Но на этом участие в борьбе с бандитизмом для Круглова С.Н. не закончилось: в ноябре 1944 года нарком Берия Л.П. направил своего первого зама в Литву для оказания помощи местным руководителям органов внутренних дел и госбезопасности. Здесь проходила борьба с антисоветским подпольем, а также польскими и литовскими вооружёнными отрядами. В результате проведенных чекистско-войсковых операций в Камайской и Нобельской волостях Рокишского уезда были разгромлены три бандгруппы, при этом в числе убитых оказались солдат и награжденный «железным крестом» офицер немецкой армии. В Вильнюсском уезде войска НКВД ликвидировали польскую вооружённую банду «Сокол», которая имела связь с руководством подпольной «Армии Крайовой», поставлявшей оружие, боеприпасы и антисоветскую литературу. Наряду с борьбой с вооружёнными формированиями, проводились аресты руководителей и участников литовского и польского «буржуазно-националистического подполья». Такие организации удалось вскрыть в городе Вильнюсе, при этом был задержан полковник литовской буржуазной армии Жикайтис С.И., бывший личный адъютант президента Сметоны. Всего по состоянию на 10 декабря 1944 года органы НКВД и НКГБ Литовской ССР арестовали 3433 человека, в том числе 904 участника подполья, 206 немецких агентов и 45 немецких парашютистов. При проведении операций изъяли 7456 единиц огнестрельного оружия, 3 автомашины, 9 мотоциклов, 5 типографий, 37 радиоприёмников и радиостанций, 5 складов с оружием и продовольствием, большое количество антисоветских листовок.

15 декабря 1944 года зам наркома Круглов С.Н. и уполномоченный НКВД-НКГБ СССР по Литве Ткаченко И.М. направили из Вильнюса наркому внутренних дел Берия Л.П. докладную записку, которую тот как «заслуживающее внимания сообщение» направил в ГКО Сталину И.В. В документе говорилось «о положении в 50‑й запасной литовской стрелковой дивизии». Эта дивизия была сформирована в сентябре 1944 года на базе отдельного литовского стрелкового батальона. Комплектование дивизии проходило в городе Ярцево Смоленской области из числа призывников, поступавших из освобождённых от немецких войск районов Литовской ССР. По просьбе ЦК КП(б) Литвы и Совнаркома Литовской ССР в конце октября дивизию численностью более 25 тысяч человек рядового состава передислоцировали на малую Родину, распределив полки по Вильнюсскому, Укмергскому и Каунасскому уездам. На новом месте из дивизии начались случаи дезертирства, превысившие одну тысячу человек. Бежали не только одиночки, но и группы, причём прихватив с собой оружие. В общем-то, это было и не удивительно, поскольку в числе дезертиров находилось 830 литовцев, «выловленных войсками НКВД в лесах Литовской ССР и направленных в подразделения дивизии через военкоматы». По линии органов контрразведки «Смерш» НКВД поступили следственные, агентурные и иные данные о том, что в бега собирались пуститься ещё порядка полутора тысяч военнослужащих. При этом имелись многочисленные случаи, когда дезертиры из полков литовской дивизии уходили прямо в банды, действовавшие в этих районах.

Причиной такого явления, помимо идеологического аспекта, о котором в докладной не говорилось, являлось «исключительно тяжёлое состояние дивизии», характеризовавшееся «отсутствием элементарного порядка в частях», и, прежде всего, среди офицерского корпуса. «В дивизии не создано надлежащих бытовых условий для красноармейцев». Большое количество бойцов не имело обуви, положенного обмундирования и постельных принадлежностей. В результате подразделения дивизии поразили всеобщая вшивость, чесотка и брюшной тиф (более 500 больных). Среди командного состава процветали пьянство и отсутствие должной дисциплины. Многочисленные родственники, навещавшие бойцов, часто увозили своих детей с собой или склоняли их к дезертирству и уходу в банды. Боевая подготовка и политическая учёба в дивизии являлись неудовлетворительными. Командный состав литовского языка не знал, а офицеров-литовцев имелось совсем немного.

Органы «Смерш» зарегистрировали распространение в полках слухов о «якобы готовящемся восстании солдат», при котором они «организованно и с оружием в руках разбегутся по лесам».

Для того чтобы спасти дивизию как боевую единицу, Круглов С.Н. и Ткаченко И.М. предлагали передислоцировать её в тыловые районы СССР и впредь призывавшихся в Красную армию литовцев не оставлять на месте, а отправлять для обучения и формирования в запасные полки и бригады, дислоцированные в тыловых областях страны [76].

В связи с тем, что оуновские бандитизм и подполье не удавалось полностью ликвидировать, с подачи первого секретаря компартии Украины Хрущева Н.С. высшим руководством страны было принято решение провести прилюдное наказание главарей националистического движения. В соответствии с постановлением Президиума Верховного Совета СССР в декабре 1944 года в западные области Украины были направлены две выездные сессии Военной Коллегии Верховного Суда СССР с предоставлением им прав военно-полевых судов, предусматривавших вынесение приговоров о повешении и ссылке на каторжные работы. Одна сессия рассматривала дела, представленные Управлениями внутренних дел и госбезопасности Львовской, Дрогобычской, Станиславской и Черновицкой областей, а вторая — Ровенской, Волынской и Тернопольской (переименованной 9 августа 1944 года из Тарнопольской) областей.

По сообщению из Львова наркома внутренних дел УССР Рясного В.С., 22 декабря 1944 года были приведены в исполнение приговоры Выездной Сессии Военной Коллегии Верховного Суда СССР о повешении районного руководителя ОУН Петришина И.А. и руководителей оуновских банд Харченко Ф.Н. и Мандзюк М.И., участвовавших в убийстве 13 работников Куликовского райвоенкомата в сентябре сего года, а также о повешении руководителя банды террористов Бруха З.М. и районного руководителя Париса А.Н. Приговор приводился в исполнение публично в присутствии 200–400 человек. «Из среды собравшихся были слышны возгласы: Собакам — собачья смерть. Этих бандитов надо не вешать, а разорвать на куски».

Такие же приговоры о повешении активных участников УПА, служивших при немцах в полиции, в дивизии СС «Галиция» и осуществлявших расстрелы советских граждан, в том числе и детей, приводились в исполнение и в других западных областях Украины. Присутствовавшие при казни местные жители подавали реплики: «Правильно, смерть бандитам!» В местечке Олеско зачтение приговора было встречено аплодисментами [76].

С началом 1945 года направление служебной деятельности первого заместителя народного комиссара внутренних дел Круглова С.Н. резко изменилось: приказом наркома на него возложили «организацию охраны объектов специального назначения» в Крыму в связи с решением провести там конференцию глав правительств трёх великих держав — Советского Союза, Соединённых Штатов Америки и Великобритании. Почему вдруг для выполнения столь ответственной задачи выбор пал на руководящего работника органов внутренних дел, а не государственной безопасности? Ведь после раздела наркоматов в 1943 году охраной руководителей партии и правительства занималось 6-е управление НКГБ, а НКВД отвечал только за правительственную ВЧ (высокочастотную, защищённую от подслушивания) связь? Понятно, что это решение принял сам Сталин И.В., а нарком Берия Л.П. лишь оформил полученное распоряжение приказом НКВД № 0028 от 8 января 1945 года. Раньше Круглов С.Н. напрямую не занимался охраной правительства и при распределении обязанностей между замами не курировал этого направления, даже когда наркоматы были объединены в одно ведомство. Очевидно, Сталин И.В. внимательно отслеживал работу всех исполнителей его воли и пришёл к выводу, что такой руководящий работник, как коммунист Круглов С.Н., по-большевистски, основательно и добросовестно, справится с любой задачей, которая перед ним будет поставлена.