3 августа по приказу Альфонсо начался суд над заговорщиками. Проходил он без огласки, в доме Сиджизмондо д'Эсте. Сначала вынесли приговор в отношении Альбертино Боччетти, Герардо Роберти и Францискино Боккаччо да Рубьера. Обвинение против Ферранте и Джулио огласили соответственно 25 августа и 9 сентября. Судьями были самые известные в Ферраре люди. 9 сентября старший судья, Антонио Костабили, прочитал обвинительный приговор. То, что заговорщиков привлекли к суду, показало приверженность Альфонсо данному им слову — соблюдать закон. Суд вынес в отношении преступников разные, хотя и суровые решения. Ферранте находился под арестом с 29 июля. Альфонсо сам тогда препроводил его в замок и поместил в башне Маркезана. Четыре дня спустя окна тюремного помещения наполовину заложили, чтобы Ферранте не мог выглянуть наружу.

В тот же день по распоряжению Альфонсо из Карпи доставили Герардо Роберти. С большой площади его вывели на пьяцетту, где уже собралась любопытная толпа. Из окон герцогских апартаментов за этим эпизодом наблюдали Альфонсо, Лукреция и Ипполито. После герцог навестил Роберти в темнице замка. Во время допроса Альфонсо рассвирепел, схватил палку и нанес узнику такой удар, что чуть не выбил тому глаз. Роберти заковали в кандалы и посадили в глубокую подземную тюрьму Большой бал пни. Раскрытие заговора и заключение преступников в тюрьму отметили звоном всех колоколов. В тот вечер по всему городу пылали костры. Так продолжалось три дня. Лукреция вместе со знатными женщинами Феррары выстояла в соборе торжественную мессу, слушала хор. После по извилистым городским улицам прошел крестный ход. В шествии приняли участие Альфонсо, Ипполито, аристократы и большинство жителей Феррары.

Лукреция, без сомнения, тяжело переносила последние события, напряжение в семье и общая атмосфера при дворе действовали на нее угнетающе. Она хорошо относилась и к Ферранте, и к Джулио. Ферранте на церемонии в Ватикане исполнял по доверенности роль ее мужа и сопровождал ее в долгом путешествии в Феррару. А когда летом она уезжала на одну из вилл Эсте, спутником ее частенько бывал Джулио, к тому же она отдавала ему предпочтение как отличному партнеру в танцах. Ипполито был безжалостен и на уговоры не поддавался, Альфонсо реагировал бурно и эмоционально. 19 августа, не выдержав напряжения, Лукреция на несколько дней уехала в Бельригуардо. Альфонсо нервничал и смотрел на всех с подозрением. Он отдал приказ, согласно которому доступ в замок имела только его охрана. Должно быть, он обидел Лукрецию, выставив ее из красивых, недавно отремонтированных апартаментов замка и переместив в покои палаццо Корте, те самые, которые занимала она во время его отсутствия. Проспери докладывал Изабелле:

Дабы показать свою власть и силу, Альфонсо навел ревизию в легкой кавалерии и провел чистку в охране.

Франческо Гонзага все еще упирался: отказывался возвращать Джулио. Сиджизмондо д'Эсте и Костабили, которым Никколо да Корреджо дал в поддержку двадцать пять лучников, не сумели убедить его выдать им Джулио и после горячей ссоры вернулись в Феррару не солоно хлебавши. Гонзага продолжал требовать гуманного отношения к Джулио, а также и к Ферранте, хотя, как заметил Баччелли, у последнего, в отличие от Джулио, не было даже оправдания за совершенное им предательство. В Ферраре, однако, придворные насели на Альфонсо: давали ему советы, как следует наказать узников. Антонио Костабили напомнил, что в Древнем Риме предателей сажали в мешок вместе с животными и бросали в Тибр. Альфонсо пообещал Пэнзага, что ни Джулио, ни Ферранте не будет причинен какой-либо физический вред, однако они должны сидеть в тюрьме. Тем временем Жиан Канторе в римском замке Святого Ангела признался папским и феррарским представителям, что примкнуть к заговорщикам принудили его братья Эсте. Канторе пока еще не выдали Ферраре. Альфонсо выгнал семью Боччетти из их родового замка Сан-Чезаре; а несчастную дочь Боччетти заставили уйти в монастырь. Имущество Джулио конфисковали, а сам он теперь не выходил из комнат замка в Мантуе. Отчаявшись, написал он письмо Альфонсо, просил прощения, объяснял, что пошел на преступление из-за Ипполито и из-за того, что Альфонсо не только не наказал его, но еще больше приблизил к себе. Такое объяснение вряд ли пошло ему на пользу. Более того, Ипполито пришел в ярость: как он смеет перекладывать вину на него! Однако действовал он хитро, исподтишка. Он даже поучал Ариосто, которого взял к себе на службу, не упоминать роль, которую он сыграл в сочиненной поэтом эклоге «Congiura».

Альфонсо поставил себе цель — вернуть в Феррару Джулио, и Франческо Гонзага не мог более сопротивляться. Папа назначил Франческо гонфалоньером. 6 сентября с двумястами кавалеристами, лучниками и stradiots (албанскими легкими кавалеристами, доставленными в Италию венецианцами) он заехал в Феррару по пути к Юлию II. Встреча их должна была состояться в Урбино. Папа задумал военную кампанию против Бентивольо. Гонзага навестил Лукрецию и провел в городе два дня. Поселили его в палаццо Корте. Из Феррары он выехал 8 сентября. 9 сентября Джулио заковали в цепи и, по распоряжению Изабеллы, передали представителю Альфонсо в Мантуе. На следующий день доверенные люди Альфонсо и Ипполито, братья Мазино и Джироламо дель Форно, привезли его в Феррару, где по приказу Альфонсо посадили в самую глубокую темницу башни Леони. Было Джулио в ту пору всего двадцать шесть лет.

Казнь заговорщиков, не принадлежавших к клану Эсте, была публичной: из замка их в повозке привезли на площадь и подняли на специально построенное возвышение, после чего прочитали приговор. Первым должен был отмучиться Францискино да Рубьера. На глаза ему надели повязку, палач оглушил его обухом топора, и. когда тот свалился, подтащил его к колоде, отрубил голову и четвертовал. Боччетти и Герардо постигла та же участь.

Нахлобученные на пики головы подняли на башню дворца Раджоне, а другие части тела развесили на трех городских воротах. 8 октября огласили смертный приговор Ферранте и Джулио, однако Альфонсо тут же отменил казнь и распорядился заточить преступников в башне Леони. Жиана Канторе наконец-то доставили в Феррару. Его посадили на лошадь со связанными за спиной руками, ноги тоже были связаны под животом лошади. Впереди Хуана ехал палач, он держал веревку, накинутую на шею певчего. Когда несчастного провозили по улицам, население плевало ему в лицо, дергало за бороду и наносило под ребра удары. В тюрьме замка пробыл он до 6 января 1507 года, после чего его посадили в железную клетку и подвесили на башню Леони. Бывший певчий одет был в тонкие лохмотья, трясся на ледяном ветру, кормили его хлебом и вином. Так продолжалось до 13 января. Неизвестно, повесился ли он сам или сделал это палач. С покойника сняли одежду и, схватив за ноги, поволокли по улицам за телегой. Тело повесили вниз головой на мосту замка Тедальдо, том самом, по которому Лукреция впервые въехала в город.