Проявив невиданную щедрость, Дрейк решил также оставить Лейну два пинаса, четыре шлюпки и двух опытных шкиперов — Абрахама Кендалла и Гриффита Хёрна. «Но, — замечает очевидец, — когда корабль был выделен… еще до того, как они смогли получить от флота предназначенную для них провизию, разразился сильный шторм (что, по их словам, было необычно и весьма странно), который [сопровождался грозой и градом и] не стихал три дня (по данным Лейна, четыре дня — с 13 по 16 июня. — В. Г.), подвергая весь флот страшной опасности быть сорванным с якорей и выброшенным на берег. Из-за этого мы перерезали много канатов и потеряли много якорей; а некоторые суда из нашего флота, пропавшие вовсе, включая корабль, выделенный для мастера Лейна и его людей, так и не смогли вновь встретиться с нами до тех пор, пока мы не пришли в Англию. Многие наши малые пинасы и лодки были потеряны во время этого шторма».

Когда шторм утих, Дрейк хотел отдать колонистам барк «Боннер» с небольшим запасом провизии, «чтобы они могли вернуться в свою гавань». Однако Лейн и его компаньоны — всего 109 человек — отказались от дальнейшего проживания на Роаноке, умоляя, чтобы их отвезли в Англию. Адмирал не возражал, и 19 июня флот вышел в открытое море.

От побережья Виргинии (ныне это побережье штата Северная Каролина) корабли экспедиции направились на север, к Ньюфаундленду, а оттуда поспешили к родным берегам. Автор дополнения к отчету Биггса писал: «В конце концов… мы благополучно прибыли в Портсмут 28 июля 1586 года, к великой славе Господа и к не меньшей чести нашей государыни, нашей страны и всех нас. Стоимость того, что было добыто в этой экспедиции, оценивалась в 60 тысяч фунтов, из коих команды, участвовавшие в этом трудном вояже, получили 20 тысяч, а авантюристы — остальные 40. Из этих 20 тысяч фунтов (насколько я могу судить) пришлось по шесть фунтов на пай. Мы потеряли в этой экспедиции почти 750 человек; более трети из них — по болезни. Вот имена умерших и погибших в этом вояже, кого я смог сразу припомнить: капитан Пауэлл, капитан Вэрни, капитан Мун, капитан Фортескью, капитан Биггс, капитан Сесил, капитан Хэннам, капитан Гринфилд; Томас Такер — лейтенант; Александр Старки — лейтенант; мастер Эскот — лейтенант; мастер Уотерхаус — лейтенант; мастер Джордж Кэндиш, мастер Николас Уинтер, мастер Александр Карлейл, мастер Роберт Александр, мастер Скруп, мастер Джеймс Дайер, мастер Питер Дак. И некоторые другие, которых я не могу вспомнить.

Пушек разных сортов, бронзовых и железных, было около двухсот сорока, из коих две сотни с лишним были бронзовыми; их нашли и забрали в Сантьягу — пятьдесят две или пятьдесят три. В Санто-Доминго — около восьмидесяти, среди которых было очень много больших полных пушек, полупушек, кулеврин и т. п. В Картахене — 63 пушки и множество подобных лучшего сорта. В форте Сан-Аугустина было 14 пушек. Остальные были железными орудиями, из коих большая часть была взята в Санто-Доминго, остальные — в Картахене».

Стоимость добычи подсчитывали королевские комиссионеры: сэр Уильям Уинтер (инспектор кораблей), Ричард Мартин (лондонский олдермен и мастер монетного двора), Джон Харт (лондонский олдермен и директор Московской компании), Томас Смит (откупщик таможенных пошлин и мастер горного дела) и Джон Хокинс (казначей флота и один из пайщиков предприятия). Им помогали сам Дрейк, Карлейл и Фробишер. Итог подсчетов был таким: золото оценили в 5146 фунтов стерлингов 5 шиллингов 10 пенсов; серебро в слитках и монетах — в 34 133 фунта стерлингов 9 шиллингов 10 пенсов; жемчуг и 6 унций изумрудов — в 3205 фунтов стерлингов 3 шиллинга 8 пенсов; бронзовые пушки — в 5222 фунта стерлингов 7 шиллингов; прочие пушки — в 1476 фунтов стерлингов 9 шиллингов 4 пенса. С учетом иного добра, итоговая сумма равнялась 67 017 фунтам стерлингов 11 шиллингам 1 пенни. Из этой суммы изъяли корабельные расходы на 3608 фунтов стерлингов 12 шиллингов 7 пенсов, после чего осталось 63 408 фунтов стерлингов 18 шиллингов 6 пенсов. Солдатам и морякам выплатили 17 500 фунтов стерлингов. Остаток составил 45 908 фунтов стерлингов 18 шиллингов 6 пенсов. Пайщики экспедиции получили смехотворную прибыль в 15 шиллингов на каждый вложенный фунт.

Хотя с финансовой точки зрения вест-индская экспедиция 1585–1586 годов не была успешной, поэт Томас Грип откликнулся на нее восторженной поэмой-хроникой «Правдивые и полные новости о знаменитых и храбрых подвигах, совершенных и содеянных храбрым рыцарем сэром Фрэнсисом Дрейком». Автор нарисовал мужественный образ Дрейка, отметил, что адмирал и его спутники постоянно находились под особой протекцией Всевышнего, и сравнил их деяния с деяниями героев Ветхого Завета.

Спустя две недели после возвращения флота Дрейка из вест-индской экспедиции в Англии произошло важное событие — были арестованы Энтони Бабингтон и его сообщники, замешанные в католическом заговоре, целью которого было убийство Елизаветы и возведение на престол Марии Стюарт. Раскрытие заговора еще больше охладило отношения между Англией и Испанией, но до открытого конфликта между двумя монархиями дело пока не дошло. Елизавета продолжала свои дипломатические игры, пытаясь найти новых союзников на континенте — в частности, в северных провинциях Нидерландов, куда был отправлен контингент английских войск во главе с Лейстером; Филипп II не желал пока тратиться на снаряжение большой армады с целью завоевания Англии, предпочитая усиливать охрану трансатлантических путей, по которым курсировали корабли с его американскими сокровищами.

Тем временем Дрейк, находясь дома, получил указание правительства поддерживать тесные связи с доном Антониу — претендентом на португальский престол. Вместе они обсуждали планы возможных экспедиций в Португалию, на Азорские острова или в Ост-Индию, однако все их проекты так и остались нереализованными.

В начале октября Дрейку поручили новое задание. Он должен был возглавить эскадру из восьми кораблей, чтобы доставить подкрепления и военное снаряжение Лейстеру. Подробности этой экспедиции неизвестны. Адмирал, безусловно, посетил несколько голландских портов, где встречался с местными арматорами. Поскольку миссия Лейстера в Нидерландах не увенчалась успехом, Дрейк в начале декабря забрал его с собой в Лондон. Прибыв туда, сэр Фрэнсис просил членов Тайного совета выдать ему разрешение на снаряжение новой морской экспедиции, но получил вежливый отказ. Правительство как раз занималось решением судьбы Марии Стюарт, смертный приговор которой был подписан за день до прибытия Дрейка.

Между тем поступила информация о том, что в портах Пиренейского полуострова активизировалась подготовка морских сил, которые могли быть задействованы в войне против Англии. Дрейк просил правительство дать ему эскадру для проведения разведки в испанских и португальских водах. Однако советники королевы полагали, что флот должен нести службу у берегов Англии, пресекая военную контрабанду, идущую из балтийских портов в Испанию.

Ситуация изменилась кардинальным образом в конце 1586 года. 25 декабря, в день Рождества, было решено, что весь флот должен быть собран в Портсмуте к 20 марта 1587 года, «дабы мешать снабжению Испании». Одновременно представитель Адмиралтейства должен был сопроводить Лейстера в Нидерланды, где к указанной дате планировалось снарядить союзный голландский флот. Участие Дрейка в этом проекте до последнего момента хранилось в глубочайшем секрете.