Вероятно, провозглашение этой национальной ложи и избрание Петлюры Великим мастером произошло без соблюдения всех необходимых традиций и предписанных правил, без участия масонов из уже признанных мировым масонством Великих лож, и прежде всего без прямого согласия лож Франции и Англии. Возможно, именно это затрудняло мировое признание и поиски поддержки всемирного масонства. Петлюра и его «братья», выступая за независимость Украины, просили помощи мирового масонства, просили признать Великую ложу Украины «высшей масонской властью и независимой силой на территории Украинской Республики».

Ложа Сергея Моркотуна также претендовала на «высшую масонскую власть», поэтому Моркотун стал активным критиком Петлюры в кругах всемирного масонства. Моркотуну удалось настроить многих масонов против признания «петлюровской» ложи Великой Ложей Украины. Этот момент затруднил ход переговоров между Петлюрой и масонскими кругами Антанты. В 1919-м Петлюру и его «братьев» признала только одна национальная ложа — «Великий Восток Валахии (Румынии)» (по данным Н. Свиткова).

Петлюра поддерживал «масонскую» связь с Францией через своего личного приятеля французского масона Жана Пелисие (масон самых высоких градусов), журналиста и бывшего представителя Франции при Центральной Раде, который в 1919-м стал главой Национального бюро при французском парламентском комитете иностранных дел. Переписка с Пелисие давала некоторую надежду на французскую помощь Директории. Пелисие был признанным интегратором среди масонов. Еще в 1912 году он создает мировой Конгресс национальностей и Главное бюро объединения национальностей. Как корреспондент одной из французских газет он выехал весной 1917 года в Россию, с августа находился на Украине. Очевидно, при участии Пелисие происходит становление организации «Молодая Украина», формируется французское лобби украинских автономистов-масонов.

Пелисие защищал Петлюру от обвинений в большевизме, бандитизме и погромах. Он выпустил первую зарубежную книгу в защиту Украины и Петлюры под названием «Украинская трагедия». Весной 1919 года Пелисие обещал помочь Петлюре добиться помощи Франции, используя свои обширные связи во французском парламенте. Однако изменения векторов французской политики, отказ от прямого вмешательства в дела Восточной Европы, а главное, польские и белогвардейские симпатии большинства французских лидеров, затруднили реализацию этих намерений.

Сергей Моркотун начал конфликтовать с Петлюрой, очевидно, уже с ноября 1918 года, хотя они оба в 1917-м состояли в одной ложе в организации «Молодая Украина». Сторонник создания Российской федерации, автономии Украины и демократического правления, Моркотун с подозрением относился к деятельности Центральной Рады, особенно с января 1918 года, когда социальные эксперименты и государственность «любой ценой» оттолкнули от масонов-«украинских патриотов и революционеров» ма-сонов-«русофилов» из умеренного кадетского крыла.

Моркотун обвинял Петлюру в том, что тот активно не выступил против Брестского мира, хотя и обещал французским «братьям» препятствовать этому всеми силами... Петлюра уличался Моркотуном еще и в одном «обмане»... По словам Моркотуна, французам Петлюра заявлял, что «стоит за автономию украинских земель», а сам возглавил борьбу за полную самостоятельность государства Украина.

Моркотун в открытом письме к Петлюре приписывал ему «то, чего не было», и то, что могло вызвать негативную реакцию у французов — симпатии к Германии. Моркотун писал, что когда 11 ноября 1918 года он лично добился освобождения из тюрьмы Петлюры, последний обещал, что будет выступать против «германофильских тенденций» Винниченко, Андриевского, Швеца и не поддержит готовящегося восстания, но сам не только поддержал указанных лиц, но и вошел вместе с ними в Директорию, возглавил восстание против гетмана.

Это был явный поклеп... Винниченко никогда не проявлял «германофильства», а Швец до ноября 1918-го был настолько мелкой политической фигурой, что его мнение ничего не решало и мало кого волновало. К тому же Швец «посидел» при немцах в тюрьме... Моркотун даже обвинил Петлюру в излишней симпатии к нему немецких офицеров в ноябре 1918 года, которые хотели вызволить Петлюру из тюрьмы... Стремясь изобразить восстание Директории «немецкой интригой», Моркотун указывал, что именно немцы дали оружие антигетманским повстанцам.

После того как Петлюра был избран Великим магистром Великой ложи Великого Востока Украины (национальное объединение лож, которое отмежевалось от российских лож), Моркотун стал утверждать, что Петлюра — самозванец, что именно он, Моркотун, истинный руководитель масонства на Украине. Весной 1919 года Моркотун выехал с Украины (через Одессу) и направил свои стопы в Европу.

Несмотря на конфликт с Петлюрой, по словам Жана Пелисие, Сергей Моркотун придерживался масонского кодекса чести и «стремился сглаживать острые углы и мирить соперников». Пример тому — его стремление примирить в 1918 году Скоропадского и Петлюру.

Но с весны 1919-го Моркотун начал всячески вредить Петлюре. На заседаниях французской ложи «Братство наций» Великого Востока Франции (своеобразный международный парламент, в котором участвовали многие руководители европейских стран), Моркотун заявил о несоблюдении Петлюрой масонских принципов. В июне того же года Моркотун на масонской «работе» в ложе «Братство наций» прочитал реферат «Украинское дело», в котором резко раскритиковал сепаратизм Петлюры. Он предлагал создать на территории бывшей Российской империи Конфедерацию национальных государств России, которая могла сдержать возможную в будущем немецкую угрозу. Масоны, как будто предвидя будущее, стремились подготовить силы антифашистской коалиции.

В то же время посланник от масонов «круга Петлюры» Шумицкий на заседании ложи «Братство Наций», требовал от европейских лидеров признания независимости Украины и активной помощи ей. Он обещал, что Украина Петлюры будет проводить активную антибольшевистскую политику и установит союзнические отношения с Польшей — и это будет фундаментом стабильности в Восточной Европе.

В октябре 1919-го Моркотуна возмутил поступок Петлюры, который проводил военные действия против армии Деникина. В открытом письме к Петлюре Моркотун бросил ему вызов, заявив:

«Вы уже нам не брат. Наши пути разошлись. Выйди из ложи, палач Украины и враг Отчизны... Мы будем обвинять Вас всюду и каждый день. Мы будем это делать от имени нашей Родины, Великой Украины, которая на протяжении столетий была часовым и оборонным валом нашей Матери, Великой Руси».

Моркотун также разослал во влиятельные масонские организации свое заявление, в котором Петлюра несправедливо обвинялся в том, что тайно проводит на Украине влияние Германии и Ватикана. Это обвинение некоторыми масонами воспринималось как правда, и путь «петлюровской» ложи к признанию в международных масонских кругах был затруднен.

Захватив практически всю полноту гражданской и военной власти в Украинской республике, Петлюра испытывал победную эйфорию лишь несколько первых дней... Далее неразрешимые проблемы настолько захватили его, повергли в транс, что он даже стал думать о призрачности своей политической удачи. Разве назовешь удачей назначение капитаном тонущего корабля? А в середине февраля уже казалось, что корабль республики быстро идет ко дну. Тяжелое наследство оставил Петлюре легкомысленный драматург и вития Винниченко.