Пока Фаррагат сражался ниже Нового Орлеана, он получил отдельные приказы захватить бухту Мобил и город Мобил, причем как можно быстрее, потому что он служил одной из главных баз блокадопрорывателей. Более того, пришло сообщение, что южане начали строить в Мобиле очень мощный броненосный корабль, даже более мощный, чем «Вирджиния» (бывший «Мерримак»). Огромный потенциал броненосцев уже был продемонстрирован несколько недель назад в бою на Хэмптон-Роудз. От Фаррагата потребовали захватить, уничтожить или нейтрализовать этот новый броненосец. В результате он никак не мог выбрать — какую задачу решать первой: то ли подниматься вверх по Миссисипи, то ли атаковать Мобил. Но было совершенно ясно, что и та, и другая будут сопровождаться жестокими боями.

В конце концов, было принято решение сначала подняться вверх по течению. Как только начальники Фаррагата в Вашингтоне начали осознавать трудности успешного наступления вверх по реке, он поспешили переложить ответственность на Фаррагата. Он немедленно повел свой флот вверх по течению и остановился чуть ниже Виксбурга, но пробыл там совсем недолго и лишь из опасения, что с приближением лета река обмелеет. Кроме того, ему не хватало угля. Поэтому возникала опасность, что эти два фактора могут запереть его корабли в Миссисипи до того, как в конце лета вода снова начнет подниматься.

В Вашингтоне совершенно не принимали во внимание тот факт, что мореходные корабли Фаррагата имели слишком большую осадку, чтобы действовать на реках. Корабли Фута, спускающиеся вниз по течению из Каира, были в основном речными пароходами, прикрытыми броней и вооруженными пушками. Имея малую осадку и плоское днище, они могли не беспокоиться о спаде воды и совершенно не опасались посадки на мель. Их строили в предвидении именно такой случайности. Вернувшись в Новый Орлеан, Фаррагат занялся подготовкой к преодолению препятствий, с которыми он мог столкнуться ниже Виксбурга. Прежде всего, речь шла о батареях на высоких речных берегах, против которых его собственные орудия были бесполезны, так как не имели достаточного угла возвышения. В июне 1862 года он вернулся к Виксбургу и на сей раз прорвался мимо укреплений, соединившись с северной эскадрой юнионистов, которой командовал флаг-офицер Чарльз Г. Дэвис, который оказался плохой заменой Футу.

Обойти батареи Виксбурга было не совсем то же самое, что обойти изолированные островные форты в дельте ниже Нового Орлеана. Эти форты не имели никакой поддержки, зато Виксбург находился на территории, занятой армией конфедератов. В результате кораблям северян приходилось прорываться мимо Виксбурга под огнем вражеских батарей до самой сдачи города войскам генерала Гранта 4 июля 1863 года.

Предстояло еще очень много борьбы за контроль над Миссисипи. Один из его подчиненных, Дэвид Диксон Портер, тайно отправил морскому министру Уэллесу целый ворох доносов на Фаррагата. Несколько писем, адресованных заместителю Уэллеса Фоксу, были написаны, скажем мягко, довольно живым языком. Флаг-офицеру Дэвису тоже досталось в этих письмах, а вдобавок на его эскадре нашелся свой Портер. Это был старший брат Дэвида Уильям, тоже любивший писать. К счастью, братья Портеры перестарались, и морской министр начал смотреть на их писанину как на смесь полуправды и откровенной лжи. Звезда Фаррагата засияла еще ярче. Именно в это время (1862 год) Фаррагат вместо звания флаг-офицера (капитан, командующий эскадрой или флотом с должностным званием коммодора) получает только что введенное конгрессом звание контр-адмирала. В январе 1863 года из временного контр-адмирала Фаррагат становится постоянным. Он был первым американским морским офицером, получившим адмиральское звание, находясь в строю.

После того как контроль над Миссисипи был установлен, Фаррагат вернулся к своим основным обязанностям — командовать флотом северян в Мексиканском заливе. Он был полон решимости как можно быстрее справиться со следующей важной задачей — захватить бухту Мобил и покончить с действующими оттуда блокадопрорывателями. Об этой задаче Фаррагат никогда не забывал, но вмешались другие обстоятельства, и Вашингтон не сумел выделить командующему флотом достаточно сил (так сообщил в своем письме Фаррагату Фокс). Одновременно от него потребовали усилить блокаду залива, которой он вынужденно пренебрегал во время кампании по захвату великой реки. 1864 год начался с этой важной, но трудной задачи. Фаррагату требовалась как можно более точная информация о положении дел в Мобиле, особенно о ходе постройки огромного броненосца «Тенесси». Все полученные сведения он передавал в Вашингтон.

Например, Фаррагату было известно, что командиром «Тенесси» назначен Франклин Бьюкенен, уроженец Мэриленда, который «бежал на Юг». Фаррагат встречался с этим офицером до войны. Бьюкенен командовал перестроенным «Мерримаком» («Вирджинией») и уничтожил флот юнионистов, блокировавший Норфолк. Раненный в ногу винтовочной пулей, выпущенной с берега, он не пропустил второй день боя, когда спешно построенный маленький «Монитор» открыл новую эру морской войны, отразив нападение огромного броненосца. Оправившийся от раны Бьюкенен был произведен в контр-адмиралы и назначен командующим морскими силами южан в бухте Мобил. В качестве флагманского корабля ему должен был послужить очень сильный броненосец «Тенесси». К середине 1864 года Фаррагат знал, что «Тенесси» достроен, но заблокирован мелководьем, которое не позволяет кораблю пересечь бар в устье реки Мобил, где он был построен, и выйти в бухту Мобил. Он также знал, что именно намерен предпринять Бьюкенен, чтобы пересечь бар. Он намеревался просунуть сквозь орудийные порты толстые бревна и подвести под них нагруженные баржи. После этого баржи планировалось разгрузить, и они должны были приподнять «Тенесси».

Однако Фаррагат не знал, что Бьюкенен собрал несколько судов, чтобы они следовали за броненосцем с боеприпасами и оборудованием. Поэтому «Тенесси» мог быть приведен в боеспособное состояние буквально в считанные часы. Перейдя ночью через бар, он должен был немедленно принять на борт все припасы и сразу прорвать блокаду. Бьюкенен собирался подойти к Пенсаколе, уничтожить или захватить судоремонтные мастерские северян, расположенные там, а потом направиться к Новому Орлеану. Известие о его приходе должно было повергнуть войска юнионистов в панику и вызвать прилив бодрости у населения. После этого город, почти наверняка, снова перешел бы в руки конфедератов.

Конфедераты возлагали на новый корабль огромные надежды. Действительно, это был самый мощный броненосец, построенный в годы войны на Юге, и считалось, что он сможет прорвать блокаду Мексиканского залива. Тем временем Фаррагат изучал отчеты о бое на Хэмптон Роудз и собственный опыт сражения с броненосцами на Миссисипи. С парусными кораблями было покончено. Однако Фаррагат полагал, что корабли с паровой машиной, даже деревянные, могут постоять за себя, если будут сражаться предельно агрессивно. Их орудия недостаточно сильны, чтобы пробить бронированные борта «Тенесси», имевшие большой угол наклона. Даже при выстреле в упор снаряд, скорее всего, отрикошетирует. Однако если его корабли протаранят на полном ходу низкобортный броненосец, держа скорость 10 узлов или больше, они могут въехать по наклонным бортам «Тенесси» и притопить его так, что вода польется в орудийные порты и люки. Тогда броненосец затонет в считанные мгновения.