В конце мая произошло похищение двух солдат советского гарнизона в Литве. 25 и 30 мая правительство СССР выразило свой протест против похищения. Обсуждение этого инцидента продолжилось в ходе поездки в Москву министра иностранных дел Литвы Юозаза Урбшиса, а затем и премьер-министра Антанаса Меркиса. В ходе переговоров с последним В.М. Молотов обвинил министра внутренних дел и директора отдела безопасности МВД Литвы в проведении антисоветской политики. Кроме того, премьер-министр был обвинен в том, что он превратил Балтийскую Антанту в военный союз, направленный против СССР.

Тревожная информация поступала из других прибалтийских республик. Имелись сведения о том, что «под видом проведения «балтийской недели» и «праздника спорта» фашистские организации Эстонии, Латвии и Литвы при попустительстве правительств готовились захватить власть и обратиться к Германии с просьбой ввести войска в эти страны. Решающее выступление было назначено на 15 июня — день открытия праздников. К этому времени приурочивалась и кровавая расправа… над активными участниками антифашистских народных фронтов».

14 июня 1940 года, в самый разгар германского блицкрига во Франции, Советское правительство предъявило правительству Литвы следующие требования:

«1. Чтобы немедленно были преданы суду министр внутренних дел г. Скучас и начальник департамента политической полиции г. Повагайтис как прямые виновники провокационных действий против советского гарнизона в Литве.

2. Чтобы немедленно было сформировано такое правительство, которое было бы способно и готово обеспечить честное проведение в жизнь советско-литовского Договора о взаимопомощи и решительное обуздание врагов Договора.

3. Чтобы немедленно был обеспечен свободный пропуск на территорию Литвы советских и воинских частей для размещения их в важнейших центрах Литвы в количестве, достаточном для того, чтобы обеспечить возможность осуществления советско-литовского Договора о взаимопомощи и предотвратить провокационные действия, направленные против советского гарнизона в Литве».

Хотя президент Сметона призывал оказать военное сопротивление СССР, а всех членов правительства покинуть страну, он остался в меньшинстве. Правительство Литвы приняло решение удовлетворить требования СССР. Премьер-министр А. Меркис подал в отставку, а А. Сметона поручил бывшему главнокомандующему армии генералу Стасису Раштикису сформировать новое правительство. Через несколько часов министр иностранных дел, который все еще находился в Москве, сообщил правительству, что Раштикис также неприемлем для Кремля и что заместитель наркома иностранных дел Владимир Деканозов будет послан в Литву как представитель Москвы. Он будет наблюдать за формированием нового кабинета. Сметона в сопровождении нескольких высокопоставленных членов правительства покинул свою страну.

15 июня советские войска вступили на литовскую территорию. Латвийский посол в Литве писал в официальном сообщении в Ригу: «Войска передвигаются в отличном порядке, соблюдая очень хорошую дисциплину, никого не трогая. По отношению к населению они корректны и приветливы».

По призыву подпольного горкома Компартии Литвы десятки тысяч людей в Каунасе вышли 15 июня на улицы города, чтобы с цветами, красными лентами и транспарантами встретить части Красной Армии. 15–16 июня прошли массовые митинги и демонстрации в Каунасе, Вильнюсе, Паневежисе. Их участники приветствовали красноармейцев. В Каунасе участники демонстрации направились к тюрьме. Они были разогнаны полицией. В них стреляли. Несколько человек были ранены.

Тем временем 16 июня В.М. Молотов сделал представление латвийскому посланнику г. Коциньшу, в котором говорилось: «На основании имеющихся у Советского правительства фактических материалов, а также на основании происходившего в Москве в последнее время обмена мнений между Председателем Совнаркома СССР В.М. Молотовым и председателем Литовского Совета министров г. Меркисом Советское правительство считает установленным, что правительство Латвии не только не ликвидировало созданный еще до заключения советско-латвийского Пакта о взаимопомощи военный союз с Эстонией, направленный против СССР, но и расширило его, привлекши в этот союз Литву, и старается вовлечь в него также Финляндию». В ноте утверждалось, что «Латвия вместе с другими прибалтийскими государствами занялась оживлением и расширением упомянутого выше военного союза».

В ноте упоминались два совещания стран Балтийской Антанты, факты сотрудничества Генштабов трех стран, создание печатного органа Антанты — «Ревю Балтик». «Все эти факты, — утверждалось в ноте, — говорят о том, что латвийское правительство грубо нарушило советско-латвийский Пакт о взаимопомощи, который запрещает обеим сторонам «заключать какие-либо союзы или участвовать в коалициях, направленных против одной из Договаривающихся сторон».

На этом основании Советское правительство требовало: «1) чтобы немедленно было сформировано в Латвии такое правительство, которое было бы способно и готово обеспечить честное проведение в жизнь советско-латвийского Пакта о взаимопомощи; 2) чтобы немедленно был обеспечен свободный пропуск на территорию Латвии советских воинских частей для размещения их в важнейших центрах Латвии в количестве, достаточном для того, чтобы обеспечить возможность осуществления советско-латвийского Пакта о взаимопомощи и предотвратить возможные провокационные действия против советского гарнизона в Латвии».

Аналогичное представление было сделано 16 июня эстонскому посланнику в Москве Рею для передачи правительству Эстонии, которое вскоре подало в отставку. Президент К. Пяте поручил формирование нового правительства генералу И. Лайдонеру. Создавалось впечатление, что Пяте и Лайдонер собирались усидеть в правительственных креслах по крайней мере до осени 1940 года, когда, по их расчетам, в Прибалтику должны были прийти немцы. Подобные же усилия предпринимали в Риге К. Ульманис и его окружение.

Требования обеспечить безопасность на территории республики в период ввода советских войск были удовлетворены эстонским правительством. Одновременно Лайдонер решил воспользоваться этими мерами для укрепления репрессивного аппарата и предотвращения выступлений против правительства. 17 июня И: Лайдонер опубликовал постановление, которое запрещало до 1 июля 1940 года «любые публичные и закрытые собрания, скопления народа, сходки, шествия и манифестации, а также обсуждение и принятие на них различных решений и резолюций». Запрещалась и подготовка к подобным собраниям, шествиям и манифестациям.

Такие же меры приняли и латвийские власти. 17 июня по распоряжению правительства Латвии было введено осадное положение в Риге. Было запрещено покидать квартиры с 10 часов вечера до 4 часов утра. Собрания были запрещены. 19 июня осадное положение. было распространено на всю Латвию.

17 июня советские войска начали вступать в Таллин, Нарву, Изборск и другие города. Генерал Траксмаа и его помощники были приглашены в полпредство для обсуждения вопросов о расквартировании частей Красной Армии. Как отмечалось в обзоре событий в Эстонии с 15 по 25 июня 1940 года, подготовленном первым секретарем полпредства СССР в Эстонии Власюком, «население Таллина сочувственно встречало красноармейцев, посылая дружеские приветы танковым частям и механизированной пехоте. Местные власти не чинили никаких препятствий и внешне стремились поддерживать порядок и спокойствие. Страшно нервно и внутренне злобно реагировали на совершающиеся события торговопромышленники и коммерческие круги, а также члены различного рода реакционных организаций: вапсовцы, кайцелитовцы. В первый же день вступления наших частей не обошлось без реакционных выпадов. В районе Копли, когда эстонский рабочий приветствовал прибывшие туда части, реакционные элементы набросились на него и сильно избили».