Начальник ВСО подполковник А.И. Цепушелов, в частности, особо обращал внимание подчиненных на тесное взаимодействие с местными контрразведывательными органами с целью обмена информацией. Остается неизвестным, как к данному предложению отнеслись руководители контрразведки, но ВСО регулярно поставляло командованию сведения контрразведывательного характера— об активной деятельности японских спецслужб на Дальнем Востоке. Например, в телеграмме, датированной 25 декабря 1918 года, сообщалось об организации в Сибири японского контрразведывательного отряда под руководством генерала Накасима.

В соответствии с приведенными выше документами, район глубокой разведки каждого округа разделялся на 4 сектора, где создавались агентурные сети, которыми руководили агенты-резиденты. Им подчинялись агенты-почтальоны и агенты-ходоки.

Так, зона ответственности разведывательного отделения штаба Иркутского военного округа разделялась на Баргинский, Ургинский, Улясутайский и Урянхайский сектора. Сведения добывались агентурной и войсковой разведками, которые сильно пострадали после прихода к власти большевиков и к началу 1919 года оказались полностью разрушенными. Агентура действовала только в трех секторах — Урге, Урянхае и Улясутае. А войсковая разведка, к которой привлекались поселковые атаманы, «была разлажена из-за неопределенного положения Забайкалья и на тот момент не управлялась штабом округа».

Для сбора разведданных штабы военных округов командировали за границу офицеров с секретными заданиями, предпринимали попытки наладить взаимодействие с русскими консульскими и другими учреждениями, привлекали войсковую разведку, осуществляли перехват большевистских радиограмм из Москвы, а также выписывали иностранную прессу. Но даже в совокупности все виды разведки не давали ожидаемых результатов. Главными препятствиями являлись недостаточное финансирование и отсутствие надежных кадров.

Например, по расчетам генерал-квартирмейстера штаба Омского военного округа (ОВО) на реализацию программы работы разведотделения требовалось 1 233 500 руб.

В действительности за период с января по май 1919 года Главный штаб смог выделить только 40 000 руб. Несмотря на то что Приамурский и Иркутский военные округа финансировались несколько лучше — соответственно, 200 000 и 100 000, — им этих сумм также оказалось недостаточно.

Кажущиеся внушительными суммы на самом деле были сильно обесценены инфляцией. К тому же ходившие в Сибири деньги не воспринимались агентами-иностранцами как серьезная волюта. Поэтому руководители разведки для расширения и поддержания существующей агентурной сети в Монголии пытались посылать в эту страну деньги царской России. В частности, начальник разведывательного отделения штаба Иркутского военного округа просил 2-го генерал-квартирмейстера дать распоряжение Иркутскому отделению госбанка обменять 15 000 руб. для отправки в Монголию, а также впредь обменивать деньги для разведывательного отделения штаба.

Денег для оплаты агентуры постоянно не хватало. Например, оплата агентов наиболее обеспеченного в финансовом отношении военно-статистического отделения Приамурского военного округа колебалась в пределах 400—800 руб. За «такую мелочь», как говорится в одном из докладов, работать желающих находилось немного. О вербовке агентов на идейной основе кадровые сотрудники спецслужб в своих документах даже не упоминали. Это обусловлено в первую очередь тем, что штабы военных округов вели разведку против других государств и поэтому привлекали к сотрудничеству в основном иностранцев — китайцев, монголов, корейцев, которые работали за денежное вознаграждение. Резидент в Благовещенске капитан Шмидт 29 августа 1919 года напоминал руководству ВСО, что условия жизни не только русских, но и китайцев значительно изменились, и поэтому большинство из них стремится к наживе и спекуляции. В докладе он говорил о возможности вербовки агентуры из числа лиц, не занимавшихся спекуляцией, но при этом обращал внимание: «…труд их должен быть оплачен так, чтобы они дорожили службой».

Минимальная плата агенту-резиденту доходила до 250 китайских долларов и дороже, а низшему агенту составляла лишь 450 руб. в месяц.

Быстрое насаждение агентурной сети в Монголии тормозилось отсутствием надежных агентов. Среди них находились «двойники», шантажировавшие штабы военных округов. Выявить таких лиц оказалось трудно, поскольку обремененная борьбой с большевиками контрразведка фактически не занималась обеспечением безопасности своих разведывательных органов.

После объединения органов военного управления стратегическая и тактическая разведка были подчинены управлению 2-го генерал-квартирмейстера при ВГК. Струюурно разведывательный отдел состоял из двух отделений: центрального и прифронтовой разведки. Лично начальнику отдела подчинялись шифровальщик, делопроизводитель, журналист и 3 переводчика. Всего в подразделении насчитывалось 13 офицеров, 5 чиновников военного времени и 4 солдата.

Центральное отделение (ЦО) получало информацию от военных агентов, дипломатических представителей за границей, иностранных миссий и представительств (как официальными, так иногда и агентурными путями), от разведывательных отделов штабов военных округов, а также из иностранной печати. Вся сумма полученных центральным отделением сведений периодически обрабатывалась (обычно составлялись общая и двухнедельные сводки сведений об иностранных государствах) и доводилась до высшего военно-политического руководства.

Отделение прифронтовой разведки (ОПР) получало и обрабатывало военно-политическую и экономическую информацию о Советской России, а также данные по организации, комплектованию, передислокации, обучению, тактике и настроению войск противника на театре военных действий. Сюда стекалась вся информация, добытая нижестоящими структурами, — разведывательными органами отделений армий, военных округов на ТВД, корпусов, дивизий и полков.

Оперативно-разведывательные данные ежедневно докладывались начальнику штаба Верховного главнокомандующего генерал-майору Д.А. Лебедеву, сводки сведений с той же периодичностью телеграфом рассылались в армии и учреждения фронта.

Обратим внимание, что в годы Первой мировой войны всей разведкой руководила Ставка ВГК. Но поскольку она с этой задачей не справилась, стратегическая агентурная разведка была сконцентрирована в Генеральном штабе. Как отразилась реорганизация штаба на работе колчаковских спецслужб, однозначно ответить трудно, поскольку историей было отпущено мало времени для проверки деятельности новой структуры в условиях Гражданской войны.

Морское министерство получало разведывательную информацию и от строго законспирированной военно-морской разведывательной организации «ОК». По одной версии, она была создана в апреле—мае 1918 года по инициативе секретаря русского посольства в Великобритании В.Д. Набокова и при поддержке английской морской разведки, по другой — в мае 1919 года по приказу адмирала А.В. Колчака. Ее костяк составляли офицеры флотской разведки и контрразведки. Существует версия, что свое название — «ОК» — она получила от первых букв ее первого начальника лейтенант Р. Окерлунда, шведа по национальности. Затем руководителем организации являлся старший лейтенант А.А. Абаза. Документы свидетельствуют, что в 1919 году руководство и финансирование «ОК» осуществлялось из Омска. Например, Верховный правитель приказал направить на нужды разведывательной организации всю сумму денег, полученную от продажи яхты «Порыв».