Кольцов отверг другие обвинения в свой адрес, твердо очертив свои политические взгляды:

Письмо не помогло. Голосовавшие члены АН СССР не могли не испугаться "установочных материалов" всесильной "Правды", и ни Кольцов, ни Берг нужного числа голосов не набрали, академиками стали Лысенко, Митин, Цицин, Ярославский и Вышинский.

Но травить Кольцова не перестали. Президиум АН СССР направил комиссию в кольцовский институт во главе с первым человеком, подписавшим письмо в "Правду", — А. Н. Бахом. В комиссию вошли Т. Д. Лысенко, хирург Н. И. Бурденко, акад. АН УССР А. А. Сапегин, члены-корреспонденты АН СССР Н. И. Гращенков и Х. С. Коштоянц, И. И. Презент и другие. Члены комиссии стали наезжать в институт, беседовали с сотрудниками. Несколько раз приезжал Лысенко. В конце концов, были набраны нужные материалы и назначено общее собрание коллектива института, на котором комиссия собиралась выслушать сотрудников и изложить свои впечатления.

На таких собраниях чаще всего верх брали личности малосимпатичные и просто злобные — честолюбцы с неудовлетворенными амбициями или неудачники, ищущие причину своих неуспехов в "коварстве невзлюбивших их начальников". Но в небольшом кольцовском институте людей, использующих "огонь критики" для решения своих делишек, почти не оказалось. Лишь тогдашний заведующий отделом генетики Н. П. Дубинин, рвавшийся к креслу директора (он, кстати, председательствовал на собрании), и человек со стороны, имевший те же цели — Х. С. Коштоянц выступили с осуждением, но… лишь старых взглядов Кольцова по вопросам евгеники. Видимо понимая, что можно нарваться на всеобщий публичный взрыв негодования со стороны присутствующих коллег, даже эти двое согласились признать, что старые кольцовские заблуждения были временными, что они давно забыты и не оказывают никакого влияния на текущую деятельность директора института. Это было совершенно удивительным фактом тех дней. По существовавшим правилам игры осудить Кольцова должен был коллектив сотрудников. А если коллектив этого не сделал, то и квалифицировать Кольцова как вредителя оснований нет. Демагогическая система сыграла в этом случае дурную шутку с создателями демагогии: воля коллектива священна!

Сам Кольцов и на этот раз не отступил от своей мужественной позиции, выступил спокойно и без дрожи в голосе произнес то, что никто говорить в подобных ситуациях не решался. Он не согласился ни с одним из обвинений, ни в чем себя виновным не признал, не только не каялся, но дал ясно понять, что презирает тех, кто навалился на него.

От подобного поворота комиссия опешила, так как большинство людей в стране уже было приучено к единственно допустимому в те годы стилю поведения, утвержденному в умах тысячами подобных собраний — каяться и униженно умолять простить. Хотя в текст решения комиссии были вписаны фразы об идейных ошибках Кольцова, но все ошибки были набраны из давно прожитой жизни.

16 апреля 1939 года Комиссия отчиталась перед президиумом АН СССР. Решение президиума было тоже для тех лет необычным. Несмотря на выступления газет "Правда", "Соцземледелие", журналов "Под знаменем марксизма", "Социалистическая реконструкция сельского хозяйства" и других, несмотря на попытки некоторых членов комиссии накалить обстановку, дело не было доведено до того, чтобы назвать деятельность Кольцова враждебной, квалифицировать его как вредителя и тем самым дать материалы, нужные для его ареста. Кольцов остался на свободе, в своем институте, ему сохранили лабораторию, сняв, правда, с поста директора института. Его кресло занял Г. К. Хрущов (некоторое время сотрудники считали научным директором Заварзина, а Хрущова административным директором). Ни Дубинину, ни Коштоянцу счастье не улыбнулось. Кольцов после этой истории перестал здороваться с Дубининым. Он не смог простить предательства в самую трудную минуту жизни, совершенного человеком, которого он не раз спасал (взял на работу в тот момент, когда его выставили из Коммунистической академии за склоку и беспочвенные обвинения в адрес своего же учителя Серебровского), написал в 1936 году прошение о том, чтобы Дубинину присвоили степень доктора биологических наук без написания диссертации и её защиты, и добился, чтобы это было сделано; не раз восхвалял Дубинина в своих статьях.

А разгневанный тем, что потопить Кольцова не удалось, Презент продолжал клеветать на него, накалять страсти, видимо, не теряя надежды расправиться с ним, и писал что "реакционные взгляды [Кольцова] никогда не были и не будут наукой" (31).

Весьма вероятно, что Кольцов спасся и как ученый и как человек только благодаря смелой и бескомпромиссной позиции, принципиальной твердости перед напором мракобесов. Он продолжал целеустремленно трудиться. После ареста Вавилова в августе 1940 года его несколько раз вызывали на допросы в НКВД в качестве свидетеля. Сегодня, когда дело Вавилова изучено его сыном, можно говорить уверенно, что Кольцов не сказал ни слова осуждения Вавилова, ни на один из провокационных вопросов следователей НКВД не произнес чего-то обтекаемого, скользкого или двусмысленного. Был тверд, честен, как мог старался облегчить судьбу Вавилова.