Второе заключение батюшки пришлось на годы Великой Отечественной войны. Говорят, что из семи лагерных эпох самая страшная — война. «Кто в войну не сидел, тот и лагеря не отведал»: до предела урезали и без того скудный паек, ухудшались продукты, увеличивались работы, устрожались порядки.

Однако, по воспоминаниям батюшки, в лагере было легче, чем в тюрьме: не допрашивали, только сильно беспокоила шпана, если к ней попадешь. Много работали. Отец Андроник был дневальным. Трудолюбивый, внутренне благородный священнослужитель вызывал уважение не только у осужденных, но и у охранников.

…В лагере чистит уборные,

Кто выполнит дело позорное?

Выполнит весело, тщательно, честно —

Только один этот старец, известно.

Да еще скажет: «Ведь я не один —

Или не ведаешь? А Дамаскин?»

Его очень уважал и дорожил им и сам начальник лагеря. В камере батюшка поселился возле отхожего места: там было освещение. Каждую ночь он читал акафист Страстям Христовым, который ему каким-то образом удалось раздобыть или пронести с собой в заключение.

Христиан, подвижников, страдающих за Христа, Господь утешает порой чудесным образом. Однажды в ночной тиши, когда отец Андроник, как обычно, читал акафист, загремели ключами в дверях. Он подумал: «Пусть меня посадят в карцер за нарушение режима, но будет большой утратой, если заберут акафист». Тут открывается дверь и в камеру входит его покойная мама. «Мамочка!» — вскричал отец Андроник. Она подошла к нему и проговорила: «Сынок, не скорби, тебя Божия Матерь не оставит». И видение исчезло. Когда отец Андроник рассказывал об этом, он добавил, что его мать «была полтавская деревенская хохлушка и не знала русского языка, а тут говорила на чистейшем русском». «Батюшка, так это была Сама Матерь Божия!» — воскликнул тогда его келейник, на что батюшка промолчал.

Среди заключенных лагеря было много священников и епископов, которым иногда удавалось тайно отслужить литургию и освятить Дары. Потом священники хранили Святые Дары под видом сухариков, многие причащались каждый день. Так поступал и отец Андроник. Однажды тюремщик, напившись допьяна, в каком-то сатанинском озлоблении хотел его убить. Когда отец Андроник понял это, первой мыслью его было — как поступить с Дарами, которые он тайно носил на груди. Он быстро развязал узелок и проглотил Дары. Тюремщик удивился, что арестант решил что-то съесть перед смертью. Он вынул револьвер, направил на старца, выругался и нажал на спусковой крючок. Осечка. «Тебе повезло», — сказал он и со злости бросил револьвер на пол.

Срок заключения отца Андроника истекал 17 июля 1944 года. Однако в это время шла война и освободившихся заключенных с Колымы не отпускали: либо оставляли в лагере, либо определяли на положение ссыльных при тех же лагерях. С отцом Андроником случилось последнее. После освобождения из лагеря его взял к себе в дом начальник лагеря. Там отец Андроник вел хозяйство: готовил обед, стирал, присматривал за детьми, ухаживал за огородом и домашними животными. В семье начальника лагеря его очень полюбили — он им был как родной. Жена начальника расспрашивала его о духовной жизни. Ему даже предоставляли отдельную комнату в доме, но он отказался, несмотря на уговоры, избрал себе местом жительства сарайчик. Там он отгородил от скота небольшое местечко, где и отдыхал, молился. По-видимому, он сильно болел в то время, так как просил начальника в случае его смерти сообщить о ней в Патриархию.

У него было большое усердие, но не человекоугодие. Однажды он повесил иконку Воскресения. Когда начальник стал его за это упрекать, он ответил: «Не нравится — уйду в лагерь», и начальник отступился. В другой раз хозяйка набрала ему стирать ворох белья. Он, монах, все перебрал, отложил в сторону ее нижнее белье: «Это вы постираете сами», остальное унес. Больше она никогда в общую кучу свое белье не складывала.

Тем временем положение Церкви серьезно изменилось. Еще в 1939 году в политике Сталина наметился новый курс: поворот от массированного наступления на Церковь в сторону прагматически-утилитарного подхода к ней. С 1943 года новый курс укрепился. Война повлекла за собой религиозное возрождение в стране. Патриотическая деятельность Церкви, обращение властей в ходе войны от интернационализма к русским национальным патриотическим традициям, стремление нейтрализовать действие фашистской пропаганды, отношения с союзниками, внешнеполитические планы — все это привело к серьезным послаблениям антицерковной политики государства. Правительство разрешило избрать патриарха, возобновить издательскую деятельность, духовное образование, открыть сотни храмов. Церковь сумела выстоять в условиях жесточайших гонений — это стало ясно.

В 1946 году монастырям были возвращены изъятые земли, а в некоторых случаях даже выделены новые из госфонда; им разрешили заниматься промыслами, организовывать мастерские и т. п. Кроме идеологических тому были чисто экономические причины: обителям установили высокие и жесткие обязательства по натуральным поставкам сельхозпродукции. По замыслу советского руководства монастыри должны были кормить разоренную страну.

Все эти монастыри были воссозданы в период войны. Так, в 1942 году была вновь открыта Глинская пустынь.

Ее возобновителем стал прежний настоятель архимандрит Нектарий (Нуждин). После закрытия обители, живя в Путивле, он тайно служил и исповедовал. Ему удалось сохранить незначительную часть имущества монастыря. При первой же возможности он поехал восстанавливать обитель. К тому времени от монастыря осталось лишь шесть полуразрушенных зданий. Имущества не было, кроме сохраненного отцом Нектарием: обитель жила на приношения вновь поступавшей братии и на пожертвования прихожан. Монахи жили в нищете, но истинно подвижнически, отец Нектарий ввел строгий устав, основанный на Афонском. Весть об открытии обители быстро распространилась, начала собираться братия. Особенно стремились в Глинскую пустынь ее бывшие насельники. Среди них были старцы высокодуховной жизни: иеросхимонах Серафим (Амелин), иеросхимонах Никодим (Калиуш), схиигумен Антоний (Ветер) и другие. В 1943 году настоятелем стал отец Серафим (Амелин), духоносный подвижник, ныне прославленный в лике святых. Именно ему обитель обязана своим новым духовным расцветом и внешним благоустройством.

Монастырь обязали платить большие налоги, доходы были невелики, однако он продолжал помогать бедным, жертвовал в Фонд обороны. Несмотря на все трудности, духовная мудрость и молитвы настоятеля быстро умножали братию, влекли в обитель духовно опытных иноков, многие из которых пострадали за Христа в ссылках и лагерях. К 1944 году в Глинскую пустынь вернулось не менее двадцати ее прежних насельников, а к 1953 году — не менее тридцати семи.

Отец Андроник узнал об открытии Глинской пустыни в 1948 году от местных монахинь. Ему даже показали фотографию ее нового настоятеля отца Серафима. Отец Андроник стал просить начальника отпустить его в монастырь. Тот, сильно привязавшись к батюшке,