Фердинандом правивший Венгрией после заключения между ними тайного договора о разделе территории. Согласно этому договору, если Запольяи умрет бездетным, его часть страны отходила к Габсбургам. В то время он не был женат, следовательно, не имел детей. Но вскоре после этого, вероятно по подсказке лукавого советника, монаха Мартинуцци, ярого венгерского националиста и противника Габсбургов, он женился на Изабелле, дочери короля Польши. На смертном одре в Буде он получил известие о рождении сына, который, согласно его предсмертной воле, наряду с повелением обратиться за поддержкой к султану провозглашался королем Венгрии под именем Стефан.

Немедленной реакцией Фердинанда стал поход на Буду с теми войсками и средствами, которые он смог собрать. Как король Венгрии он мог теперь считать Буду своей законной столицей. Однако его сил оказалось недостаточно, чтобы осадить город, и он отступил, оставив гарнизон в Пеште, а также удерживая несколько других небольших городов. На это Мартинуцци и его группировка противников Габсбургов обратились от имени младенца короля к Сулейману, который, будучи в гневе по поводу тайного договора и последовавших за ним хитроумных маневров, заметил: «Эти два короля недостойны носить короны; они вероломны». Султан принял венгерских послов с почетом. Они попросили его поддержки короля Стефана. Сулейман гарантировал признание в целом, в обмен на уплату ежегодной дани. Но сначала он пожелал убедиться, что Изабелла действительно родила сына, и направил к ней высокопоставленного чиновника, чтобы тот подтвердил его существование. Изабелла приняла турка с младенцем на руках. Затем она грациозно обнажила грудь и покормила младенца в его присутствии. Турок пал на колени и поцеловал ноги новорожденного, как сына короля Яноша.

На протяжении зимы султан готовился к еще одной кампании против Венгрии. Летом 1541 года он вошел в Буду, которую вновь атаковали войска Фердинанда и которую Мартинуцци, надев латы поверх церковных одеяний, энергично и успешно оборонял. Здесь после переправы через Дунай, чтобы занять Пешт и тем самым разогнать дезертиров противника, султан принял Мартинуцци с его националистическими сторонниками. Затем, сославшись на то, что мусульманский закон якобы не позволяет ему лично принять Изабеллу, он послал за ребенком, которого принесли в его шатер в золотой колыбели в сопровождении трех нянек и главных советников королевы. Внимательно рассмотрев ребенка, Сулейман приказал своему сыну Баязиду взять его на руки и поцеловать. После этого ребенка отослали обратно к матери.

Позже ее заверили, что сын, которому теперь дали имена его предков, Янош Сигизмунд, должен будет править Венгрией по достижении им соответствующего возраста. Но пока ей предложили удалиться вместе с ним в Липпу, что в Трансильвании. Теоретически юный король должен был иметь статус данника — вассала султана. Но на практике скоро появились все признаки постоянной османской оккупации страны. Буда и прилегающая территория были преобразованы в турецкую провинцию под началом паши, с турецкой администрацией, а церкви начали переделываться в мечети.

Это обеспокоило австрийцев, у которых вновь появились опасения относительно безопасности Вены. Фердинанд направил в лагерь султана послов с мирными предложениями. Среди их подарков были большие часы искусной работы, которые показывали не только время, но также дни и месяцы календаря, а еще движение Солнца, Луны и планет. Таким образом, они должны были понравиться Сулейману, интересовавшемуся астрономией, космосом и движением небесных тел. Тем не менее подарок не убедил султана принять чрезмерные требования послов, господин которых все еще стремился стать королем всей Венгрии. Спросив своего визиря: «Что они говорят? Чего они хотят?», он прервал их вступительную речь приказом: «Если им больше нечего сказать, отпусти их». Визирь в свою очередь упрекнул их: «Вы считаете, что падишах не в своем уме и должен оставить то, что в третий раз завоевал своим мечом?»

Фердинанд снова начал действовать и предпринял попытку отвоевать Пешт. Но его осада потерпела неудачу, и войска разбежались. Затем весной 1543 года Сулейман еще раз совершил поход в Венгрию. Захватив после непродолжительной осады Гран и превратив его кафедральный собор в мечеть, он приписал город турецкому пашалыку Буды и укрепил его, как свой северо-западный аванпост против Европы. После этого его армии приступили с помощью серии осад и полевых сражений к отвоеванию у австрийцев нескольких важных опорных пунктов. Захваченная османами территория оказалась настолько обширной, что султан смог разделить его на двенадцать санджаков. Тем самым основная часть Венгрии, связанная воедино упорядоченной системой турецкого правления — одновременно военного, гражданского и финансового, — была, по сути, включена в состав Османской империи. Ей предстояло оставаться в этом состоянии на протяжении следующих полутора веков.

Такова была кульминация побед Сулеймана на Дунае. В интересах всех соперничавших сторон наступило время мирных переговоров. Император сам желал этого, чтобы развязать руки для разрешения своих дел с протестантами. По этому случаю братья Габсбург — Карл и Фердинанд — объединились в попытке прийти к договоренности с султаном если не на море, то на суше. После перемирия, достигнутого с пашой Буды, они направили в Стамбул несколько совместных посольств. Прошло три года, прежде чем их работа принесла плоды. В 1547 году было подписано Адрианопольское перемирие, основанное на статус-кво. По его условиям, Сулейман сохранил за собой все завоевания, за исключением небольшой части Венгрии, которую продолжал удерживать Фердинанд и с которой он теперь согласился уплачивать дань Порте. Не только император, который поставил свою подпись в Аугсбурге, но и король Франции, Венецианская республика и папа Павел III — хотя он находился в плохих отношениях с императором из-за его неприятия протестантизма — стали участниками соглашения.

Перемирие оказалось весьма своевременным для Сулеймана, который весной 1548 года уже был готов ко второй кампании в Персии. Однако эта кампания ничего не решила, если не считать захвата города Ван, который остался в руках турок.

После нее имело место уже ставшее привычным колебание маятника между востоком и западом, и Сулейман оказался вновь вовлеченным в события в Венгрии. Адрианопольское перемирие не выдержало предусмотренного в нем пятилетнего срока. Фердинанд недолго довольствовался своей долей того, что по сути было одной третью частью Венгрии. Турецкий пашалык Буды отделил его земли от Трансильвании. Здесь, в Липпе, вдовствующая королева Изабелла готовила своего сына к наследованию этого маленького, но процветающего государства. Внутри его доминирующим влиянием пользовался амбициозный монах Мартинуцци. Изабелла пожаловалась на него Сулейману, который потребовал, чтобы монах был отстранен от власти и доставлен в оковах в Порту.

Строя теперь тайные планы против султана в интересах Фердинанда — и в своих собственных, — Мартинуцци в 1551 году тайно убедил Изабеллу уступить Трансильванию Фердинанду в обмен на земли в других местах, таким образом превратив ее в часть австрийских владений. За это он был вознагражден шапкой кардинала. Но султан, получив это известие, немедленно заключил австрийского посла в Черную башню крепости Анадолу Хисар, печально известную тюрьму на берегу Босфора, где он томился в течение двух лет и в конце концов вышел оттуда едва живым. Затем по приказу Сулеймана доверенный командир, будущий великий визирь Мехмед Соколлу в конце сезона совершил поход в Трансильванию, где захватил Липпу и ушел, оставив гарнизон.