Почти сразу же по освобождении, 1 мая 1927 года, в неделю Антипасхи, епископ Павлин в московском храме Воскресения Христова в Сокольниках рукополагает иеродиакона Андроника в иеромонаха.

1 декабря 1927 года епископа Павлина назначают на Пермскую и Соликамскую кафедру. Отец Андроник едет с ним. Владыка часто наезжает в приходы, в том числе в Чердыни, самой отдаленной части своей епархии, редко посещаемой архиереями. Однажды владыка послал отца Андроника на какой-то праздник послужить в приходском храме. Батюшка отказывался, ссылаясь на то, что не сможет служить сам. Владыка дал ему в помощь протодиакона. Отец Андроник сказал протодиакону: «Ты во всем мне подсказывай, ибо я могу ошибаться». Это была первая и последняя самостоятельная служба отца Андроника на приходе за всю его жизнь.

Периодически епископ Павлин ездил по служебным делам в Москву, отец Андроник сопровождал его. В Москве они останавливались неподалеку от Новоспасского монастыря, в особенно близком владыке семействе Иосифа Калинкина, его духовного сына. На ночь владыке стелили на кровати, а отец Андроник, не привыкший спать на мягком, ложился на полу.

В Перми отец Андроник приобрел немало друзей среди священнослужителей. По-видимому, это повлияло на то, что после первого заключения в 1935 году он вернулся именно в Пермь (впоследствии пермские друзья будут посещать его в Глинской пустыни и в Тбилиси). В частности, он близко познакомился с председателем церковного совета церкви села Гамово Димитрием Пьяных, впоследствии иеромонахом, подвижником и исповедником. В 1940-х годах их вместе арестуют по одному делу.

С приездом епископа Павлина церковная жизнь в Перми активизировалась. Уставные богослужения с пением, вдохновенные проповеди владыки и его помощников привлекали прихожан, храмы наполнялись богомольцами. В Вознесенско-Феодосьевском соборе образовался настоящий монастырь: здесь объединились около сорока монахов и монахинь. В разговорах с прихожанами помощники владыки позволяли себе достаточно резкие высказывания. Отец Таврион говорил, что скоро придет конец долготерпению Божию, и призывал коммунистов одуматься.

Такая деятельность не могла не привлечь пристального внимания властей. Именно в это время происходит существенное изменение всей государственной политики по отношению к Церкви. В 1928–1929 годах руководящая группа ЦК ВКП (б) во главе со Сталиным принимает общий курс на свертывание нэпа, насильственную коллективизацию, ликвидацию кулачества. По отношению к Церкви как «охранительнице старого порядка» начинается последовательная и целенаправленная политика на уничтожение. Объявляется первая «безбожная» пятилетка. Уничтожаются оставшиеся монашеские коммуны, ускоряется и упрощается процедура закрытия церквей. Пермский Вознесенско-Феодосьевский собор опутала целая сеть осведомителей. В январе 1930 года были арестованы настоятель, диакон, староста, новый председатель церковного совета гамовской церкви, сама она перестроена под хлебозавод.

2 декабря владыку Павлина переводят на новую кафедру — его назначают епископом Боровским, управляющим Калужской епархией, впоследствии — епископом Калужским. 8 января владыка Павлин и отец Андроник приезжают в Калугу. Здешние священнослужители встретили владыку более прохладно из-за его крестьянского происхождения, простоты, непринужденного общения с народом, скромного монашеского вида. Тем не менее он продолжал деятельность, подобную прежней: ввел особо торжественные воскресные богослужения со всенародным пением, много читал, помогал прихожанам продуктами и деньгами, хотя сам очень нуждался. Его деятельность укрепляла дух верующих в условиях тяжких гонений. За время управления епархией епископу Павлину выпало немало: были взорваны четыре собора, расстреляны сто шестьдесят шесть священно и церковнослужителей.

Отец Андроник проживал на Барановой горе, в доме двенадцать, служил в Казанской церкви и, как и прежде, будучи верным послушником владыки, активно участвовал в его деятельности, явно не угодной властям. В 1930 году на квартире епископа был произведен обыск, у отца Андроника нашли немного мелочи, разменной монеты, о которой он, вероятно, не успел известить налоговые органы. Карательные органы повсюду искали хищения, сокрытия. Отца Андроника обвинили в сокрытии разменной монеты и осудили на шесть месяцев принудительных работ. Вероятно, эта мера должна была припугнуть священника, однако его деятельность продолжалась. 1 июня 1931 года его арестовали, обвинив в ведении антисоветской агитации. В течение месяца его держали в тюрьме, допрашивали.

В это время ОГПУ раскручивало дело о монархической организации города Калуги. После закрытия в 1922 году калужского женского монастыря монахини продолжали окормляться у бывшего монастырского духовника священника Иоанна Протопопова. Вместе с бывшим монастырским диаконом он служил теперь в Богоявленской церкви. Монахи также регулярно посещали квартиру своей бывшей игумении — по сути пытались сохранить монастырскую жизнь в создавшихся условиях. Священника, диакона и игумению арестовали и обвинили в создании монархической организации и ведении антисоветской агитации среди церковников и крестьян. «Доказательствами» были поминание ими на богослужениях и в записках осужденных священников и монахов с эпитетами «страждущих», «в тюрьмах и ссылках заключенных», а также «распространение провокационных слухов среди населения антисоветского характера». Их осудили по статьям 58–10 и 58–11 УК РСФСР (контрреволюционная деятельность).

К этому делу привязали и отца Андроника. Как отмечалось в деле, «кроме указанной организации, в городе Калуге имелось еще несколько лиц из монахов, которые самостоятельно вели обработку паствы в антисоветском направлении». Среди этих «нескольких» был и отец Андроник. Некий свидетель Шевелов показывал против него: «Он сейчас ведет усиленную работу по привлечению на свою сторону монашествующих группы Протопопова, а также из мирян, чего он отчасти и добился, имея вокруг себя из них группу, которые смотрят на него как на своего благодетеля, а Андроник использует это в антисоветских целях». Шевелов приводит слова отца Андроника, сказанные на паперти церкви трем верующим: «Вот видите, какие аресты производят большевики, вера для них большой враг, мы должны как можно теснее сплотиться вокруг имени Христова, чтобы быть непобедимыми». Также осведомитель сообщил: «Часто приходится слышать, когда у Андроника спрашивают: «Услышим ли мы когда колокольный звон?” — а он отвечает: «Подождите, скоро везде зазвонят"». Видимо, эту фразу отцу Андронику припомнили на допросе — именно ее он считал причиной своего первого заключения. Однако в его воспоминаниях она звучит так: «Бог даст, и зазвонят». В первой версии звучит какое-то триумфаторское торжество, во второй — христианская надежда. Вероятно, осведомитель исказил слова отца Андроника, ориентируясь на настроения следователей.

На допросах отец Андроник показывал: «К советской власти я отношусь как к власти, посланной Богом. То, что было написано в Священном Писании, то сбылось. Было написано, что наступит время антихристово, когда Церковь будет поругана, то сбылось. Никакой антисоветской агитации я не вел и не веду. Группирования вокруг меня церковников нет. Больше добавить ничего не могу».

28 июня постановлением тройки при ПП ОГПУ Московской области отца Андроника осудили по статьям 58–10 и 58–11 УК РСФСР и отправили в исправительно-трудовой лагерь сроком на пять лет.