8 февраля 1587 года шотландская королева Мария Стюарт взошла на эшафот в замке Фотерингей. Ее казнь была воспринята всем католическим миром как пощечина со стороны протестантов, и испанский король Филипп II решил ответить на этот вызов открытым применением военной силы. Его замысел состоял в том, чтобы снарядить огромный флот, высадить в Англии войска, низложить королеву Елизавету и, возведя на английский престол инфанту Изабеллу, вернуть англичан в лоно католической церкви.

На верфях Кадиса, Лиссабона, Барселоны и Неаполя ускоренными темпами шло строительство боевых и транспортных кораблей; отовсюду в порты стягивались отряды солдат; заготавливали военное снаряжение, оружие, боеприпасы и провиант. К весне 1587 года правительство Елизаветы уже всерьез опасалось, что вторжение испанцев не за горами.

В начале марта стало известно, что Дрейк собирается отправиться в Плимут, чтобы лично руководить снаряжением новой экспедиции. 18 марта между адмиралом и лондонскими купцами-авантюристами были подписаны статьи соглашения о правилах раздела будущей добычи:

«Поелику Ее наипревосходнейшему Величеству было угодно пожаловать мне, сэру Фрэнсису Дрейку, рыцарю, специальное поручение, датированное пятнадцатым днем марта в двадцать девятый год царствования Ее Величества, ради той службы, которую я, названный сэр Фрэнсис, с четырьмя Ее Величества кораблями и двумя пинасами должен буду исполнить; и поелику Томас Корделл, Джон Уоттс, Пол Бейнинг, Саймон Борман, Хью Ли, Роберт Флик и их партнеры, лондонские купцы, также подготовили за свой счет десять торговых кораблей и пинасов для служения Ее Величеству, по этой причине я, названный сэр Фрэнсис Дрейк, в силу указанного специального поручения действительно заключаю соглашение, даю обещание и гарантию названным Томасу Корделлу, Джону Уоттсу, Полу Бейнингу, Саймону Борману, Хью Ли, Роберту Флику и их партнерам ради наилучшего исполнения предстоящей службы составить консорт с упомянутыми торговыми кораблями, которые я получаю под свое управление; и чтобы любые приобретения в вещах, деньгах, сокровищах, товарах… которые могут быть захвачены всеми или любым из вышеназванных кораблей… будь то на море или на суше, были поровну разделены соответственно их размерам (каковые будут объявлены), человек к человеку и тонна к тонне, и чтобы раздел осуществился в море немедленно после взятия оных во владение или же тогда, когда позволят ветер и погода. При неизменном условии, что все награбленное на море или на суше будет разделено следующим образом: одна половина — командам кораблей Ее Величества, а другая половина — командам торговых кораблей; и ради лучшего удовлетворения обеих сторон необходимо будет провести встречу людей на борту судов каждой флотилии, чтобы они специально проследили за этим. И для исполнения оного я, названный сэр Фрэнсис Дрейк, приложил здесь мою руку и печать. Дано восемнадцатого дня марта 1586 [1587] года в двадцать девятый год царствования нашей суверенной государыни Елизаветы, Божьей милостью королевы Англии, Франции и Ирландии, защитницы веры и пр.

Копия верна и заверена мною.

Ричард Мэй, общественный нотариус».

К концу месяца в составе экспедиции уже числилось 23 корабля. Флагманом был королевский 47-пушечный галеон «Элизабет Бонавенчур» (грузоподъемность, по разным оценкам, от 360 до 550 тонн); вице-адмиральским 38-пушечным судном «Голден лайон» (спущен на воду в 1557 году, перестроен в 1582 году, грузоподъемность 650 тонн) командовал Уильям Бороу — опытный моряк старой школы, участник знаменитой арктической экспедиции Уиллоуби, назначенный заместителем Дрейка. Капитан Роберт Флик, командовавший лондонской эскадрой, занял пост контр-адмирала и должен был идти на вооруженном торговом судне «Мерчент ройял». Томас Феннер принял под свое командование 40-пушечный «Дредноут» (построен Мэтью Бейкером, спущен на воду в 1573 году, грузоподъемность от 360 до 400 тонн). Галеоном «Рейнбоу» командовал капитан Генри Беллингем. Этот 26-пушечный корабль нового образца был построен в доках Дептфорда Питером Петтом и спущен на воду в 1586 году; его грузоподъемность, по разным данным, варьировалась от 384 «регламентных тонн Бейкера» до 500 тонн. Полный список кораблей экспедиции, составленный 1 апреля, приводится ниже.

Четыре корабля и два пинаса королевского флота: «Элизабет Бонавенчур» — 550 тонн, командир сэр Фрэнсис Дрейк; «Голден лайон» — 550 тонн, командир Уильям Бороу; «Дредноут» — 400 тонн, командир Томас Феннер; «Рейнбоу» — 500 тонн, командир Генри Беллингем; пинас «Спай» — 50 тонн, командир капитан Александр Клиффорд; пинас «Мейкшифт» — 50 тонн, командир капитан Джон Босток.

Два судна лорда-адмирала: «Уайт лайон» — 150 тонн; пинас «Сигнит» — 25 тонн.

Семь судов Левантийской компании: «Мерчент ройял» — 400 тонн, командир капитан Роберт Флик; «Сьюзен» — 350 тонн; «Эдвард Бонавенчур» — 300 тонн; «Маргарет энд Джон» — 210 тонн; «Соломон» — 200 тонн; «Джордж Бонавенчур» — 150 тонн; «Томас Бонавенчур» — 150 тонн.

Четыре судна Дрейка: «Миньон» — 200 тонн; «Томас» — 200 тонн; «Барк Хокинс» — 130 тонн; пинас «Элизабет» — 70 тонн.

Четыре судна инвесторов из западных графств: «Литтл Джон» — 100 тонн; пинас «Дрейк» — 80 тонн; пинас «Спидвелл» — 50 тонн; пинас «Пост» — 30 тонн.

Несмотря на наличие в составе экспедиции королевских судов, она по большому счету оставалась частным предприятием. Снаряжение кораблей и снабжение их провиантом осуществлялись не за счет казны, а за счет частных инвесторов; размер жалованья команд напрямую зависел от количества добычи, которую они должны были захватить у испанцев (иными словами, действовал старый принцип корсаров: «Нет добычи — нет платы»). Но тем не менее участие в предстоящем походе военно-морских сил королевства дает основание считать его полувоенным-полукорсарским. Королева должна была получить 50 процентов добычи. Дрейк занял пост главнокомандующего по ее прямому указанию. Бороу, представлявший лорд-адмирала, был заместителем сэра Фрэнсиса (то есть вице-адмиралом). Флик, командовавший лондонской приватной эскадрой, занимал в этой «табели о рангах» третью позицию (то есть был контр-адмиралом). Феннер, возможно, обладал таким же объемом полномочий, что и Флик (неслучайно в некоторых источниках он тоже именуется контр-адмиралом).

В переданных Дрейку инструкциях указывалось, что он должен «предотвращать или противиться таким предприятиям, которые могли угрожать королевству или доминионам Ее Величества», и, в частности, не допускать соединения в одну армаду разрозненных эскадр короля Филиппа. При этом адмиралу предоставлялось право самому решать, какие именно действия ему следует предпринять для выполнения поставленной задачи. Свидетельства Бороу и Уолсингема указывают на то, что Дрейку вменялось в обязанность пресекать любые попытки испанских кораблей выйти из различных портов, чтобы затем соединиться в Лиссабоне; забирать у них провиант; преследовать их, если они направятся в сторону Англии или Ирландии, и не позволить им высадить там десанты; атаковать суда, идущие из колоний Америки и Ост-Индии в метрополию или в обратную сторону; и, наконец, уничтожать вражеские суда в их же гаванях.

Королевские корабли снялись с якоря в Грейвсенде 18 марта, но Дрейк не вышел в море вместе с ними. Предполагают, что он находился в это время в Гринвиче, откуда вместе с женой отправился в Дувр. Там они поднялись на борт пинаса, который доставил их к флагманскому кораблю.