Оправдывая этот взрыв эмоций объективными обстоятельствами, К.Н. Никитин в то же время считал, что следовало остановить накал страстей и не допустить перерастания мирной демонстрации в восстание. К.Н. Никитин с сожалением признавал, что «1) вожди рабочего движения Унть, Руус, Андрезен выпустили демонстрацию из рук; 2) виноваты мы, что недостаточно крепко держали вождей рабочего движения», и 3) начальник политотдела корпуса, размещенного в Эстонии, т. Иванов «не понял совершавшихся событий и решил революционизировать, произнеся перед демонстрантами возбужденную речь». Советский полпред подчеркивал, что Иванов «не имел никакого права произносить зажигательных речей с призывом к революционным действиям».

Выступления в городе вызвали ответную реакцию эстонских войск. В нескольких местах эстонские офицеры обстреливали части и танковые посты Красной Армии. Обстрелу подверглось и советское торгпредство. Около десяти рабочих было ранено и один убит. В подавлении этих действий участвовали советские войска совместно с вооруженными рабочими.

Вечером 21 июня A.A. Жданов вызвал депутата Государственной думы М. Унтя и потребовал, чтобы тот разоружил рабочие дружины. Тем временем генералы Лайдонер и Казанкампер звонили в полпредство с просьбой выделить броневик для охраны министерства обороны. Постепенно обстановка стабилизировалась. Ночью с 21 на 22 июня было сформировано новое правительство, и новый министр внутренних дел Унть отдал распоряжение полицейским занять свои прежние посты.

22 июня правительство Вареса объявило свою программу, в которой подчеркивалось в качестве первостепенной задачи «установление действительно искренних и дружественных отношений с великим соседом — СССР и неуклонное выполнение пакта о взаимопомощи». Правительство ставило целью переустройство политической жизни страны в сторону демократизации всей государственной системы, провозглашение свободы слова, печати, собраний, разрешение рабочим иметь свои легальные организации, политическую партию и свою рабочую печать. Новое правительство обещало гарантировать «свободное развитие всех национальностей». Одновременно оно намеревалось повысить заработную плату, улучшить условия труда и жизни, предоставить всем работу и искоренить спекулятивные элементы. С этой целью оно провозглашало проведение чистки государственного аппарата, «изгнав из него антисоветские, провокаторские элементы, распустить организацию кайцелита».

Аналогичные события происходили и в Литве. 24 июня в Каунасе состоялся массовый митинг в поддержку нового правительства.

Отчеты полпредств из Прибалтики и воспоминания коммунистов отмечают позитивное отношение широких масс к смене правительств. Разумеется, оценки июньских событий в Прибалтике работниками советских полпредств и коммунистами Эстонии, Латвии, Литвы отражают их мировоззрение, для которого была характерна твердая убежденность в повсеместном и скором крахе несправедливого капиталистического строя. Стремление воспринимать происходящее со своими идейно-политическими установками заставляло их проявлять невнимание к тем аспектам событий, которые могли свидетельствовать о недружелюбном отношении к вступлению Красной Армии и вмешательству советских эмиссаров в дела прибалтийских стран не только со стороны «верхов и их прислужников», но и части широких масс. В то же время даже сторонние наблюдатели констатировали теплый прием советских войск и поддержку перемен в правительствах со стороны значительной части населения. Такое отношение запечатлела в своих репортажах из Литвы американская журналистка А.Л. Стронг.

Комиссия АН ЭССР в своем докладе, цель которого — обосновать «противозаконность» вступления Эстонии в СССР, все же признала, что «большая часть народа Эстонии по различным причинам приветствовала новое правительство: демократически настроенная интеллигенция связывала с этим устремления к демократизации государственного строя, наиболее бедные слои населения надеялись на улучшение своего материального и социального положения, основная часть крестьянства добивалась уменьшения долгов, ложащихся на хутора, малоземельные и безземельные крестьяне хотели получить землю, коммунисты видели в этом один из этапов реализации своих программных требований. Это подтверждают многочисленные митинги, народные собрания, резолюции трудовых коллективов и программные документы созданных новых организаций».

Рекомендации полпреда СССР, которые он направлял в Москву 26 июня, свидетельствовали о том, что полпредство в это время даже не помышляло о возможности установления в республике социалистических порядков. Меры, предложенные полпредством, ограничивались следующим: «1)…помогать новому правительству своими консультациями»; 2) «развертывая военное строительство, будем привлекать всемерно эстонских рабочих и тем самым ликвидировать безработицу»; 3) создание в Эстонии сети обществ дружбы с СССР, показа советских кинокартин и выступлений артистов; 4) «в организуемой газете на русском языке широко развернем ряд статей о советском строительстве во всех областях народной жизни»; 5) создание консульства в Нарве; 6) назначение помощника полпреда в связи с увеличением работы.

Самая последняя рекомендация звучала осторожно: «В связи с выявившимися на митингах требованиями рабочих об организации легальной компартии необходимо продумать и этот вопрос».

Работники полпредства исходили из того, что статус дипломатического представительства СССР, а стало быть, и независимый статус Эстонии сохранится. В своем обзоре событий в стране, направленном 26 июня, первый секретарь полпредства СССР в Эстонии Власюк настаивал на ассигновании «дополнительных средств в 5000 крон» «в связи со значительным увеличением объема работы до конца года».

Ссылаясь на «основные линии направления культурной работы в условиях новой обстановки в Эстонии», определенные A.A. Ждановым, тов. Власюк излагал программу деятельности ВОКСа в этой республике. Полпредство рекомендовало отстранить от руководства Общества эстонско-советской дружбы Пунга, родственника К. Пятса, и сделать общество «самым массовым, с широким доступом к нему широких слоев народа, кому до сего времени путь в общество был закрыт плутократическим режимом». Предлагалось, чтобы «культурная работа по линии ВОКСа» охватила «все центры Эстонии, в первую очередь, кроме Таллина и Тарту, Нарву, Пярну, Изборск, Валк, Вильянди и др., где должны быть основаны филиалы Общества эстонско-советской дружбы».

Поскольку всю деятельность по пропаганде советского образа жизни планировалось вести через Всесоюзное общество культурной связи с заграницей, ничто не говорило о том, что в полпредстве предполагали, что Эстония скоро перестанет быть «заграницей». Власюк подчеркивал: «Тов. Жданов в разговоре, который я с ним имел, заметил, что ВОКСу незачем разбрасываться с мероприятиями в странах, где нельзя получить такого результата, какой мы получим в прибалтийских странах в связи с изменившейся политической обстановкой. Поэтому на прибалтийские страны в целом и в особенности на Эстонию ВОКСу необходимо обратить основное внимание».

Пока в Прибалтике происходили массовые народные выступления и свержения прежних правительств, драматичные события развернулись на южном участке западной границы СССР. 23 июня Молотов вызвал Шуленбурга и сообщил ему о том, что «решение бессарабского вопроса не требует отлагательств». Он заявил, что Советское правительство рассчитывает на то, что Германия «не будет препятствовать, а поддержит советские действия». Это заявление, по словам Ширера, вызвало «тревогу в вермахте, которая распространилась на Генеральный штаб». Возникли опасения, что Советский Союз предпринял попытку завладеть Румынией, от нефти которой зависела судьба всех военных операций Германии.