7 октября 1939 года Генрих Гиммлер праздновал свой 39-й день рождения. Его тоже ожидал «сюрприз». Несколькими днями позже Маргарета Гиммлер доверит дневнику новость о «большой радости»: «Фюрер назначил Генриха комиссаром поселений всей Германии. Это признание его успехов. Он работает с утра до ночи». На самом деле должность Гиммлера называлась несколько иначе. В октябре 1939 года Гитлер подписал указ «Об укреплении немецкой народности». На основании этого документа Генрих Гиммлер получал двойное задание. С одной стороны, он должен был официально заниматься переселением всех этнических немцев, которые проживали за пределами рейха, с другой стороны, он должен был размещать их в специальных поселениях, которые должны были возникать в строгом следовании «новым расовым принципам». Кроме этого Гиммлер должен был обезопасить и имперских немцев (рейхсдойче), и фольксдойче от «вредного влияния инородных частей населения, которые могут представлять угрозу как для рейха, так и для немецкого народного сообщества». Это давало Гиммлеру право без всяких объяснений проводить массовые депортации, чтобы тем самым «зачищать» территории для создания «германских поселений». При осуществлении этих задач Гиммлер мог рассчитывать на поддержку «всех имеющихся органов власти и учреждений». Чтобы подчеркнуть новый статус Гиммлера, он получал должность Имперского комиссара по укреплению немецкой народности. Однако начальник Имперской канцелярии Ламмерс не поддержал идею Гиммлера о том, чтобы возвести предполагаемый Имперский комиссариат по укреплению немецкой народност» в статус высшего органа государственной власти.

За три дня до того, как Гитлер поручил Гиммлеру новое задание, Ламмерс получил обеспокоенное письмо Рихарда Вальтера Дарре. В нем говорилось о «желании безотлагательно подключиться к выполнению крупных поселенческих заданий». При этом Дарре настаивал на том, чтобы его деятельность не была ограничена какими-то приказами и прочими ведомствами и учреждениями. Он писал: «Каждый в Германии знает, что основа для выполнения этих зданий охранными отрядами была заложена моей беззаветной деятельностью на посту начальника Главного управления СС по вопросам расы и поселений, чем я занимался более семи лет. Без этой моей работы в СС вообще не могли бы приступить даже к обсуждению этой проблемы». Кроме этого Дарре жестко критиковал идею Гиммлера относительно формирования «боевого крестьянства». Он упирал на то, что исторические примеры (Российская и Австро-Венгерская империя) показали, будто бы подобного рода крестьянство могло использоваться только для нерегулярной охраны границ. Дарре полагал, что с охраной границ могли вполне успешно справиться части вермахта.

Поскольку Гиммлер все-таки был назначен Имперским комиссаром по укреплению немецкой народности, то Дарре пришлось констатировать, что он проиграл эту «борьбу компетенций». 5 октября 1939 года он направил письмо рейхсфюреру СС, в котором по привычке обращался к нему «мой дорогой Хайни». Дарре сообщал Гиммлеру, что его отстранение от формирования поселений «на Востоке» «стало одним из самых больших разочарований жизни». Кроме этого он укорял Гиммлера за то, что тот «отказался сообщать, что уже две недели происходило с новообразованием немецкого крестьянства на польских территориях». После этого Гиммлер был обязан встретиться с Дарре. Это происходило в присутствии Ламмерса. Рейхсфюрер СС обещал предоставить Дарре определенную власть в деле формирования новых «восточных поселений». Когда несколько недель спустя выяснилось, что Гиммлер отнюдь не собирался выполнять свое обещание, Дарре обратился с письмом к Герману Герингу. В нем он писал: «В вопросе поселений рейхсфюрер СС выжал меня как лимон и выбросил на помойку, он воспользовался всеми моими знаниями, всеми моими талантами, которые он использовал в личных целях и в интересах СС». Однако эти отчаянные жалобы Дарре не могли ничего изменить. Гиммлер не собирался допускать Дарре к «поселенческой политике» на «восточных территориях», которую считал своей исключительной компетенцией.

Гиммлер, одновременно являвшийся рейхсфюрером СС, шефом немецкой полиции и Имперским комиссаром по укреплению немецкой народности, сосредоточил в своих руках все инструменты власти, которые позволяли ему начать радикальнейшее «национальное преобразование» оккупированных территорий. Однако вначале он решил создать на этих территориях карательный аппарат, который бы являлся точной копией системы, сформированной годами ранее в Третьем рейхе. Высшим руководителем СС и полиции области «Восток» Гиммлер поставил Фридриха Вильгельма Крюгера, который должен был стать личным представителем рейхсфюрера СС в генерал-губернаторстве (так стала именоваться часть оккупированной Польши).

Новым в этой организационной схеме было то, что на восточных территориях высшие руководители СС и полиции должны были являться не просто «консультантами глав района», но должны были подчинить себе гражданскую власть. Формально Фридрих Вильгельм Крюгер подчинялся генерал-губернатору Франку. Однако уже в сентябре 1941 года Гиммлер официально разрешил Крюгеру не выполнять распоряжения Франка, касающиеся полицейской деятельности. В данном случае решение должен был принять сам Гиммлер. В других польских областях высшими руководителями СС и полиции были назначены: группенфюрер СС Вильгельм Копе (Вартгау), группенфюрер СС Рихард Хильдебрандт (Западная Пруссия и Данциг). Части территорий Силезии и Восточной Пруссии присоединились к областям «Бреслау» и «Кенигсберг», где высшими руководителями СС и полиции являлись Эрих Бах-Зелевски и Вильгельм Редис.

С самого начала полицейский аппарат, который формировался на оккупированных польских территориях, возник как инструмент террора. Карательные акции предполагались даже за мельчайшие провинности. Массовые аресты и казни должны были в корне задушить польское сопротивление. Эта тактика достигла своего апогея к весне 1940 года, когда частями полиции безопасности было казнено около 3500 польских интеллигентов и 3000 активистов польских партий. Чтобы облегчить осуществление террора и карательных акций, в феврале 1940 года Гиммлер издал специальное «Предписание о борьбе с актами насилия в присоединенных восточных областях». В данном случае полиция получала право незамедлительно приводить в исполнение приговоры, которые выносились полицейскими судами в отношении поляков и евреев. Иначе говоря, было узаконено нерегламентированное насилие.

Несмотря на то что проект этого предписания не встретил понимания у Ламмерса и Геринга, оно все-таки было санкционировано Имперским министерством юстиции. Гиммлер в свою очередь обещал «сдерживать» полицейские суды при вынесении приговоров. Однако эта «сдержанность» продлилась очень недолго. Со временем он заручился поддержкой Мартина Бормана и смог надавить на министерство юстиции. В итоге в декабре 1941 года он добился принятия «специального уголовного права» для поляков и евреев, которое должно было действовать на «восточных территориях». Его исполнение могло быть переложено и на органы юстиции, но те предпочли передать эту деятельность полиции и СС. «Специальное уголовное право» оказалось настолько жестким, что казнь была предусмотрена даже за самые мелкие правонарушения.

Однако не стоит полагать, что Гиммлеру никто не пытался противостоять. В начале 1940 года рейхсфюрер СС подвергся ожесточенной критике со стороны командования вермахта. Недовольство военных в первую очередь вызвали приказы Гиммлера, которые так или иначе касались вермахта. В первую очередь это относилось к массовым убийствам, которые совершали эсэсовцы на территории Польши, а также к «приказу о зачатии», благодаря которому Гиммлер планировал увеличить рождаемость в германских землях.