27 мая 1942 года в Праге было совершено покушение на Гейдриха. После этого Карл Гебхардт провел несколько операций, но они были безуспешными. 4 июня 1942 года Гейдрих скончался. После его смерти Гиммлер, с одной стороны, потерял ближайшего и энергичного сотрудника, а с другой — освободился от тяготившего его влияния начальника СД и конкурента. В этих условиях Гиммлер решил не назначать нового начальника СД и полиции безопасности. 28 мая 1942 года Гиммлер объявил высокопоставленным эсэсовцам, что принимает на себя исполнение обязанностей начальника Главного управления имперской безопасности, которое на тот момент включало в себя полицию безопасности, СД, гестапо и уголовную полицию. Одновременно с этим Гиммлер вызвал из Вены группенфюрера СС Кальтенбруннера, которого назначил своим постоянным заместителем в РСХА. Только 30 января 1943 года Кальтенбруннер был официально назначен главой полиции безопасности и СД. Гиммлер же предпочел сохранить за собой непосредственное руководство гестапо и уголовной полицией.

Смерть Гейдриха, кроме всего прочего, привела к тому, что Гиммлеру пришлось лично курировать программу по уничтожению евреев. В это время с восточных оккупированных территорий в Терезиенштадт, превратившийся в одно большое гетто, было вывезено около 45 тысяч евреев. Однако проблемы с транспортировкой подтолкнули Гиммлера к идее, что евреев из Западной Европы («с целью производительного труда») надо было депортировать в Освенцим. По распоряжению рейхсфюрера СС специалисты «еврейского реферата» составили разнарядку. 11 июня 1942 года было предписано депортировать 15 тысяч евреев из Голландии, 10 тысяч из Бельгии, 100 тысяч из Франции. Поскольку не менее 10 % из них были отнесены к категории нетрудоспособных, то Гиммлер разрешил осуществить в их отношении «специальные мероприятия». На практике это означало, что они должны были быть уничтожены сразу же по прибытии в Освенцим.

Однако «окончательное решение еврейского вопроса» было отнюдь не единственной проблемой, которая беспокоила Гиммлера в 1942 году. После того как в ноябре 1942 года в Северной Африке высадились части западных союзников, рейхсфюреру СС потребовалось предпринять особые меры в Южной Европе, которая стала считаться опасной зоной. Происходит оккупация находившейся в относительно свободном положении Южной Франции. Гиммлер ставит задачу «очистить» всю французскую территорию от «врагов рейха». Он намекает на то, что режим Виши до этого момента осуществлял не слишком последовательный террор. Естественно, планы по созданию Великогерманского рейха, которые еще некоторе время назад вынашивал Гиммлер, должны были отступить на второй план. Поскольку положение на фронтах позволяло говорить Гиммлеру о возрастающей «внешней угрозе», он считал необходимым гарантировать безопасность внутри рейха, что предполагало устранение всеми доступными средствами на подконтрольных Германии территориях действительных и воображаемых противников. Если в Западной Европе это вылилось в уничтожение очагов антифашистского сопротивления и новый виток программы «окончательного решения еврейского вопроса», то в Восточной Европе акцент был сделан на «борьбе с бандитами».

К началу 1943 года Гиммлеру удалось сосредоточить в своих руках всевозможные средства, позволявшие ему не только сохранить, но и усилить личную власть. Кроме всего прочего, он решил увеличить численность частей Ваффен-СС за счет привлечения «инонациональных добровольцев». Будучи назначенным на пост Имперского министра внутренних дел, Гиммлер становится ответственным за всю внутреннюю политику. Также он оказался причастным к осуществлению программы вооружений, курируя проект по созданию реактивных ракет. Расширение сфер деятельности, к которым был привлечен Гиммлер, неизменно вело к тому, что он переставал восприниматься исключительно как глава безжалостного террористического аппарата. Однако это отнюдь не означало, что сам террор внутри Германии и на оккупированных территориях пошел на спад. Так, например, когда немецкие войска заняли Южную Францию, то Гиммлер вызвал к себе командира полиции безопасности на французских территориях штандартенфюрера СС Гельмута Кнохена. Рейхсфюрер СС потребовал «ежедневно предоставлять отчеты о том, сколько было проведено арестов политически опасных элементов».

Как и всегда, когда Гиммлер планировал расширить свои полномочия, он обратился к Гитлеру. 10 декабря 1942 года он доложил фюреру о том, что на территории Франции надо было проводить самую радикальную политику. Свое требование Гиммлер обосновывал следующими сведениями. «В настоящее время на территории ранее свободной Франции находится как минимум полтора миллиона смертельных врагов рейха и стран “оси”». Из них: 600–700 тысяч евреев, 500–600 тысяч итальянцев-антифашистов, 300–400 тысяч «красных испанцев», около 20 тысяч англосаксов, 80 тысяч поляков, некоторое количество греков. Все они могут свободно передвигаться, а значит, представляют существенную угрозу снабжению немецко-итальянских войск, расположенных близ Средиземного моря. К этому числу надо добавить множественное количество враждебно настроенных французов, которые в первую очередь состоят из коммунистов, голлистов и клерикалов». Представленная картина произвела на Гитлера сильное впечатление. После этого он поручил рейхсфюреру СС «упразднить» 600–700 тысяч французских и североафриканских евреев. Все остальные должны были быть арестованы и направлены либо на принудительные работы, либо в концентрационные лагеря.

20 августа 1943 года Гиммлера ожидало новое назначение. Он стал Имперским министром внутренних дел. Геббельс в своем дневнике отмечал, что к этому времени рейхсфюрер СС стал «первостепенной личностью нашего режима». Прежний министр Вильгельм Фрик, который занимал свой пост с 1933 года и одно время являлся конкурентом Гиммлера, должен был довольствоваться представительской должностью имперского протектора Богемии и Моравии. Гитлер, который назначил Гиммлера министром внутренних дел, отнюдь не ожидал, что тот предпримет реформу государственного аппарата или будет заниматься упорядочиванием отношений партийных и государственных органов. Гиммлер всего лишь должен был «более эффективно обеспечивать внутреннюю безопасность рейха», для чего ему и потребовалась новая должность. В те дни Геббельс не без внутренней зависти записал в дневнике: «Вне всякого сомнения, Гиммлер просто предназначен для руководства немецкой внутренней политикой. Во всяком случае, он при любых обстоятельствах может гарантировать внутреннюю безопасность рейха».

Тем не менее Гиммлер сразу же после 26 августа провел несколько изменений в работе министерства внутренних дел. Он разделил все функциональные обязанности на две больших группы. Одна из них получила условное наименование «Внутреннее управление» и подчинялась статс-секретарю Штукарту. Вторая группа именовалась «Здравоохранение». Во главе ее находился статс-секретарь Леонардо Конти. Кроме этого Гиммлер передал задания 4-го отдела министерства, который курировал деятельность занимавшихся народными и земельными исследованиями институтов, Главному управлению СС по вопросам расы и поселений. В то же самое время этот сектор РуСХА курировался специалистами СД, занимавшимися зарубежьем. Рейхсфюрер СС предпринял не просто шаг, который позволял использовать научный и интеллектуальный потенциал этих институтов в шпионских целях, но способствовал складыванию целого направления в национал-социалистической науке. Благодаря этой инициативе воедино оказались собраны такие исследовательские структуры, как «Исследовательское общество по изучению проблем фольксдойче», «Немецкий зарубежный институт», «Ванзейский институт» и т. д. Способности ученых, которые работали в этих структурах, оказались сосредоточены на долгосрочной программе «освоения жизненного пространства».