В 1945 году нужно было избрать нового Президента АН СССР. Сталин подумывал над тем, не поручить ли этот пост Лысенко или А. Я. Вышинскому (4), но остановил свой выбор на С. И. Вавилове — физике, директоре института АН СССР и брате Николая Ивановича Вавилова: 17 июля того года тот стал президентом и немедленно поддержал идею об усилении биологических исследований в Академии наук путем создания института генетики и цитологии.

А у Лысенко (академика и члена Президиума АН СССР) репутация среди других академиков неуклонно падала. Неудивительно, что в декабре 1945 года С. И. Вавилов и Академик-секретарь АН СССР Н. Г. Бруевич послали в ЦК партии предложение поменять состав Президиума Академии, убрав оттуда Лысенко и Митина (5) и ввести других академиков вместо них. Это предложение начали прорабатывать в ЦК, и начальник Управления пропаганды и агитации ЦК партии Г. Ф. Александров в письме на имя Молотова и Маленкова заявил, что, с одной стороны, "можно было бы согласиться с мнением академиков" (6), а, с другой, дал макиавеллевское объяснение ситуации. Александров отметил, что Лысенко "было бы целесообразно выбрать в новый состав президиума", но тут же пустился в длинное объяснение, наводившее на мысль, что академики, скорее всего, в ходе тайного голосования провалят кандидатуру Лысенко на выборах за серьезные грехи:

Симптоматичными оказались результаты выборов в АН СССР в 1946 году. В члены-корреспонденты был выдвинут Н. П. Дубинин. От Лысенко последовал истеричный протест, направленный 3 декабря 1946 года в ЦК ВКП(б) А. А. Жданову. Лысенко пригрозил, что выйдет из состава членов АН СССР, если генетик попадет в академию (8). Но Жданов не стал вмешиваться, Дубинина избрали, и пришлось Лысенко о своей угрозе "забыть".

Столь же показательным было присуждение Сталинских премий в 1946 году специалистам, известным открыто негативным отношением к Лысенко — директору Тимирязевской Академии академику АН СССР Василию Сергеевичу Немчинову за труд "Сельскохозяйственная статистика" и профессору этой академии (в будущем почетному академику ВАСХНИЛ) Виталию Ивановичу Эдельштейну за учебник "Овощеводство" (9).

Была еще одна причина для роста недоверия к Лысенко. Перед войной средства массовой информации постоянно восславляли не только самого Трофима Денисовича, но и его семью — отца, братьев. Многие помнили письмо его родителей Сталину, опубликованное в "Правде" после награждения их сына Трофима в 1935 году первым орденом Ленина, в котором они благодарили Сталина и заявили, что "жить стало лучше, жить стало веселей". Были в письме такие строки:

Младший брат Трофима Павел, металлург по специальности, жил в Харькове, был заносчив и хвастлив, и многие знали, что с теми, кто был ему не симпатичен, он расправлялся самым простым способом — писал на них "куда надо" доносы, после чего люди исчезали (11). Он не стал эвакуироваться, когда фашистские войска подошли к Харькову, затаился и вынырнул только после того, как фашисты захватили город, открыто перейдя на службу к ним. После войны он так и исчез из СССР, жил до 1949 года в Западной Германии, потом оказался в США, выступал со статьями и в радиопрограммах "Радио Свобода" против СССР, а 12 апреля 1956 года ему, его жене и двоим сыновьям утвердили американское гражданство (12). Можно себе представить то щекотливое положение, в какое поставил Президента ВАСХНИЛ его брат.

И тем не менее Сталин еще продолжал ценить Лысенко, за ним сохранялись высокие посты (его, например, в очередной раз избрали заместителем председателя Совета Союза Верховного Совета СССР (13), и по этому поводу в "Правде" появилась, как в прежние времена, фотография, на которой Лысенко был изображен восседающим в президиуме в Кремле рядом со Сталиным (14). Но министр земледелия СССР Бенедиктов в статье, опубликованной в те же дни, не сказал ни слова о Лысенко или мичуринцах (15).

28 ноября 1946 года на заседании Секретариата ЦК ВКП(б) рассматривали вопрос "О Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук имени В. И. Ленина". Основанием для включения вопроса в повестку дня Секретариата ЦК послужило письмо трех министров — земледелия СССР И. А. Бенедиктова, технических культур СССР Н. А. Скворцова и животноводства СССР А. И. Козлова. Все трое с молодых лет были приближены Сталиным к себе и назначены на высокие посты в государстве. Такая ставка на молодых стала определяющей в кадровой политике Сталина. Устранив наркомов ленинского призыва и чаще всего физически истребив их, он, начиная с предвоеных лет начал выдвигать молодежь, полагая, что эти люди не будут смотреть на него свысока как на недоучку, и будут не просто послушными, но и более оперативными и неамбициозными. Так, Бенедиктов после окончания в 1927 году экономического факультета Тимирязевской сельскохозяйственной академии в Москве занял ключевые позиции в управлении сельским хозяйством страны, а в возрасте 35 лет стал наркомом. Скворцов с 1918 года работал в правоохранительных органах, затем был на партийной работе, в 1930 году поступил в Московский плановый институт, закончил его в 1934 году, но уже с 1933 года служил на ответственных постах в аппарате ЦК большевистской партии, с 1938 по 1945 год был первым секретарем ЦК большевистской партии Казахстана, а с 1945 года был назначен сначала наркомом союзного правительства (ему было 46 лет), потом министром. А. И. Козлов окончил в 1932 году Ленинградский институт молочного животноводства, с 1938 года (в возрасте 27 лет) занял пост начальника главка наркомата совхозов, заместителя наркома, потом заместителя заведующего сельхозотделом ЦК партии, а в 1946 году министра (с 1948 по 1953 год заведовал сельхозотделом ЦК). Эти крупные советские начальники, назначенные Сталиным министрами, хорошо знали отношение Сталина к Лысенко и поэтому не случайно решили подыграть вождю, почему и обратились к партийному начальству страны с предложением укрепить позиции Лысенко в ВАСХНИЛ. Для этого, считали они, нужно разрешить избрать новых членов академии, но таким образом, чтобы пополнение пришло из числа сторонников Лысенко, а не его противников.

Однако обсуждение прошло не столь гладко, как того хотелось авторам письма. Секретарь ЦК А. А. Жданов выступил с инициативой обдумать вопрос о том, не следует ли заменить Лысенко на посту президента ВАСХНИЛ (16). Поэтому вместо немедленного принятия решения партийный орган с позволения (или указания!) Сталина назначил комиссию из сотрудников аппарата ЦК"…в составе тт. Боркова (созыв), Суворова и Сороко…[которым предписывалось] изучить этот вопрос и результаты доложить Секретариату ЦК ВКП(б) к 15 декабря с. г.". Однако в назначенный срок вопрос обсужден не был. Кто-то ставил препоны на пути принятия решений, комиссия долго тянула с подготовкой доклада для Секретариата ЦК: она завершила свою работу лишь в начале апреля 1947 года (17).