Существует некоторая неясность, где и когда родился план одновременного наступления из Мексиканского залива, чтобы начать захват Миссисипи с юга и соединиться с силами юнионистов, идущими вниз по течению. Большинство историков сходятся на том, что это было предложением морского министра Уэллеса, однако позднее на авторство стал претендовать его амбициозный заместитель Густавус В. Фокс, отставной морской офицер. Это же заявлял капитан 2 ранга Дэвид Диксон Портер, второй сын знаменитого командира «Эссекса» Дэвида Портера, но его претензии совершенно необоснованны и выглядят пустым хвастовством. Самым важным пунктом стало решение создать отдельную эскадру специально для захвата Нового Орлеана, причем в кратчайшие сроки, так как требовалось заблокировать реку и перекрыть доступ в нее с моря.

Теперь надо было выбрать командира, который сумел бы наилучшим способом решить эту задачу. Позднее Уэллес напишет, что он с самого начала имел в виду Фаррагата, хотя не отвечал на его просьбы принять на службу. Уэллес утверждал, что на его выбор повлиял тот факт, что Фаррагат немедленно и без колебаний покинул мятежный штат. Последовали несколько совещаний, так как выбор командира эскадры для захвата Нового Орлеана имел большое значение. Однако все говорило в пользу Фаррагата, и в конце 1861 года его кандидатура была утверждена.

До этого момента бюрократическая машина вертелась очень медленно. Теперь дело переходило в руки исполнителей. Фаррагат показал другую сторону своей натуры, менее известную, чем импульсивность. Он оказался человеком, способным медленно и кропотливо готовить операцию. Такое сочетание встречается довольно редко, штабисты, как правило, не умеют командовать в бою. В начале 1862 года он отправился в Мексиканский залив. Несмотря на ядовитую критику со стороны своего подчиненного Дэвида Диксона Портера, который писал прямо заместителю морского министра Фоксу, за несколько недель Фаррагат перевел свои корабли через илистые мели в устье Миссисипи, чтобы приступить непосредственно к штурму Нового Орлеана.

Основу системы обороны города составляли два форта — Джексон и Св. Филипп, которые были расположены на обоих берегах реки, примерно на одной трети расстояния от дельты до города. По приказу морского министра Уэллеса (вероятно, написанному Фоксом) предписывалось «подавить» форты мортирным огнем с канонерок Портера перед тем, как пройти мимо них. Фаррагат прождал результата целую неделю. Так как Портер не сумел разрушить форты, Фаррагат приказал своим кораблям сниматься с якоря и прорываться мимо укреплений. Это они и сделали 24 апреля 1862 года, пройдя под ужасным обстрелом. Фаррагат пишет, что «подобного огня мир еще не знал». Все корабли были повреждены, причем некоторые довольно тяжело. Эскадра понесла потери в личном составе, хотя они оказались не столь серьезными, как предсказывали пессимисты. Флот начал подниматься вверх по реке, сметя маленькую речную флотилию конфедератов и обменявшись несколькими залпами с батареями, которые южане спешно построили в нескольких милях ниже города. Наконец, когда все корабли Фаррагата подошли к Новому Орлеану, делегация старших офицеров юнионистов сошла на берег, чтобы потребовать сдачи города. Город сдался, несмотря на шумные протесты возмущенных толп.

Несколько лет назад, во время Мексиканской войны, Фаррагат составил тщательно продуманный план захвата форта Сан-Хуан де Уллоа в городе Вера-Крус. Делать этого не пришлось. Предположения Фаррагата, что и форты имеют уязвимые места, шло вразрез с общепринятой теорией. Считалось, что деревянные корабли не могут противостоять каменным фортам, вооруженным большим числом дальнобойных орудий. Уэллес в своем панегирике Фаррагату, написанном позднее, вспомнит, что он присутствовал на совещании, когда Фаррагат представил свой план, и этот план произвел на него благоприятное впечатление. Поэтому с самого начала он считал Фаррагата флотоводцем, который не боится сражаться с фортами. Именно это, утверждает Уэллес, и стало тем фактором, который подтолкнул министра выбрать именно Фаррагата для решения тяжелой задачи — прорваться мимо фортов Джексон и Св. Филипп и захватить Новый Орлеан.

Эта кампания известна в истории американского флота как «Прорыв мимо фортов Нового Орлеана». Иногда ее еще называют «Битвой за Новый Орлеан», хотя в 1815 году уже имела место такая битва. В ней войска Эндрю Джексона отбили попытку англичан завладеть городом. Фаррагат дал сражение именно фортам. Он не захватил их и даже не «подавил», а просто обошел прямо под дулами их пушек под сильнейшим обстрелом. Эта операция стала иллюстрацией к одному из принципов морской войны. Мобильные морские силы могут просто обойти неподвижные береговые укрепления, если те не включены в систему баз, способных оказывать взаимную поддержку. После этого укрепления становятся бесполезными и будут вынуждены бесславно капитулировать. Именно такая участь постигла форты конфедератов, которые сдались через несколько дней. Этот урок тщательно изучался в морском колледже Соединенных Штатов перед Второй Мировой войной. Именно он лег в основу победоносной стратегии адмирала Нимица. Американский флот на пути к Японии просто обходил сильные островные базы противника.

Захват Нового Орлеана имел даже более серьезное значение, чем предполагалось вначале. Профессор Чарльз Л. Льюис в своей подробной биографии Фаррагата пишет:

Как вы помните, в Новом Орлеане прошло детство Фаррагата. В этом городе скончалась его мать, здесь произошла счастливая встреча с Дэвидом Портером. Две его сестры все еще жили здесь, одна в самом городе, вторая — недалеко от него. Их мужья и сыновья сражались в армии конфедератов. Первым порывом их брата, еще не остывшего от горячки боя с двумя мощными фортами ниже города, было желание пригласить сестер к себе, как только Новый Орлеан был оккупирован. Он хотел удостовериться, что с ними все в порядке. Но при сложившихся обстоятельствах посещение брата было делом, мягко говоря, сложным, и у нас нет свидетельств, что хоть одна из сестер откликнулась на приглашение.

После этого Фаррагат оказался в сложном положении, так как перед ним поставили две взаимоисключающие цели. Его инструкции, полученные перед началом боев за Новый Орлеан, требовали, чтобы после захвата города Фаррагат как можно быстрее поднимался по реке на соединение с флаг-офицером Эндрю Футом. Его флотилия, базирующаяся на Каир, с боями продвигалась вниз. В это время руководство в Вашингтоне просто не представляло колоссальных трудностей, с которыми столкнулись оба командующих. Армия северян должна была продвигаться вниз по реке вместе с Футом. Выяснилось однако, что это гораздо труднее, чем кто-либо мог представить, буквально каждый шаг приходится делать с боем. Эта кампания обошлась северянам очень дорого, погиб и Эндрю Фут. Он скончался от инфекции, занесенной в рану. Последовали несколько месяцев тяжелейших боев. В результате на севере, наконец, отыскался победоносный генерал, который был так нужен Линкольну. Это был Улисс С. Грант. На юге национальную известность завоевал Фаррагат.