Ираклий отвоевал у персов Сирию, Палестину и Египет, где большинство населения составляли монофизиты. Он решил продолжить политику Юстиниана и восстановить единство церкви, пойдя на определенные уступки в вопросах, связанных с теми или иными вариациями христианского вероисповедания. Монофизиты признавали в Иисусе лишь только одно Божественное начало, что находилось в непреодолимом противоречии с православием, согласно которому в Иисусе соединены воедино Божественное и человеческое начало. Однако казалось, что можно найти компромисс между этими двумя противоречивыми точками зрения, поскольку хоть православие и признавало у Иисуса два начала — Божественное и человеческое, — но эти начала объединены в одно целое. Таким образом, можно примирить учение монофизитов и православие в рамках доктрины единобожия (или монотеизма), признаваемой и теми и другими.

Для того чтобы укрепить единство в вопросах веры и сохранить империю перед угрозой завоевания арабами-магометанами, император счел необходимым и своевременным примирить монофизитов и православных, провозгласив доктрину единобожия. Для этого в 638 г. был опубликован «Экфесис» (Изложение веры), которому должны были следовать все христиане.

Однако эта попытка спасти империю была запоздалой. Арабы-магометане уже заняли Сирию. С другой стороны, это вызвало выступление Рима против Византии. Папа Гонорий объявил упомянутую доктрину ересью.

Вскоре арабы завоевали Египет, признавший эту доктрину. Таким образом, два главных центра монофизитов были окончательно утеряны для империи. Тем не менее Константинополь от этой доктрины не отказался. В 648 г. по приказу императора Константа II был опубликован Символ веры, в котором подтверждалась доктрина единобожия и запрещались какие-либо обсуждения на эту тему.

Однако Рим сдаваться не собирался, и на заседании лютеранского синода папа Мартин I осудил, подверг резкой критике и категорически отверг и «Экфесис», и Символ веры, заявив, что они заражены ересью.

Император Констант II ответил на это сопротивление папы тем, что приказал экзарху Равенны арестовать Мартина и отправить его в Константинополь. Здесь папа был обвинен в попытке организации заговора и мятежа против императора в западных провинциях империи, после чего арестован и заточен в тюрьму, где ему пришлось перенести ужасные унижения. В конце концов он был сослан в Крым, где и умер в сентябре 655 г.

Победа императора Константина IV над арабами, в результате которой была снята осада Константинополя, безусловно, побудила его отказаться от компромисса с монофизитами и доктрины единобожия в том виде, в каком она была сформулирована, и пойти на восстановление отношений с Римом. Сближение произошло, когда папой был Виталиан; в 680 г. Константин IV (правивший с 668 по 685 г.) осудил доктрину единобожия и признал папу римского в качестве «главы всемирной церкви, восседающего на ее главном престоле». Таким образом, как мы видим, давление со стороны арабов-магометан подтолкнуло византийского императора к сближению с Западом.

Четвертый собор ясно показал монофизитам Сирии, Палестины и Египта, что Константинополь отказался от попыток примириться с провинциями, которые были оторваны от империи. Примирение императора с Римом, таким образом, было достигнуто ценой полного отказа империи от восточных провинций, население которых придерживалось монофизитских и монотеистских взглядов.

Констант II в свое время также продемонстрировал свое намерение ориентироваться на Запад. Несмотря на некоторые различия в понимании тех или иных аспектов христианского вероисповедания, которые имелись у него с папой, византийский император прибыл с визитом в Рим, где был с глубочайшим почтением встречен Виталианом 5 июля 663 г. Возможно, император хотел бы перенести свою резиденцию в древнюю столицу империи, но он понимал, что это невозможно, поскольку у него не было войск, чтобы отразить возможное нападение на Рим со стороны лангобардов. Поэтому двенадцать дней спустя после прибытия в Рим Констант II отбыл на Сицилию, чтобы разместить свою постоянную резиденцию в Сиракузах, где он был, по крайней мере, под защитой своего флота. Там он и встретил свой смертный час: в 668 г. император был убит.

Вскоре после этого, в 677 г., император Константин IV отбросил арабский флот от Константинополя при помощи греческого огня и заставил халифа Муавию платить Византии дань. Также была гарантирована безопасность византийских владений в Италии посредством подписания окончательного мирного договора с лангобардами.

Византийская империя спасла Константинополь, а также отстояла Рим и Равеннский экзархат, но отныне ввиду потери Испании и Северной Африки она располагалась исключительно на территории Восточного Средиземноморья. И в тот момент казалось, что римская церковь, которая сама потеряла возможность осуществлять свою деятельность в Африке и Испании, далека от того, чтобы ориентироваться на Запад. Созванный в 680 г. собор ясно показал, что церковь связывает свою судьбу с Византийской империей, которая стала теперь чисто греческой как по занимаемой территории, так и по духу, и практически полностью эллинизировалась. Из 13 человек, занимавших папский престол с 678 по 752 г., лишь двое — Бенедикт II (находился на папском престоле с 684 по 685 г.) и Григорий II (занимал пост папы с 715 по 731 г.) — были по происхождению римлянами. Все остальные были сирийцами, греками или хотя бы сицилийцами. На Сицилии греческая составляющая значительно укрепилась благодаря иммигрантам из Сирии, прибывшим на остров после захвата Сирии арабами-магометанами. К концу VII в. Сицилия полностью эллинизировалась.

То, что церковь стала ориентироваться на Византию, не было никоим образом связано с вмешательством византийской власти в дела папства. Роль экзарха, который, со времен правления императора Ираклия, утверждал выбор на пост папы, была сугубо формальной и символической. Выборы папы были абсолютно лишены какого-либо влияния извне; происходили они в римской среде, и вызывает удивление, что, несмотря на это, на престол св. Петра с таким постоянством восходили греки.

После подписания мира с лангобардами единственными византийскими войсками в Италии были те, которые набирались здесь же из местного населения; все остальные византийские силы были заняты в боевых действиях против арабов-магометан. Таким образом, у Византии просто не было возможности влиять на выборы папы. Однако военные, как и священнослужители, принимали участие в выборах, и их голоса имели подчас решающее значение. Большинство военных, особенно из среднего и высшего командного состава, были эллинизированы; то же самое можно сказать и о священнослужителях. Именно по этой причине ряд выдвиженцев на пост папы были сирийцами.

Однако эти войска не были послушными исполнителями приказов, исходивших от Византии. Войска были расположены далеко от местонахождения центральной власти и не имели с ней никакого контакта; поэтому они подчас не подчинялись не только экзарху Равенны, но и византийскому императору. В 692 г. папа Сергий отказался поставить свою подпись под решениями собора, которые шли вразрез со взглядами и традициями, принятыми и Риме. Юстиниан II дал приказ арестовать папу и доставить в Константинополь. Но римское ополчение взбунтовалось, и лишь благодаря вмешательству папы представитель императора, направленный выполнить приказ, избежал смерти.