По завершении дискуссии Вавилов послал Митину письмо, в котором постарался объяснить тому, что генетика это вовсе не реакционная, а подтвержденная тысячами хорошо документированных экспериментов наука, несущая очевидную пользу человечеству. Он начинал письмо словами упрека Митину, говоря, что "подведенный Вами итог конференции… оставил горький осадоки разделение реакционной и передовой науки сделано и неправильно, ибо то, что "Презенты" усиленно желают называть передовой наукой, фактически поворачивает ее назад на десятилетия… [Н]ыне вокруг Т. Д. Лысенко культивируется фактически игнорирование науки" (14).

Вавилов наверняка прекрасно понимал, что Митин играл подчиненную роль репродуктора, включенного в радиосеть, где на другом конце у микрофона сидел Сталин и диктовал ему, что и как говорить. Вряд ли Вавилов был столь наивен, чтобы не осознавать, что Сталин уверился в правоте ламаркизма и ошибочности вейсманизма, почему и звучали на дискуссии приказы осудить генетику в столь резких выражениях. Но сам факт осуждения был фатальным, поскольку слова Митина, Юдина и Лысенко немедленно воспроизводились в "Правде", и их ежедневно узнавала вся страна. Эти слова подавались массам советских читателей так, будто генетика враждебна социалистическому строю. Направляя письмо непосредственно Митину и открыто и честно обосновывая несогласие генетиков и образованных биологов с антинаучными взглядами Лысенко и его приверженцев, Вавилов отвергал лысенковщину в весьма резких выражениях и буквально шел на амбразуру. Ведь он понимал, что Митин, имевший прямой выход на Сталина, непременно покажет его резкое письмо Сталину. Возможно, Вавилов еще надеялся хоть как-то изменить отношение вождя к науке.

Одним из результатов совещания стало выставленное Вавилову требование подготовить многоплановое руководство, в котором с марксистских позиций, но исключительно критически были бы рассмотрены итоги развития генетики. Поручение предусматривало, что сами генетики выступят с критикой взглядов западных коллег и сами развенчают фактические ошибки того направления, которое теперь было приказано именовать в стране как "формальная генетика". Этим Вавилову давалась как бы надежда на получение индульгенции от Сталина, готового простить ошибки советских генетиков, если они найдут силы покаяться и распять "формальную генетику" и, проявив публично желание отмежеваться навсегда от нее, сохранят для себя возможность работать и дальше в рядах советских ученых.

Дважды план будущего издания, озаглавленного "Критический пересмотр основ генетики", и ход работ над сборником рассматривали на заседаниях Президиума АН СССР (22 марта и 15 июня 1940 года), и оба раза Вавилов испытывал огромные трудности в противостоянии нападкам политиканов, требовавших от него пересмотреть и отвергнуть кардинальные положения науки, заменив их соответствовавшими сталинскому духу верованиями лысенковского типа (не надо забывать, что с конца 1939 года в Президиуме АН СССР заседали в качестве членов Лысенко, Митин, Ярославский, Вышинский и другие люди, прогнувшиеся под напором сталинских указаний).

Вавилов, как мог сопротивлялся. В частности, К. О. Россиянов привел обнаруженные им в архиве АН СССР слова Вавилова, сказанные с горечью на одном из таких обсуждений: "…[выходит, что] нужно просто сжечь всю мировую литературу на большом участке биологии, при этом наиболее связанном с практикой" (15). В последний год жизни на свободе Вавилов отдал подготовке сборника много сил и нервов. Его составляли тщательно, скрупулезно собирая всё новое, что было накоплено мировой наукой к тому времени. Сборник, по мысли Вавилова, должен был дать серьезный ответ на все нападки политиканов, включая те, что прозвучали на совещании в редакции журнала "Под знаменем марксизма". Была подготовлена большая статья самого Вавилова (она опубликована двадцатью годами позже в пятом томе его собрания сочинений (16)), и статьи ведущих сотрудников Института генетики АН СССР и других институтов (17). Выход такого сборника в свет мог серьезно поколебать мнение о правоте лысенкоизма и выбить аргументы из рук тех, кто критиковал генетику с позиций догматизма. Немудрено, что против его выхода были задействованы все силы.

На заседании Президиума АН СССР в 1940 году П. Ф. Юдин, Ем. Ярославский и Б. А. Келлер обрушились на план и направленность сборника. Они ждали, что генетики "разоружатся", признают свои ошибки и перейдут на так называемую "платформу марксизма-ленинизма-сталинизма". Расстроенный Вавилов по окончании заседания позвонил одному из участников группы по подготовке сборника и, рассказав об очередных нападках людей, ничего в науке не понимавших, но бравшихся судить и осуждать, закончил строками из Владимира Соловьева:

Выход в свет сборника затормозился, но работу над ним не прекращали до самого ареста Вавилова. Уже после того, как он оказался в заточении, 1 октября 1940 года, Юдин направил Президенту Академии наук СССР В. Л. Комарову и вице-президенту АН СССР О. Ю. Шмидту отзыв на сборник с резкими возражениями против его публикации. Генетиков Юдин называл "представителями антимарксистской идеологии", писал, что в сборнике

Он отмечал, что

Заключение партийного "философа" гласило:

Рассказанное помогает понять на примере генетики, какую обстановку создал Сталин в советской науке к началу 1940-х годов. Он диктовал свою волю в вопросах, которые были неведомы ему в силу плохой образованности, он протащил в Академию наук явных мошенников и невежественных людей Ярославского, Митина, Лысенко, Вышинского и Юдина (последнего в качестве члена-корреспондента, академиком Юдин стал в 1953 году), он дал им полный простор начальственно проталкивать в жизнь его взгляды на науку.

Уместно повторить здесь, что Ярославский с его двухклассным образованием не соответствовал ни по каким параметрам званию академика, Митин за всю свою жизнь не смог создать ни одной серьезной научной работы, точно такими же анти-учеными былы Вышинский и Юдин. Последний в 1933–1934 году был внедрен в круги ближайших надсморщиков над Максимом Горьким. Он (вместе с А. И. Стецким) готовил 1-ый съезд советских писателей, исполняя роль секретаря-организатора съезда. В 1930-е годы он служил одним из личных секретарей Сталина, в 1937–1947 был директором Объединения государственных книжно-журнальных издательств (ОГИЗ) и в этой должности претворял в жизнь исключительно грубую политику большевиков в области печати, в 1946–1947 был понижен до уровня главного редактора журнала "Советская книга", затем в 1947–1953 годах руководил в Белграде и Бухаресте газетой "За прочный мир, за народную демократию", в 1953 году был проведен в академики АН СССР, но вместо выполнения научных функций был определен на должность заместителя главы Верховного комиссара советской зоны оккупации Германии и позднее (вплоть до 1959 года) был послом в Китайской Народной Республике. Он был депутатом Верховного Совета СССР (1950–1958) и членом ЦК КПСС (1950–1961). В 1944 году он напал на К. И. Чуковского, определив его "Доктора Айболита" и другие произведения для детей как "вредную стряпню, которая способна исказить в представлении детей современную действительность", а самого писателя как "сознательно опошляющего великие задачи воспитания детей в духе социалистического патриотизма" (21).