После победы над гитлеровской Германией боевые действия закончились, но только не для работников Наркоматов внутренних дел и госбезопасности и войск НКВД. В западных областях Украины и Белоруссии, в Прибалтийских республиках, а также на территории Польши продолжались бандитские нападения на военнослужащих, милиционеров, работников советских органов власти и мирных граждан. Осуществлялись подрывы железнодорожных путей, порча подвижного состава, поджоги предприятий и складов.

Так, в Украинской ССР 30 мая 1945 года в Ракитновском районе Ровенской области бандиты убили участкового уполномоченного райотделения НКВД и семерых бойцов истребительного батальона. В ночь на 9 июня в Ново-Ярычевском районе Львовской области был обстрелян из минномётов и пулемётов дом, в котором находился пункт связи воинской части, в результате чего оказался ранен боец и нарушены проводные линии связи. 10 июня в селе Залуковка Станиславской области нападавшие убили работника Райпотребсоюза, заведующего сельпо и двух местных жителей. 11 июня в Колковском районе Волынской области бандой «Голуба» убиты секретарь сельсовета села Рудинка, его жена и дочь. В ночь на 20 июля в городе Куты бандиты сожгли дом работника милиции, а в селе Старые Куты повесили секретаря сельсовета и председателя земельной общины. Такая же участь постигла в селе Молодятин двух оуновцев, явившихся с повинной.

В Белорусской ССР 23 мая 1945 года в Островецком районе Молодечненской области бандиты напали на дом бойца группы содействия истребительному батальону, ранили его самого и его сестру, а отца, мать и двенадцатилетнего брата убили, сожгли дом и скрылись. 3 июня в том же районе был убит участковый уполномоченный НКВД. 9 июня бандиты совершили налёт на Залесский сельсовет, сожгли документы и ограбили магазин.

Столь тревожная обстановка в западных областях республик сохранялась во многом благодаря тому, что в столице Третьего рейха Берлине, до взятия его нашими войсками, находились многочисленные украинские и белорусские антисоветские учреждения, которые поддерживали националистические выступления на территории СССР. Так, в их число входили: «Украинское бюро», «Комитет украинских организаций», «Украинская Доверительная Инстанция», «Украинское Национальное Объединение» (УНО), «Белорусское объединение в Германии», «Белорусский комитет самопомощи», газета белорусских националистов «Ранница» и другие. Многие руководители и активисты этих организаций также проживали в Берлине. Несмотря на то, что органами внутренних дел и госбезопасности эти организации были ликвидированы, а их руководители арестованы, после, действие заложенных нацистами «мин» продолжалось ещё долгие годы.

В Литовской ССР участники ряда организаций под командованием «Литовской армии свободы» саботировали проводившиеся властями мероприятия, дезорганизовывали движение поездов, осуществляли диверсионные акты на железной дороге и подготавливали вооружённое выступление «в случае военного конфликта между СССР и Англией». В ночь с 4 на 5 августа 1945 года в Алитусском и Трокайском уездах бандитами, именовавшими себя «лесными братьями», было убито 48 человек, причём в двух русских, двух польских и остальных литовских семьях.

В Эстонской ССР действовала антисоветская вооружённая организация «Борцы за свободу», основной задачей которой являлось ведение пропаганды среди населения за выход Эстонии из СССР и совершение террористических актов против советских активистов.

В Латвийской ССР немецкая разведка совместно с руководителями латышских националистов создала в 1944 году антисоветскую организацию фашистского толка «Межа-Кати» («Лесные кошки»). В эту организацию вступило достаточно много местных латышей, поскольку немцами они освобождались от мобилизации в армию и от вывоза на работу в Германию. Зато из их числа создавались шпионско-диверсионные группы, которые во время войны засылались в тыл Красной армии, а перед капитуляцией ушли в подполье и создали бандитские группы. Антисоветское движение активно поддерживалось духовенством и интеллигенцией, распространявшими слухи о том, что Англия и Америка предпринимают меры по предоставлению самостоятельности прибалтийским республикам.

В Польше ведущей силой реакционного подполья являлась партия «Стронництво Народове» («Национальная партия»), которая занимала непримиримую позицию по отношению к Советскому Союзу и Польскому Правительству Национального Единства. В бюллетене партии излагалась, в частности, такая программная установка: «Целью нашей политической борьбы является — действовать такими методами, вызвать такой эффект, чтобы НКВД и советские войска вынуждены были покинуть нашу территорию». «Стронництво Народове» имела в своем распоряжении вооружённые отряды, занимавшиеся террористической деятельностью по отношению к просоветски настроенным польским руководителям и их семьям, а также к местным жителям. Например, в протоколах 35‑го батальона Национальных вооружённых сил имелись такие записи: «2 июля 1945 года произвели операцию в деревне Булька. Избили двух шпионов и остригли волосы двум женщинам, симпатизирующим Красной армии». Или: «7 июля 1945 года произвели операцию в деревне Еднорожец. Наказали плётками четырёх пособников Сталина». Проводились и крупные нападения: 9 сентября банда «АК» численностью до 130 человек осуществила налёт на тюрьму города Радом. Для отвлечения внимания бандиты подожгли в городе сарай, а потом сильным ружейно-пулемётным огнём подавили огневые точки заставы, охранявшей тюрьму. Затем взрыв веществами повредили ворота и, проникнув в тюрьму, освободили 292 человека, в числе которых были 26 участников банд, 75 фольксдойче, 54 немецких пособника, 80 арестованных за незаконное хранение оружия и 87 уголовников.

Как и во время войны, работники НКВД-НКГБ и войска НКВД продолжали проводить чекистско-войсковые операции по борьбе с бандформированиями и осуществляли агентурно-оперативные действия по выявлению и ликвидации подпольных организаций. Нарком Берия Л.П. на основании поступавших сообщений с мест регулярно направлял докладные записки о ходе боевых действий Сталину И.В., Молотову В.М. и Маленкову Г.М.

Так, например, НКВД Украинской ССР сообщал о том, что только за период с 1 июля по 1 августа 1945 года в западных областях были проведены 2894 чекистско-войсковые операции, в результате которых убито 2380 оуновцев и 2380 взято в плен. Явилось с повинной 3653 бандита и 10758 уклонявшихся от мобилизации в армию и дезертиров. Наши потери: убито 80, ранено 52 человека.

В Белорусской ССР в течение августа месяца 1945 года в процессе очистки западных областей органы НКВД арестовали и задержали 6146 человек, 79 бандитов убили, добровольно явились с повинной 243 человека. 4 августа в Логищенском районе Пинской области ликвидирована банда, возглавлявшаяся «Гречко», убито трое, захвачено 7 бандитов. 12 августа в Домачёвском районе Брестской области уничтожена банда «Шумского», убито 29, захвачено 16 бандитов. 24 августа в Ошмянском районе Молодечненской области захвачено 9 человек из банды «Мацулевича». 27 августа убито 6 и задержан один бандит из банды «Тумаш». Изъяты пулемёты, автоматы, винтовки, гранаты, патроны.

В Литве за два месяца боёв войска НКВД ликвидировали 195 бандгрупп, уничтожили 2778 бандитов и 2946 захватили живыми, а также арестовали 4673 участников подпольных организаций, при этом изъяли много оружия. Был задержан руководитель подвижного террористического отряда и разгромлены две банды, насчитывавшие до 320 человек, которые в начале августа убили 48 местных крестьян. В результате проведения агентурно-оперативных и следственных мероприятий органы НКВД-НКГБ арестовали часть штаба Вильнюсского округа польской «Армии Крайовой» и ликвидировали подпольные типографии в Вильнюсе и Каунасе. Агентурным путём было установлено, что всеми антисоветскими подпольными организациями в городе Паневежисе и соседних уездах руководила группа немецких парашютистов во главе с полковником и капитаном, служившими сначала в литовской, а затем в немецкой армиях. Оперативные группы НКВД-НКГБ приняли меры к розыску и ликвидации парашютистов и подпольщиков.