Перед Гражданской войной производство в чинах двигалось очень медленно. Фаррагат прослужил 14 лет мичманом, 16 — лейтенантом, еще 14 — капитаном 2 ранга, прежде чем в 1855 году получил звание капитана 1 ранга. Однако за это время он успел побывать командиром кораблей всех рангов. Сам Фаррагат утверждает, что ни один из его кораблей не потерпел навигационной аварии.

В самом начале службы Фаррагат заинтересовался артиллерией и стал известен как специалист по вооружению. Однако его главной специальностью стала служба в качестве строевого офицера, и здесь его репутация постоянно шла вверх. Он не только умело управлял кораблем, легко выполняя любые маневры под парусами в любую погоду, но столь же хорошо управлялся и с паровыми кораблями. Хотя в то время еще находились скептики, утверждавшие, что пар никогда не заменит парус. От своих ирландских предков он унаследовал упрямство в достижении цели. Если он определял способ действий, сбить его с намеченного пути было очень сложно. С другой стороны, испанская кровь заставляла его действовать стремительно, иногда под влиянием случайных обстоятельств даже слишком быстро. Лучше бы он потратил определенное время, чтобы спокойно рассмотреть всю проблему в целом. Однако буквально все историки сходятся в одном: чем бы ни занялся Фаррагат, его действия можно было предсказать. То же самое относится и к личной жизни.

Самым ярким примером стал его первый брак. Он женился на Сюзан Мерчент в сентябре 1824 года в Норфолке, ее родном городе. Менее чем через 2 года она заболела. Тогдашние доктора поставили диагноз: невралгия. Эта болезнь спустя некоторое время свела ее в могилу. Карьера молодого Фаррагата серьезно затормозилась, так как он был вынужден перейти на половинное содержание, чтобы ухаживать за женой. Он показывал ее различным специалистам, пробовал самые различные курсы лечения и вообще пренебрегал служебными обязанностями ради жены. Она скончалась в декабре 1840 года, пережив, по его словам, 16 лет ужасных мучений. Забота, которую он проявлял по отношению к жене, заставила одну из местных жительниц сказать: «Когда капитан Фаррагат умрет, ему следует поставить монумент до самого неба. Пусть каждая жена в нашем городе принесет камень для этого монумента».

Через 3 года Фаррагат женился во второй раз, на другой уроженке Норфолка Вирджинии Лойял. На следующий год у них родился сын Лойял. Этот брак был очень счастливым. По свидетельствам современников, Фаррагат был заботливым отцом, и Лойял отвечал ему искренней любовью. В годы Гражданской войны Лойял какое-то время плавал вместе с отцом, как много лет назад сам Фаррагат плавал с Портером. Рассказы Лойяла во многом помогают историкам лучше понять Фаррагата.

Ничто не может лучше показать преданность Фаррагата своему долгу и его верность Соединенным Штатам, — которая никогда не была поколеблена, — чем его действия в тот период, когда южные штаты начали рассматривать вопросы об отделении. Правительство Вирджинии в конце концов 17 апреля 1861 года приняло Ордонанс об отделении. Хотя Фаррагат родился в Тенесси, его дом находился в Норфолке. Здесь он «ожидал приказов», пока правительство штата обсуждало вопрос об отделении. Подобно остальным жителям города, Фаррагат горячо спорил с друзьями о целесообразности такого шага. После нескольких недель дебатов мнение начало склоняться в пользу отделения, против чего всегда выступал Фаррагат. Он начал замечать, что к нему стали относиться прохладно, как к «не сохранившему верность Вирджинии».

Он ясно дал понять всем друзьям и жене, что останется верен Союзу, однако внезапность, с которой был принят Ордонанс об отделении, застала Фаррагата врасплох. В Норфолке вспыхнула настоящая лихорадка. Друзья, с которыми он обсуждал события, в большинстве своем были такими же офицерами, жившими в Норфолке. Раньше они высмеивали Фаррагата за то, что он защищал решение Линкольна поддержать форт Самтер. Кроме того, присяга обязывала их защищать конституцию. И теперь они начали жаловаться Фаррагату, что должны либо выйти в отставку, либо покинуть Норфолк. В этот момент он сказал жене, что должен немедленно выехать из Норфолка, прямо в этот же день. И она должна решить, что будет делать.

Вирджиния Фаррагат была связана с Норфолком гораздо крепче, чем ее муж, но ответила сразу и без колебаний: она последует за ним, куда бы он ее ни повел. Это был очень волнующий момент, после чего им пришлось действовать и действовать быстро. Семья покинула дом, где прожила много лет, и даже не смогла попрощаться с родственниками и друзьями. Во второй половине дня Фаррагаты отплыли из Норфолка на пароходе, направляющемся в Балтимор.

Фаррагаты были очень религиозными людьми, их привязанность к дому была сильной. Это был один из самых черных дней в их жизни. Когда они стояли на палубе парохода, уносящего их из Норфолка, они уже начали ощущать тяжесть трагедии, которая поразила страну. Раскол больно ударил по ним, так как они потеряли все, что накопили до этого дня. И в глубине души они должны были сознавать, что с этого момента у них нет обратного пути.

Без происшествий прибыв в Нью-Йорк, Фаррагаты быстро переехали в маленький городок Гастингс-он-Гудзон, где сняли небольшой домик. Они стал их семейным гнездом на время войны. В результате имя Фаррагата оказалось прочно связано с названием городка. Сразу после прибытия в Гастингс Фаррагат сообщил в морское министерство о своем новом месте жительства, причинах переезда и попросил зачислить на службу. В Вашингтоне в это время царил хаос, чтобы не сказать паника. Морской министр Гидеон Уэллес был бывшим газетчиком, но уж никак не моряком. Хотя какое-то время он служил на флоте во время Мексиканской войны, но совершенно не разбирался в проблемах, обрушившихся на него. Среди прочих вопросов, решать которые пришлось Уэллесу, была верность морских офицеров.

Не доверяя решительно никому, Уэллес потребовал, чтобы все офицеры принесли новую присягу, но даже после этого он чувствовал себя не слишком уверенно. Фаррагат сразу дал новую присягу, как только это ему предложили. Однако он был старшим офицером, имел за плечами 50 лет службы. Вдобавок он родился на Юге и был женат на двух женщинах из Норфолка. До самого последнего дня он считал Вирджинию своим родным штатом. Уэллес и командование флота просто не могли поверить людям с таким прошлым.

Вскоре после того как ему исполнилось 60 лет, Фаррагат отправился в Вашингтон, чтобы лично просить о возвращении на службу, но ничего серьезного не добился. Лишь решение Союза привести в действие план «Анаконда» повернуло ход событий в его пользу. Этот план предусматривал медленное удушение Юга путем блокады — а потом и захвата — всех морских портов и установление контроля Севера над рекой Миссисипи. Юг лишался возможности продавать хлопок и табак, что подрывало его экономику. Он также не мог ввозить различные военные материалы, производимые только в Европе. Северяне планировали заблокировать любой, самый маленький заливчик или порт, чтобы не допустить их временного использования. Для выполнения этой колоссальной программы требовалось огромное количество независимых мелких эскадр, которые должны были по мере необходимости взаимодействовать между собой.

На Миссисипи ситуация была несколько иной. Если морские силы захватят реку, ее порты потеряют всякое значение для Юга, в чьих бы руках они ни находились. Первоначальный план предусматривал совместное наступление армии и речной флотилии вниз по течению из города Каир в штате Иллинойс.