С начала октября 1939 г. в оперативных материалах НКВД появляется информация о попытках оуновского подполья организовать мятежи в некоторых районах вновь присоединённых областей Западной Украины. Так, в донесениях Серова на имя Берии от 13.10.1939 и 14.10.1939 г. сообщалось: «…В начале сентября с.г. поляки оставили до особого распоряжения на запасных пунктах около ст. Золотиево эшелон с вооружением: пулемётами, винтовками и амуницией. При отходе войск эшелон остался, и крестьяне селений Алексин, Шпанов, Золотиев и Городок разграбили этот эшелон и оружие спрятали для сопротивления с Советской властью. Всей подготовкой восстания руководит ОУН. Эта организация агитировала против Советской власти, муссируя слухи, что 17.10 с.г. должны произойти крупные события и будет установлена военная диктатура…».

С увеличением числа завербованных агентов увеличился объём получаемой информации. Первые оперативные разработки законспирированной сети ОУН позволили органам НКВД получить информацию об организации военизированных подразделений ОУН, складах оружия и обучении боевиков. С увеличением потока получаемой информации руководители органов НКВД стали требовать от руководителей спецгрупп активизации работ по оуновскому подполью. Так, в приказе № 001353 заместителя наркома НКВД СССР В.Н. Меркулова от 5.11.1939 г. предписывалось: «…Выявить проходящих по действующим и архивным агентурным и следственным материалам участников троцкистских, белоэмигрантских, националистических, террористических и других к.-р. организаций, проживающих на территории Западной Украины и Западной Белоруссии…».

Территориальные органы НКВД Западной Украины были организованы по приказу народного комиссара внутренних дел Лаврентия Берии № 001359 от 6 ноября 1939 г.:

«В соответствии с законом, принятым Верховным Советом СССР 1 ноября с.г., о включении Западной Украины в состав Союза Советских Социалистических Республик, с воссоединением её с Украинской Советской Социалистической Республикой, приказываю:

1. Организовать:

а) Управление НКВД по Львовской области, с дислоцированием в г. Львове; подчинённые ему уездные отделы НКВД, перечисленные в объявляемом перечне № 1;

б) Управление НКВД по Луцкой области, с дислоцированием в г. Луцке; подчинённые ему уездные отделы НКВД, перечисленные в объявляемом перечне № 2;

в) Управление НКВД по Станиславовской области, с дислоцированием в г. Станиславове; подчинённые ему уездные отделы НКВД, перечисленные в объявляемом перечне № 3;

г) Управление НКВД по Тарнопольской области, с дислоцированием в г. Тарнополе; подчинённые ему уездные отделы НКВД, перечисленные в объявляемом перечне № 4.

2. Утвердить объявляемые в приложении временные штаты перечисленных выше управлений НКВД и подчинённых им органов НКВД.

3. В связи с организацией новых управлений НКВД на территории Украинской ССР, наркому внутренних дел УССР тов. Серову представить свои соображения о необходимом усилении штата Центрального аппарата НКВД УССР.

4. Укомплектование вновь организуемых органов НКВД произвести за счёт 726 человек, ранее посланных в Западную Украину. Некомплект остающегося оперативного состава покрыть за счёт действующих кадровых сотрудников НКВД республик, УНКВД краёв и областей — 100 человек, согласно объявляемой развёрстке; особых отделов НКВД Киевского военного округа — 250 человек; оперативно-чекистских школ НКВД — 150 человек и пограничных органов НКВД — 100 человек.

5. Народному комиссару внутренних дел Украинской ССР тов. Серову произвести расстановку личного состава по объявляемым штатам. Расстановку выслать в Отдел кадров НКВД СССР на утверждение.

6. Всех лиц, ранее направленных для работы в органах НКВД Западной Украины, считать на постоянной работе, в соответствии с чем командировочные вознаграждения этим сотрудникам — отменить.

7. Моему заместителю тов. Круглову направить в распоряжение НКВД УССР тов. Серова на укомплектование должностей машинисток органов НКВД СССР — 60 человек. Вахтёрский и комендантский состав в количестве 200 человек товарищу Серову выделить из личного состава батальонов погранвойск НКВД, приданных оперативным группам НКВД УССР. Приложения разослать по принадлежности.

Народный комиссар внутренних дел Союза ССР Л. Берия».

В 1940 г. к СССР от Румынии отошли Северная Буковина и Бессарабия. Северная Буковина была присоединена к Украинской ССР под названием Черновицкая область, а из южной части Бессарабии была образована Аккерманская область УССР, переименованная 7 декабря в Измаильскую. Остальная часть Бессарабии вместе с выделенной из УССР Молдавской АССР составили Молдавскую ССР. Приказом НКВД СССР № 00964 от 9 августа 1940 г. организованы управления НКВД по Аккерманской и Черновицкой областям УССР» с дислоцированием в городах Черновицах и Аккермане (с 1944 г. — г. Белгород-Днестровский).

Перед началом войны оуновцы активизировались. В апреле 1941 г. в регионе было зарегистрировано 47 террористических актов. Было убито 8 председателей сельсоветов, 7 председателей правления колхозов, 3 комсомольских работника, 5 работников районного советского аппарата, 1 учительница, 1 директор школы и 16 колхозников-активистов. В мае 1941 г. было совершено 58 террористических актов, в результате которых убито 57 и ранено 27 человек. Объектами нападений стали председатели и секретари сельсоветов, председатели колхозов и колхозные активисты, партийно-комсомольские работники, школьно-клубные работники, работники советского аппарата и милиции, военнослужащие и члены семей сельского актива.

В связи с участившимися убийствами партийного и советского актива 4 апреля 1949 г. Политбюро ЦК ВКП(б) приняло решение о выдаче личного оружия высшим представителям власти в регионе:

«Строго секретно. Вопросы западных областей Украины.

1. Предложить Генштабу РККА в 2-хнедельный срок выдать револьверы и патроны к ним следующим работникам западных областей УССР: секретарям обкомов партии, первым, вторым и третьим секретарям райкомов и горкомов КП(б)У, председателям и заместителям председателей облисполкомов, председателям и заместителям председателей райисполкомов, зав. облторготделами, зав. отделами обкомов партии и первым секретарям обкомов комсомола — всего 1800 револьверов.

2. Обязать НКВД УССР обеспечить выдачу разрешения на ношение оружия (револьверов) указанным работникам».

10 апреля 1941 г. вышел циркуляр Народного комиссариата государственной безопасности УССР «Об усилении борьбы с националистическим подпольем в западных областях Украины». Циркуляр подписал нарком государственной безопасности УССР П. Мешик. Приведём текст циркуляра:

«Поступившие за последнее время в НК ГБ УССР материалы свидетельствуют о том, что ОУН по заданию Краковского провода ведёт на территории западных областей УССР усиленную работу по подготовке к вооружённому выступлению против Советского Союза, намечаемому на весну 1941 г. По имеющимся в УНК ГБ Дрогобычской, Тарнопольской и Ровенской областей данным, вооружённые выступления намечены на период между 20 апреля и 1 мая сего года.