Призыв к крестовому походу из Египта, а не от франков, что во времена Саладина было бы из ряда вон выходящим событием, был передан Фридриху одним из главных египетских эмиров, Фахр Ад-Дином, в конце 1227 г.: Аль-Камиль обещал вернуть Иерусалим, если император прибудет в Сирию, чтобы совместно участвовать в борьбе против султана Дамаска, которому на самом деле принадлежал Иерусалим, и его союзникам из Хорезма. Соглашение было достигнуто на этих условиях, и Фридрих начал высылать войска в Левант (прибытие герцога Лимбургского в октябре 1227 г.). К несчастью, император под различными предлогами медлил — и за это время Аль-Муаззам умер, в ноябре 1227 г., что сильно повредило статьям договора, заключенного с Аль-Камилем. С другой стороны, папа Григорий IX, раздраженный отсрочками, с помощью которых Фридрих оттягивал выполнение своего обета, а также взволнованный этими сделками с мусульманами, превращавшими крестовый поход во франко-мусульманский союз, закончил тем, что отлучил от церкви императора (28 сентября 1227 г.).

Именно тогда — несмотря на формальное запрещение папы — Фридрих решился пуститься в дорогу, из-за своих проволочек почти уничтожив результат своей ловкой дипломатической подготовки. Он не только выступил в поход отлученным от церкви и слегка поздновато для переговоров с султаном, но он также не пожелал вести с собой армию, подобную тем, что шли под знаменами Конрада III, Фридриха Барбароссы или Генриха VI: отряды герцога Лимбургского, английские крестоносцы, пять сотен рыцарей, прибывших под командованием имперского маршала Риккардо Филанжиери, плюс сотня тех, кого он привел сам, вместе составляли армию, численностью примерно менее пятнадцати сотен рыцарей и десяти сотен пехотинцев, включая крестоносцев с Кипра, монашеских орденов и франков Сирии!

Кроме того, Фридрих ухитрился оттолкнуть от себя франкское рыцарство: его отлучение отняло у него возможность рассчитывать на поддержку со стороны тамплиеров и госпитальеров, которые согласились следовать за ним, но только издали. И по своему прибытии на Кипр Фридрих II вспомнил, что Кипрское королевство зависит от империи, поскольку было пожаловано Генрихом VI Амори де Лузиньяну. Кипром правил несовершеннолетний король Генрих I, при котором регентом состоял, после своего брата Филиппа, Жан д'Ибелен: император потребовал регентство себе на основании прав и обычаев стран империи. Ибелены отказали ему, ссылаясь на обычаи заморских земель. Фридрих II, который пытался присвоить регентство в 1225 г., решил по своему приезду на остров (21 июля 1228 г.) получить его силой. Он завлек Жана на пир и там грубо потребовал уступки регентства. Жану удалось выйти из этой опасной ситуации без потери своих прав, но ему пришлось признать сюзеренитет императора над Кипрским королевством: тогда Фридрих передал регентство представителям партии киприотов, оппозиционной партии Ибеленов (Барле, Бейсан, Шенеше, Риве и Джебейл), потомкам первых соратников Ги де Лузиньяна).

Находясь отныне в скверных отношениях с баронами из клана Ибеленов (большинством сирийских баронов), Фридрих высадился в Акре (7 сентября 1228 г.). К счастью для него, Аль-Камиль и Аль-Ашраф гораздо меньше помышляли о том, чтобы сражаться с франками, чем о том, чтобы отнять Дамаск у своего племянника Аль-Назира, сына Аль-Муаззама. Благодаря «этой исключительно искусной дипломатической игре, которая в мире Эйюбидов служила задним планом германского крестового похода», у Фридриха II еще была возможность маневрировать между мусульманскими князьями. К тому же крестоносцы за тот год, что они ждали своего предводителя, не теряли времени даром: «франко-англичане» изгнали из Сидона дамаскинцев, которые владели половиной этого города и восстановили его укрепления (или, по крайней мере, его цитадель, «Морской замок»).

Со своей стороны, немцы отреставрировали крепостные стены Цезареи (весна 1228 г.) и отстроили старый Шато-дю-Руа в горах под Акрой: Монфор или Франк-Шато, как назвали новую крепость, стал главной резиденцией Тевтонского ордена, которому граф фон Хенненберг, наследник Жослена III Эдесского (последний владелец этого фьефа) уступил свои права.

Мусульманские князья использовали приход крестоносцев в Сирию как предлог для того, чтобы захватить столь желанный для них Дамаск у юного Аль-Назира, и провозгласили, что идут в Сирию защищать ее от франков и, прежде всего, помешать падению Иерусалима; однако Фридрих, едва высадившись, возобновил переговоры с Аль-Камилем.

Тот же не мог забыть, что без его зова Фридрих, возможно, так и не предпринял бы свою экспедицию: теперь император не мог уехать обратно, не получив возмещение, примерно равное возвращению Иерусалима, из опасения утратить свой престиж. Переговоры оказались необычайно сложными, ибо противники Аль-Камиля получили прекрасный козырь, позволявший им обвинить султана Египта в христианофобии. Фридриху потребовалось совершить демонстрацию своей силы (правда, не развязывая настоящих боевых действий): вот почему в ноябре 1228 г. он направился к Яффе и восстановил ее крепостные стены; завершая работы, начатые Иоанном де Бриенном в Тире, Цезарее и Шатель-Пелерене, шестой крестовый поход вписал в свой актив восстановленные укрепления Монфора, Сидона, Цезареи и Яффы. Аль-Камиль и его брат Аль-Ашраф продолжали осаждать Дамаск, и демонстрация силы Фридрихом облегчила переговоры между ним и султаном, переговоры, которые вели Томас д'Ачерра и Бальан Сидонский. Они завершились заключением необычного договора в Яффе 18 февраля 1229 г., по которому королевство получало перемирие на десять лет, в продолжение предыдущего девятилетнего перемирия, подписанного в 1221 г. В этом договоре оговаривались важные территориальные уступки для франков: Сидонская сеньория (без Бофора), в своих прежних границах, и сеньория Торона возвращались своим старым владельцам. С областью Назарета (включая туда Саферию), север королевства вновь превратился в единый блок важных земель.

На Юге возвращение земель франкам было более символическим: земли Лидды и Рамлы, половиной которой владели латиняне, были уступлены им полностью, равно как и дорога паломников, ведущая к Иерусалиму. Наконец, сам этот город вновь присоединялся к королевству, чьей столицей номинально числился уже около сорока лет. Но эта уступка, к которой прибавлялся Вифлеем, не была безвозмездной. Прежде всего, все священные для мусульман места, мечеть Аль-Аксар и Храм на Скале или мечеть Омара (священная скала, откуда, по преданию, Магомет вознесся на небо), оставались в руках мусульман: даже и речи не шло о том, чтобы монастыри Храма Господня и рыцари-тамплиеры вновь воцарились на своем прежнем месте. Но это был всего лишь религиозный анклав, поскольку сарацины не допускались туда с оружием. Город, вместе с тем, что сохранилось от его крепостных стен (Башней Давида), стал франкским, но Иерусалимский регион остался мусульманским. Его центр был перенесен в Аль-Биру, прежнюю Магомерию франков, и все деревни, зависевшие от Святого Града, остались под юрисдикцией эйюбидских чиновников. Наконец, мусульманские авторы свидетельствуют, что христианам было запрещено реставрировать стены города. По правде говоря, кажется, что у Фридриха было намерение их восстановить либо в полном объеме, либо частично, но султан заявил, что не позволит императору вновь сделать Иерусалим укрепленным городом. Этот вопрос остался плохо изученным.