Другие испанцы верхом на лошадях въехали в казавшиеся спокойными воды, чтобы помочь своему командиру. Но водоросли скрывали глубокое илистое дно. Кони ушли под воду под тяжестью доспехов своих наездников, и 8 из них утонули бесследно. В конце концов, Эрнандо Писарро достиг северного берега реки под насмешливые выкрики индейцев-лупака. Отчасти он был обязан своим спасением людям Паулью, которые стремились доказать свою верность испанцам. Как впоследствии свидетельствовал Паулью, «Эрнандо Писарро находился уже дальше вниз по течению реки, но когда я, Инка, увидел его, я помог ему и сделал то, что я должен был сделать тогда и по сей день считаю своим долгом делать для каждого слуги его величества, хотя я имел возможность уничтожить их всех до одного».

Той ночью из запасов бальсового дерева инков были сделаны два больших плота. На следующий день их спустили на воду, и испанцы поплыли на них по речному заливу. На первом плоту в толпе 40 одетых в латы испанцев находился Эрнандо Писарро. За ним шел второй плот, на котором был Гонсало Писарро и кони, которых нужно было держать подальше от берега, пока испанцы не закрепятся на плацдарме. Вероятно, эти плоты выглядели как живые иллюстрации к сюжету гобелена Байё, на котором армия Вильгельма плыла к Гастингсу. Эрнандо Писарро спрыгнул в воду, которая оказалась ему по грудь, и пошел вброд к берегу, борясь с водорослями. Даже будучи пешими, испанцы были неуязвимы благодаря своим стальным доспехам и шлемам, «так как их нельзя было поразить копьем, и они передвигались с места на место, не неся почти никаких потерь». Подоспели индейцы-союзники на своей флотилии тростниковых лодок, лошадей свели на твердую землю с плота, и испанцы получили возможность собрать заново понтонный мост, который их противники просто перетащили к южному берегу реки. Как только испанцы сели на лошадей, сражение было выиграно. День закончился обычным кошмарным преследованием индейцев по ровной саванне в направлении развалин Тиауанако. В плен был взят вождь Кинтираура, а его деревня была сожжена.

Братья Писарро продвигались дальше по плато, милостиво относясь к сдающимся местным жителям. Эрнандо решил вернуться в Куско, чтобы приветствовать своего брата Франсиско Писарро и объясниться с ним по поводу казни его партнера Альмагро. Он оставил ведение этой военной кампании на Гонсало Писарро, не подозревая еще, что впереди его ждет еще одно восстание индейцев.

Манко отправил своего дядю Тисо в Кальяо. Он был самым грозным из оставшихся в живых полководцев Уайна-Капака, человеком, который сидел чуть ниже Чалкучимы на коронации преемника Атауальпы Тупака Уальпы в Кахамарке. Тисо начал с казни Инки Чалько Юпанки, который был правителем кольясуйю, назначенным еще Уайна-Капаком. Чалько слишком уж старался помочь Альмагро в 1536 году, «он вел его в Чили, показывая ему дороги и заставляя индейцев, которые встречались им по пути, повиноваться ему и не причинять ему никакого вреда». Как утверждал впоследствии внук Чалько, «Инка Манко узнал, что наш дед благосклонно относился к испанцам, и послал одного из своих военачальников по имени Тисо с большой армией убить его… Тисо схватил его в провинции Покона, где жили индейцы-чарка и чинча, и убил его там однажды ночью, когда я [его внук] был вместе с ним».

Вдохновленные влиятельным Тисо и руководствуясь чувством самосохранения, племена Консоры и Поконы с восточных предгорий плато объединились в союз с воинственным племенем чинча. Возглавляемые вождем племени чинча Торинасео, они решили оказать сопротивление продвигавшимся вперед испанцам.

Теперь Гонсало Писарро перенес завоевательный поход на территорию, которую губернатор Писарро описывал королю как «малонаселенную местность, в которой укрепился военачальник Тисо, дядя Инки». В течение пяти дней Гонсало Писарро прокладывал себе дорогу в долину Кочабамбы. Оказавшись в ней, он, его отряд из 70 европейцев и 5 тысяч индейцев-союзников обнаружили, что находятся в окружении воинов, которые заняли все тропинки, ведущие из долины. Испанцы провели тревожную ночь в окружении мигающих огней костров индейской армии, расположенных на склонах гор вокруг того жилья, в котором они расположились. Командир ободрял их речами, полными бравады, но их лошади были под седлами, а их часовые настороже. На следующее утро они опять начали сражение с броска в самую гущу воинов противника. Гонсало Писарро сам встал во главе одного отряда. Другой был под командованием капитана Гарсиласо де ла Веги, который после женитьбы на женщине из рода Инки Чимпу Окльо, крещенной как Палья Исабель Юпанки, недавно стал отцом ребенка, которому предстояло стать самым известным хронистом инков: это был Инка Гарсиласо де ла Вега. Третий отряд возглавил Оньяте, который заботился о сыне Манко Титу Куси с момента его пленения. В этот же отряд входили и 5 тысяч индейцев рьяного Паулью.

Сражение было яростным, так как индейцам «удалось окружить лагерь бесчисленным количеством толстых кольев, чтобы испанцы не смогли использовать своих лошадей». Индейцам-союзникам пришлось убирать эти препятствия. Коренные жители издавали боевые кличи, от которых кровь стыла в жилах, и обе противоборствующие стороны дрались, «сцепившись друг с другом, причем кастильцы наносили врагу ощутимые потери своими копьями и мечами и топтали индейцев своими конями». Гонсало Писарро и Оньяте вступили в бой с вождями Консоры и Поконы, у которых было 8 или 9 тысяч воинов.

А тем временем индейцы-чинча атаковали испанскую пехоту и их союзников-индейцев, которые находились в поселке под защитой кавалеристов с Габриэлем де Рохасом во главе. Решающим фактором в этом последнем бою было отношение воинов Паулью. Паулью явно надо было проявлять всю полноту своей власти, чтобы удержать их от искушения присоединиться к своим соотечественникам. На следующий год он утверждал, что в ходе сражения был момент, когда «индейцы убили двоих христиан и ранили 15 человек, которые стали спасаться бегством». «Но я подтянул резервы, обеспечил им подкрепление и заставил их повернуться лицом к врагу. А так как мои собственные воины обратились в бегство, я убил нескольких из [моих] индейцев». Мартин де Гуэльдо подтвердил это заявление Паулью: «Этот свидетель видел, как Паулью ходил с обнаженным мечом в руке, и слышал, как тот сказал, что ранил нескольких своих индейцев, потому что они обратились в бегство. Свидетель также видел, как он выражал несогласие своим вождям, потому что они не собирались воевать, и видел, что он заставил их вновь повернуться лицом к врагу» Алонсо де Торо зашел еще дальше в восхвалении Паулью: «Если бы там не было Паулью, испанцы понесли бы тяжелые потери. А если бы он встал на путь измены, они пострадали бы еще больше — спаслись бы лишь немногие или вообще никто». Для дела национального освобождения стало трагедией то, что Паулью так решительно поддерживал испанцев, так как он был, без сомнения, отличный солдат. Он знал, что воюет против сподвижников своего брата и все же, по словам Гуэльдо, он не повернул 5 тысяч своих воинов против 70 испанцев, даже когда те совершенно выдохлись, сражаясь целый день на такой большой высоте над уровнем моря. Его убежденность в том, что испанцы неизбежно одержат победу, и его стремление удержать за собой титул Инки перевесили всякое чувство патриотизма.

Сражение у Кочабамбы длилось целый день и ночь «с величайшим упорством, которое было характерно для любых сражений с индейцами этой страны». Твердость Паулью имела решающее значение, так как индейцы-чинча, которые никогда раньше не сталкивались в бою с испанскими солдатами, не выдержали первыми и бросились бежать в горы, а их вождь на бегу кричал: «Мы пропали!» Испанские конники сломили дух индейцев-чарка и вторую половину дня провели в опустошающем преследовании, в результате которого на поле боя осталось 800 мертвых индейцев.