В ожидании подкрепления Гонсало Писарро попытался вести с Инкой переговоры. С этой миссией были посланы два родных брата сестры-королевы Манко Куры Окльо. Манко пришел в ярость от предательства этих людей, которых звали Уаспар и Инкиль. Он отверг все мольбы Куры Окльо и приказал казнить их, заявив: «Лучше уж я отрублю их головы, нежели они увезут с собой мою». Кура Окльо «была так опечалена смертью своих братьев, что отказалась уходить с того места, где они были казнены».

Спустя десять дней после первого сражения Гонсало Писарро уже с большим количеством солдат вновь решил атаковать укрепление у Чукильюски, которое находилось в четырнадцати милях от самой Вилькабамбы. Индейцы проделали бойницы в своей вновь построенной стене и пытались произвести выстрелы из четырех или пяти аркебуз, захваченных в Вильядиего. Они не успели овладеть сложностями артиллерийской стрельбы. «Из-за того, что они не научились загонять заряд в аркебузы, они не могли причинить никакого вреда. Они положили ядро слишком близко к жерлу ствола аркебузы, и поэтому при стрельбе оно упало на землю». Сотня лучших испанских солдат — и среди них Педро Писарро — пробралась пешком через густой подлесок на вершину горы. Пока их соотечественники продолжали лобовую атаку укрепления, отряд, находившийся наверху, спустился «на пампу, которая лежала по другую сторону горы, где была резиденция Инки Манко».

Когда индейцы заметили, что этот отряд обходит их с фланга, бегуны помчались предупредить Манко, который все еще находился в своем укреплении. «Когда он услышал об этом, три индейца взяли его на руки и понесли к реке, которая протекает рядом с этим укреплением; они бежали так быстро, что почти летели». Инка нырнул и переплыл ее. Когда Инка скрылся, защитники укрепления рассеялись в джунглях. Атакующие испанцы стали в спешке подниматься на гору, думая, что Манко захватили там в плен. «Если бы мы поняли, что он находится в этом форте, он ни за что не ушел бы от нас. Мы, испанцы и наши индейцы-союзники, нашли бы его, если бы все не полезли наверх, думая, что он там». Титу Куси писал, что его отец кричал с дальнего берега реки: «Я Инка Манко! Я Инка Манко!» Мансио Сьерра де Легисамо вспоминал, что Манко кричал оттуда, что «он и его воины уже убили 2 тысячи испанцев до и во время восстания и что он собирается убить их всех и вернуть себе во владение землю, которая принадлежала его предкам». Люди Гонсало Писарро «шли по его следу более двух месяцев», но Манко прятался у лесных племен, так что они так и не нашли его. И, тем не менее, несмотря на его открытое неповиновение, он уже второй раз за последние два года сумел ускользнуть просто чудом.

Хотя испанцам не удалось захватить в плен самого Инку, они опустошили его новое поселение Вилькабамбу. В июле 1539 года они вернулись в Куско вместе с одним из его братьев, Куси-Римаком, и с его женой Курой Окльо, которая, согласно традиции инков, была также его сестрой. Титу Куси описывал несчастья, свалившиеся на эту бедняжку, которая была свидетельницей недавней казни двух своих братьев, но худшее ждало ее впереди. Она и испанцы достигли города Пампаконаса, где испанцы попытались изнасиловать ее. «Она не позволяла сделать это и яростно защищалась, а потом измазала тело нечистотами, чтобы мужчины, которые пытались насиловать ее, почувствовали отвращение и тошноту. И таким образом она защищала себя много раз во время этой поездки, пока они не приехали в [Ольянтай] тамбо».

Пока женщину королевской крови инков держали там, поступило сообщение о том, что Манко желает вести переговоры о сдаче. Это заставило маркиза Писарро поспешить в конце сентября с возвращением из Арекипы, где он собирался основать город, который в настоящее время стал вторым городом в Перу. Между двумя правителями произошел обмен посланниками. К одному письму Кура Окльо приложила записку о том, что с ней обращаются хорошо. Писарро зашел так далеко, что со слугой-негром и двумя крещеными индейцами послал Манко пони и немного шелка. Но Манко расправился со всеми посланцами, включая даже подаренного коня.

Писарро пришел в ярость от такого отказа. Он чувствовал, что сейчас неподходящее время для того, чтобы посылать еще одну карательную экспедицию, так как его деятельный младший брат Гонсало в этот момент был в пути к Кито. Поэтому, обманутый в своих ожиданиях, старый губернатор обрушил свой гнев на любимую жену Инки, с которой, согласно утверждению Сьесы де Леона, он и его секретарь Пикадо вступили в половую связь, о чем ходили слухи. Куру Окльо раздели донага, привязали к столбу, а затем индейцы-каньяри ее били и пускали в нее стрелы, пока она не умерла. Она сказала своим палачам. «Скорей прикончите меня, чтобы полностью насытиться». Больше она не сказала ничего и терпела все муки молча и не двигаясь. Большинство испанцев испытали отвращение при виде такой жестокости, «действий, совершенно недостойных здравомыслящего христианина». Для усиления этого зверства тело Куры Окльо было пущено вниз по реке Юкай в корзине, чтобы люди Манко нашли его. Инка «был охвачен горем и отчаянием из-за смерти своей жены. Он рыдал и очень горевал по ней, так как очень ее любил».

Не удовлетворившись этим кровожадным убийством, Писарро казнил и многих индейских вождей, которые сдались в плен испанцам. Вильяк Уму и некоторые вожди протестовали против убийства Куры Окльо и из-за этого были заподозрены в сочувствии мятежникам. Вильяк Уму был взят в плен в кунти-суйю совсем недавно, в октябре. Ильян Суарес де Карвахал писал, что верховный жрец был «человеком, обладавшим большой властью среди индейцев. Если с ним хорошо обращаться, он может стать самой влиятельной фигурой, которая заставит Инку выйти с миром значительно быстрее». Вместо мягкого обращения Писарро сжег Вильяка Уму заживо. А также он сжег Тисо, который мирно жил в Куско в течение последних девяти месяцев. Эти казни в большинстве официальных хроник имели оправдания. Но главный священник Куско Луис де Моралес открыл всем, что Писарро убил 16 военачальников Манко, отвезя их в Юкай под предлогом, что там он выделит им земли. Титу Куси записал, что, помимо Вильяка Уму и Тисо, Писарро сжег «Тайпи, Танки Уальпу, Орко Баранку, Атока Суки, „…“ Оскока и Курьятау и многих других бывших военачальников, чтобы они не смогли вернуться к моему отцу; так испанцы обеспечивали безопасность своего тыла». Это предательское убийство без суда военачальников Инки было одним из самых постыдных деяний конкисты.

Таким образом, второе восстание Манко закончилось, не считая сопротивления Илльи Тупака в Уануко. Это была последняя попытка национального масштаба изгнать европейских захватчиков. Хотя испанцы и не испытывали особых трудностей в подавлении отдельных очагов восстания, местное население продемонстрировало небывалую храбрость и упорство в предпринимаемых попытках. Нельзя сказать, что империя инков сдалась без борьбы. И у индейцев было утешение: вопреки всем предсказаниям, их Инка был все еще на свободе. Покрытые джунглями горы Вилькабамбы спасли Манко и заработали себе репутацию гибельного места. Эрнандо Писарро сообщил королю, что испанцы, вернувшиеся с Вилькабамбы, были приведены в смятение лишениями и отсутствием продовольствия. «Они пишут, что требуются немалые ресурсы, чтобы проникнуть в этот край. Это можно сделать, только понеся большие расходы, а так как те, кто ходил туда, не могли себе позволить этого, их энтузиазм истощился». Инка Манко остался жив.