Судьи были так же коррумпированны, как и другие чиновники. Назначаемые в качестве инспекторов, чтобы выслушивать жалобы сельских жителей и выявлять случаи путаницы в делах, все они использовали указы султана к своей собственной выгоде и брали взятки с тех, кто обвинялся в нарушениях. Составляя регистрационные налоговые книги, судьи преувеличивали численность тех, кто облагался налогом, чтобы вымогать деньги для себя. Облеченные полномочиями назначать заместителей в пределах своей юрисдикции, они назначали тех, кто давал им наибольшую взятку. Эти многочисленные поборы вынуждали крестьян брать взаймы у ростовщиков, часто по ставке, достигавшей 50 процентов, чтобы уплатить налоги и долги, работая на них задаром и по существу превращаясь в их рабов.

Для того чтобы разрушить деградировавшую феодальную систему сипахов, государство должно было увеличить численность регулярной армии. Это относилось как к янычарам, так и к другим получавшим жалованье войскам, причисленным ко двору султана, которые включали таких «людей султана», как регулярные сипахи Порты. Для этого были нужны новые источники вербовки. Невольников христианского происхождения, которые были захвачены в бою или куплены, для этой цели было уже недостаточно. Впервые стало необходимым зачислять в большом количестве на военную службу подданных мусульманского происхождения, ранее не допускавшихся в ряды вооруженных сил, как и в гражданскую администрацию. Их вербовали не только в янычары, но и в другие виды войск регулярной армии, капыкулу.

Это означало «разжижение» войск: внедрение новых смешанных элементов, становившееся причиной изменений в их эксклюзивном характере, глубоко затронуло не только воинскую дисциплину, но и тот дух командной солидарности, который был основой османской армии.

Уже и янычарам во время все более частых случаев безделья в казармах разрешалось работать ремесленниками, пополняя свое жалованье доходом от продажи изготовленных ими изделий. Так, впервые занявшись коммерцией, воины стали сливаться с гражданским ремесленным населением Стамбула и других гарнизонных городов. Они, по существу, становились городскими жителями, утрачивая дисциплину и готовность воевать. Все это, наряду с тем, что начиная с правления Сулеймана янычарам было разрешено жениться, неизбежно вело к усилению среди них, как и среди управленческого и земельного классов, наследственного принципа. Отсюда оставался лишь один шаг до допуска их сыновей в корпус. Первоначально, поскольку это был корпус, сформированный из рабов, это приходилось делать в обход закона, так как было незаконным превращать в раба человека, рожденного мусульманином. Но при Селиме II была официально установлена определенная квота на их допуск. Наконец, при Мураде IV традиционный набор только рабов христианского происхождения, как в янычары, так и в ряды других служащих султана, был полностью упразднен и тем самым узаконен процесс, который уже стал свершившимся фактом.

Начиная с последней декады XVI века и далее они становились, как и их хозяева-султаны, слабее, все более несдержанными и категоричными в своих требованиях. В 1589 году янычары всерьез обеспокоили Мурада III, протестуя против нового снижения курса металлических денег, в которых они получали жалованье. Впервые в истории они штурмом проложили себе дорогу в Сераль, где проходило заседание дивана, и потребовали головы министров, ответственных за обесценивание денег.

Предпочтя не встречаться с мятежниками лично, султан отступил перед их превосходящими силами, санкционировав две казни. Еще дважды за последующие три года янычары успешно использовали свои преимущества, потребовав и добившись смещения подряд двух великих визирей. В 1593 году подняла восстание султанская охрана из регулярной кавалерии, сипахи Порты. На этот раз, повернув против них оружие, янычары сами восстановили порядок, причем власти проницательно воспользовались — как это будет и впредь — соперничеством между двумя родами войск. Позже другие подобные восстания войск султана сотрясали различные провинции империи. Вассальному княжеству Молдавии янычары достаточно дерзко навязали, в ответ на взятку, губернатора по своему усмотрению, который, однако, был вскоре смещен с должности за невыплату дани. Позже этот губернатор был ограблен и убит самими же янычарами в Стамбуле.

Начиная с 1596 года более серьезные беспорядки возникли в Анатолии, которая в тот момент была ввергнута в состояние полной анархии мятежными элементами, известными как джелали. Дворцовые войска были теперь размещены в Анатолии в значительном количестве. Параллельно возросло число секбан, нерегулярной пехоты и кавалерии, которых вооружили мушкетами, чтобы стать, под началом губернаторов, основной провинциальной армией. Однако в мирное время, не получая никакой оплаты и завидуя привилегиям регулярных имперских войск султана, секбаны становились источником постоянных беспорядков — банды безземельных, лишенных корней крестьян толпами скитались по сельским местностям как бандиты и грабители.

Джелали пополняли свои силы из этих солдат нерегулярных войск, безработных секбан; туркоманских, курдских и других азиатских племен; и, не в последнюю очередь, из лишившихся земельной собственности сипахов. Большая их группа вместе с другими солдатами нерегулярных войск, все дезертиры из армии в Европе, подверглась безжалостным наказаниям со стороны их командиров и была вынуждена бежать как фирары (беглецы) в Анатолию, выходцами из которой было большинство из них. Дополнительные силы вливались в ряды джелали из тех нерегулярных войск, направленных провинциальными властями на их подавление, которые нередко предпочитали присоединиться к мятежникам. Первоначально, в попытке взять все эти силы под контроль, правительство, сосредоточенное на подготовке кампании в Венгрии, назначило одного за другим двух командиров-вербовщиков, чтобы пополнить войска. Но те сами восстали вместе с мятежными войсками, вымогая у населения деньги и продовольствие на их содержание.

Наиболее способный из этих двух командиров, Кара-Языджи, собрал вокруг себя повстанческий отряд джелали в несколько десятков тысяч человек, в основном из недовольных элементов в Анатолии. Объединенные в большие группы, они вынуждали города платить дань и в результате стали доминирующей силой в ряде провинций Центральной Анатолии. Джелали, оттесненные правительственными силами в Юго-Восточную Анатолию, оказали сильное сопротивление в крепости Урфа. После смерти Кара-Языджи восстание распространилось по всей Анатолии под руководством его брата Дели-Хасана, или Хасана Бешеного, который присвоил себе титул шаха и, после разгрома губернаторов ряда провинций, хвастался: «Я сбросил в этих странах османскую власть, и теперь мне принадлежит безраздельное господство».

В последовавшем массовом исходе крестьян, ставшем известным как Великое бегство, крестьяне, уходившие массами от людей Хасана Бешеного, рассеивались на больших территориях, бросая собственные деревни и укрываясь в крепостях. Более зажиточные анатолийцы бежали в Стамбул, Румелию и даже в Крым. В конце концов Дели-Хасан был принужден центральным правительством сложить оружие и в качестве компенсации был назначен губернатором Боснии. Это позволило ему использовать свои неуправляемые войска в Европе. В ходе нового вторжения полуобнаженных длинноволосых азиатских «варваров» была опустошена Румелия, причем убивали как мусульман, так и христиан. Но в 1603 году «варвары» были наконец истреблены на берегах Дуная войсками венгров.