Степень зависимости Баварии возрастала во время правления сильных королей, таких как Дагоберт I (629–639), но стоило во Франкском королевстве начаться смутам, как баварская знать использовала малейшую возможность для восстановления полной независимости. В поисках союзников против франков баварцы обращались в разное время ко всем своим соседям: западным славянам, аварам, лангобардам. В правление Пипина III Короткого в течение 748–757 гг. Бавария была превращена в обычный франкский протекторат и малолетний Баварский герцог Тассилон принес вассальную присягу, хотя некоторые особенности местной жизни, традиций и обычаев были сохранены. Так, здесь существовали независимые собрания местной знати, собственный генеральные сеймы и церковные синоды. Местное своеобразие позволило повзрослевшему герцогу Тассилону пойти на прямой конфликт с Пипином III в 736 г., в тот момент, когда король франков был занят длительными войнами в Аквитании на юго-западе, а значит – в противоположном от Баварского герцогства конце своих владений. Тассилон осмелел настолько, что начал датировать официальные документы своей канцелярии годами своего правления, а значит правил страной как независимый государь. Последние годы правления Пипина III и первые годы Карла Великого, прошедшие в холодном противостоянии с Карломаном, лишь укрепляли положение блестящего правителя Баварии, правившего своей страной из столице в Регенсбурге. Веса амбициям Тассилона придавал удачный брачный союз. Онбыл женат на Лиутберге, дочери лангобардского короля Дезидерия, что существенно повышало статус Баварского герцога до уровня чуть ли не королевского. По крайней мере, сын Тассилона и Лиутберги по имени Теодон был отправлен в Рим и под давлением Дезидерия крещен там с почестями, подобающими отпрыску королевского рода.

Все перечисленное делало Баварию опасным противником, но лишь в том случае, если бы она действовала не самостоятельно, а в составе коалиции с лангобардами. Однако удачные удары Карла по королевству Дезидерия в 773–774 гг. позволили королю франков овладеть стратегической инициативой, и в дальнейшем герцог Тассилон неизменно опаздывал со своевременной реакцией на события в Италии. В момент, когда нужно было решительно выступить на севере в поддержку Дезидерия, или Атальгиза, либо Арихиза, баварский правитель выжидал, на чьей стороне будет перевес. И поскольку военная удача неизменно сопутствовала Карлу, то на открытый бунт Тассилон так и не решился. Напротив, при посредничестве Папы Римского он попытался в 787 г. формально возобновить вассальную присягу по отношению к франкскому королю. Однако коварные планы и интриги оставлены им не были, причем особую лепту вносила его мстительная супруга, дочь Дезидерия Лиутберга, желавшая отомстить за отца. И это при всем том, что реальное положение баварского правителя после поражения Дезидерия и продолжателей его дела в Италии было крайне шатким, по-настоящему сильных или хотя бы преданных союзников у него не оставалось.

Сложившейся ситуацией сполна воспользовался Карл Великий, практически без военных действий заставивший Тассилона капитулировать. Вначале в июле 787 г. он потребовал от герцога Баварии незамедлительно явиться на генеральный сейм в Вормсе, видимо, заранее зная о том, что мятежный правитель попытается уклониться от выполнения повеления. Действительно, Баварский герцог не откликнулся на призыв короля, и Карл получил формальный повод для объявления его изменником и организации военного похода против бунтовщика. С началом полноценных боевых действий франкский король не спешил, ограничившись организацией военной блокады Баварии, со всех сторон окружив страну неверного подданного франкскими войсками. Понимая безвыходность сложившегося положения, Тассилон сдался на милость короля и явился к нему с повинной головой и богатыми дарами. Однако задобрить Карла так просто было уже невозможно, поскольку король франков наглядно убедился в неверности своего строптивого вассала.

В июне 788 г. Тассилон был вызван на специально созванный королевский сейм в Ингельхайме, специально посвященный суду над непокорным герцогом. В ходе непростых разбирательств, длительного выяснения всех обстоятельств, свидетельских показаний вассалов Баварского герцога и допросов лично Тассилона было установлено, что герцог действительно вынашивал планы против Карла, вел переговоры с его врагами, не собирался придерживаться вассальных клятв и даже замышлял перебить всех сторонников франкского короля в своем герцогстве. Карой за столь тяжкие преступления могла быть лишь смерть. Однако Карл Великий проявил милосердие и заменил казнь пострижением в монахи и пожизненным заточением в монастыре. Та же доля постигла жену Тассилона Лиутбергу и его детей.

Отныне Бавария становилась обычной провинцией Франкского королевства, где насаждалось стандартное административное управление во главе с верными Карлу графами. Вместе с ней были присоединены также южнославянские области Каринтия (Хорутания) и Крайна, которые ранее покорил Тассилон. Отсюда были высланы все выявленные сторонники Тассилона. Но насаждение типичного франкского управления проходило в Баварии не без сложностей. Видимо, именно ими была обусловлена проведенная в июне 794 г. акция публичного покаяния Тассилона и повторного отказа от любых претензий на власть с его стороны. Для этого бывшего герцога доставили на генеральный сейм во Франкфурте, где и было устроено показательное представление с отречением. Судя по всему, необходимость проведенного символического акта была обусловлена недовольством части баварцев новыми франкскими порядками и ностальгией по старым временам, поэтому им следовало еще раз убедительно продемонстрировать, что наказание Тассилона было заслуженным, он сам признает свою вину и не претендует на реванш.

Связное, хотя и существенно упрощенное, описание покорения независимой Баварии оставил Эйнгард в «Жизни Карла Великого», назвав произошедшее баварской войной, хотя каких-либо масштабных боевых действий, за исключением перемещения крупных военных отрядов и организации блокады, не происходило. В основном все было решено за счет военно-дипломатического давления и при посредничестве Папы Римского, который, в частности, дал Карлу разрешение на войну против непокорного вассала. «Внезапно начавшаяся затем баварская война, – сообщает Эйнгард, – имела скорый конец. Причиной войны было высокомерие и безрассудство герцога Тассилона. По подстрекательству жены своей, дочери короля Дезидерия, желавшей с помощью мужа отомстить за изгнание отца, Тассилон попытался, заключив союз с гуннами (имеются в виду авары – прим. автора), восточными соседями баваров, не только оказать неповиновение, но спровоцировать короля на войну. Возмущенный король, не желая переносить подобной дерзости, собрав отовсюду войско, направил его к Баварии, сам же с большой армией подошел к Леху – реке, отделявшей баваров от аламаннов. Расположившись лагерем на ее берегу, Карл решил прежде чем вторгаться в страну, узнать через своих послов о намерениях герцога. Но тот, не считая полезным ни для себя, ни для своего народа дальнейшее сопротивление, смиренно изъявил покорность и дал требуемых заложников, в числе их и сына своего, Теодона, клятвенно обещая, что никакие уговоры не заставят его, герцога, восстать против Карла. Тассилон, однако, вскоре вновь призванный к королю, был им удержан; провинция же герцога была вручена для управления графам».