Сам Манко благоразумно отошел за реку Апуримак, когда услышал, что сильные отряды под командованием Франсиско Писарро и Ильяна Суареса де Карвахала охотятся на него. Испанцы были убеждены, что он доживает свои последние дни. В феврале 1539 года Писарро написал королю, что Манко «ретировался с немногими своими людьми в полнейшем беспорядке, и с ним почти покончено», но в той же самой депеше он признал, что Манко снова «рассылает гонцов по всей стране, чтобы еще раз поднять ее на восстание». Епископ Вальверде писал: «Дни взбунтовавшегося Инки сочтены, так как он ведет за собой очень мало людей. Коренное население страны так устало от войны, что не пойдет за ним, а останется в своих деревнях». Епископ надеялся, что Манко можно выманить из его укрытия, и рекомендовал обращаться с ним милостиво, если он выйдет сам. Писарро был менее мягок: «Когда наступит лето, он не сможет защититься от меня, так как сейчас вся страна против него. Он будет у меня в руках, мертвый или пленный». И Вальверде, и Писарро, оба они признавали, что дух восстания поддерживали только два его мужественных лидера — Инка Манко и Вильяк Уму. «Если бы они были схвачены, вся страна немедленно покорилась бы, как это и должно быть… Но до тех пор, пока у коренного населения есть на свободе вожак, оно всегда может дать волю своим пагубным фантазиям».

Оставив идею скрыться в Чачапоясе, Манко решил построить для себя новое убежище в районе Виткоса, которое будет уже не таким уязвимым для испанской кавалерии, каким оказался Виткос. Он решил превратить поселок Вилькабамбу в свою новую столицу. Его сын писал: «Он вернулся в город Виткос и оттуда отправился в Вилькабамбу, где и остался на отдых в течение нескольких дней. Он построил дома и дворцы, чтобы сделать это место своей главной резиденцией, потому что там теплый климат». Новая столица располагалась ниже, чем Виткос, и глубже в лесах Амазонки. Вероятно, Манко выбрал это место потому, что там он спасся от Оргоньеса, когда тот со своим отрядом проник в Виткос.

Вилькабамба — это название, полное тайны. Это затерянный город Инков, легендарная последняя столица Инки Манко и его преемников. В течение свыше двухсот лет, с момента возобновления интереса к археологии доколумбовых времен, существуют предположения относительно местонахождения Вилькабамбы. Последующие поколения принимали различные пункты за наиболее вероятное ее расположение. Чтобы понять причину поиска Вилькабамбы, необходимо знать историю ее оккупации в XVI веке. Потрясающая история этих поисков будет изложена несколько позже.

В начале 1539 года Манко получил небольшую передышку, чтобы построить Вилькабамбу. Трое братьев Писарро продолжали активно действовать. Третьего апреля Эрнандо уехал из Куско в Испанию, чтобы оправдаться перед королем Карлом за казнь Альмагро. Чтобы смягчить короля, он взял с собой кое-какие сокровища, а также анонимный отчет об осаде Куско, который настолько восхвалял его заслуги, что создавалось впечатление, будто он противостоял Манко один на один. Губернатор Франсиско Писарро уехал в район Кальяо, в котором недавно был восстановлен порядок его братьями. Король Карл сделал его маркизом, но Писарро еще не решил, название какой территории лучше взять для своего титула; он предпочитал выбрать что-нибудь выгодное, например территории, на которых располагаются серебряные рудники, но так и не пришел к окончательному решению. В комплекте с титулом маркиза шел и новый герб. На нем были изображены семь индейских вождей, скованных золотыми цепями и образующих круг. В его центре был изображен Атауальпа с металлическим обручем на шее и двумя опущенными вниз руками, которые были погружены в два сундука с сокровищами, — так в геральдике отразилось подчинение индейцев в ходе конкисты и захват их сокровищ.

В апреле самый младший из братьев Писарро, Гонсало, отправился наносить Манко завершающий удар в Вилькабамбе. Испанцы возлагали большие надежды на экспедицию Гонсало. «Полагают, что раз [Инка] окружен со всех сторон, то он не сможет избежать смерти или плена. Когда это будет сделано, в стране снова воцарится мир; но до этого — все очень неопределенно». В нашем распоряжении имеются отчеты очевидцев об этой кампании с обеих сторон: со стороны испанцев и со стороны индейцев. Обе версии были записаны в одно и то же время, тридцать лет спустя, двоюродным братом Гонсало Педро Писарро и сыном Манко Титу Куси, который в 1539 году был похищен из дома Оньяте в Куско и отвезен к своему отцу в Вилькабамбу.

Гонсало Писарро возглавлял большую экспедицию: «300 самых лучших военачальников и солдат», согласно оценке Педро Писарро. Но молодому Титу Куси показалось, что испанцев было несчетное количество: «Я не могу сказать, как много их было, так как джунгли были густые, и невозможно было сосчитать их». С ним также был отряд индейцев, который возглавлял его друг Инка Паулью.

Испанцы продвигались верхом в глубь территории инков, насколько это было возможно. Затем им пришлось оставить лошадей под охраной и следовать дальше пешком до места, где, по слухам, укрепился Инка. По-видимому, они переправились через реку Урубамбу по мосту Чукичака и отправились вверх по ущелью реки Вилькабамбы до перевала, огибая Виткос. Вероятно, отсюда дорога к новому убежищу Манко в Вилькабамбе шла через джунгли, которые были слишком густы для лошадей: никакая иная местность не заставила бы испанцев расстаться со своими любимыми животными.

По мере продвижения по долине реки Вилькабамбы захватчики вступали в многочисленные стычки с местным населением. «Однажды утром они шли гуськом по скалистому горному склону под названием Чукильюска, очень крутому и опасному и [покрытому] джунглями и подлеском». Гонсало Писарро был во главе колонны, а его двоюродный брат Педро Писарро и Педро дель Барко замыкали шествие. Гонсало остановился, чтобы вынуть камешек из сапога, и приказал Барко встать впереди. В этом месте тропинка проходила по двум новым мостам над небольшими речками, и джунгли внезапно расступились, открыв на склоне горы расчищенное пространство шириной около сотни ярдов. Педро дель Барко повел колонну через открытое место и далее в джунгли, расположенные за ним. Чуть позже Педро Писарро почувствовал, что новые мосты должны были бы их насторожить, так как оказалось, что индейцы их построили специально для засады. Люди Манко стали вдруг катить вниз на колонну по открытому горному склону «огромные валуны в большом количестве». Три испанца были ими сметены и погибли. Лучники, спрятавшиеся среди деревьев, одновременно открыли огонь и убили еще двоих. Передние ряды испанцев побежали вперед, но обнаружили, что проход преграждает кусок скальной породы, укрепленный индейцами посредством брустверов. Задние ряды колонны, где находились Гонсало Писарро и Инка Паулью, ринулись назад. По словам кипу-камайоков, индейских хранителей устной истории, которых опросили три года спустя, Гонсало вместе с другими военачальниками хотел отступать, думая, что голова колонны уничтожена. Паулью настаивал, что было бы ошибкой бросать авангард, и испанцы последовали его совету, несмотря на подозрение, что, возможно, он заманивает их в новую ловушку. Педро Писарро чувствовал, что индейцы небрежно сделали то, что могло бы быть отличной засадой. Им следовало бы не открывать огня до того момента, пока голова колонны не начнет атаковать препятствие на тропинке, а сбрасывать валуны нужно было только тогда, когда и остальные захватчики столпятся на открытом месте. Но все произошло так, как произошло, и испанцы вновь соединились вместе и отступили той ночью до пункта, где они оставили своих коней. Среди них было «много раненых и тех, кто струсил», и они отправили в Куско гонца за подкреплением. По словам кипу-камайоков, на Чукильюске было убито 36 испанцев.