На этом сейме, как и на предыдущих, православная партия в своей борьбе с латино-униатской нашла себе поддержку у протестантов. Для подготовления ее успехов особенно много потрудился новопоставленный киевский митрополит. Он старался вдохнуть в свою паству единодушие и мужественную решимость постоять за веру отцов; устраивал молебствия об одержании победы над ее противниками; причем сам сочинил и напечатал в Печерской типографии молитвословие об умирении Православной церкви или так наз. Парафимию; писал письма разным влиятельным лицам, убеждая их содействовать умиротворению пагубных для Речи Посполитой церковных распрей; помогал православной шляхте сочинять на сеймиках инструкции для сеймовых послов; приглашал православных к денежному участию в тех больших расходах, которые ему предстояли; так как он отправился в Варшаву, чтобы и на этот раз лично руководить православной партией на сейме, где с помощью золота надобно было ослаблять рвение многочисленных и сильных противников.

Сейм 1635 г. продолжался шесть недель и закончился 14 марта. В этот день, на основании состоявшейся сеймовой конституции, выданы от имени короля две привилегии: одна униатам, другая православным. Важнейшие их статьи были следующие.

За униатами навсегда оставались архиепископство Полоцкое, епископства Владимирское, Пинское, Холмское и Смоленское с их монастырями и церквами, в том числе и виленский монастырь Св. Троицы. В Витебске, Полоцке и Новогродке неуниты не должны иметь ни одной церкви (тогда как по прежним примирительным статьям обещано церкви разделить между униатами и православными сообразно с их числом). Луцкое епископство оставалось в ведении ксендза Почаповского до его смерти, после которой оно переходило к Афанасию Пузыне, избранному на эту епископию православными волынскими обывателями. Перемышльская епархия по смерти униата Крупецкого также переходит к тому православному епископу, которого изберут обыватели.

Митрополиту Петру Могиле предоставлено ведение Печерской архимандрией, Николаевским монастырем и храмом Св. Софии. В православных школах, киевских и волынских, дозволено учить по-гречески и по-латыни и свободным наукам, но не далее диалектики и логики. Для раздела церквей между униатами и неунитами должны быть назначены особые комиссары.

На привилегию, выданную православным, со стороны латино-униатской партии последовала протестация, подписанная всеми присутствовавшими в Варшаве бискупами, а также некоторыми сановниками и послами (в числе 51 подписи). Подобная же протестация явилась потом и со стороны папского нунция. Эти протестации не имели юридического значения, т. е. не могли уничтожить законную силу сеймовой конституции; но они вновь возбуждали религиозную вражду и, ослабляя уважение к новоизданному закону, подготовляли или заранее оправдывали неповиновение, могущее встретиться при его исполнении. И действительно, когда королевские комиссары начали свой объезд для распределения церквей между униатами и православными, то они встретили немалые затруднения своему делу, а иногда и открытое сопротивление. Нередко случалось, что жители, уже считавшиеся в унии, быв привлечены к ней угрозами и насилием, теперь при опросе их комиссией объявляли себя православными. Таким образом в иных местах происходило массовое отпадение народа от унии и возвращение в православие. Разумеется, латино-униатские власти были тем крайне недовольны, обвиняли комиссаров в пристрастии и неправильном ведении дела, заносили свои протесты в судебные книги и даже прямо сопротивлялись отдаче церквей православным. Особенным фанатизмом отличился униатский холмский епископ Мефодий Терлецкий. В самом Холме он не соглашался уступить ни одной церкви; а когда комиссары велели сломать замки у храма Успения Пресв. Богородицы и передали его православным, Терлецкий отправился с толпою католиков и униатов и, в свою очередь, отнял храм обратно. Православные тогда хотели соорудить себе новую церковь; но едва началась постройка, как Мефодий силою захватил приготовленный материал и самое место, назначенное для церкви. Своими притеснениями он довел жителей Холма до того, что они почти все перешли в унию. Такими же средствами он действовал во всей своей епархии. С другой стороны, и среди православного духовенства также встречаются лица, действовавшие с не меньшею энергией и ревностью. Например, таков был луцкий писарь Семен Гулевич, избранный на кафедру Перемышльской епископии. По вышеприведенной сеймовой конституции, эта кафедра могла перейти к нему только после смерти униатского епископа Афанасия Крупецкого; а до того времени в его распоряжение назначены монастырь Св. Спаса и еще две обители с их имуществами. Не надеясь, чтобы Крупецкой добровольно уступил ему Спасский монастырь, Гулевич особыми призывными грамотами к известному дню собрал из своей епархии несколько тысяч православных. Толпа эта внезапно напала на монастырь, разрушила его ограду, завладела келиями и всем монастырским имуществом, разбила церковные двери и ввела в храм Гулевича, а запершегося там Крупецкого едва не убила.

Вообще постановленный сеймом раздел церквей между униатами и православными, вместо успокоения, вызвал жестокие столкновения и еще более обострил их отношения. Под давлением жалоб и криков, поднятых латино-униатской партией, сам король вынужден был изъявить свое неодобрение действиям комиссаров, и некоторые отобранные в пользу православных церкви приказал возвратить униатам. Но он все еще не покидал мысли о примирении враждующих сторон и с этой целью в том же 1636 году возобновил проект, явившийся при Сигизмунде III: взаимными уступками привести униатов и православных к соглашению и соединить их в одну церковь под главенством собственного Западнорусского патриарха. Кандидатом на эту патриаршую кафедру, очевидно, намечен был не кто другой, как киевский митрополит Петр Могила, который, как известно, в бытность свою печерским архимандритом благосклонно относился к идее примирения православия с унией. Но теперь, в сане митрополита, он убедился, что при таком внешнем примирении Православная церковь в действительности будет порабощена папскому престолу. Поэтому, хотя он и не возражал открыто на проект короля, но принял все меры, чтобы из его паствы были выбраны самые ревностные православные в депутаты на предстоявший сейм (1637 г.), на котором должен был обсуждаться вопрос об учреждении Западнорусского патриархата. В свою очередь, сейм этого вопроса не решил, и затея короля окончилась ничем. Тем не менее она дала повод некоторым врагам Петра Могилы, в особенности Исаии Копинскому, распустить клевету, будто киевский митрополит отпал от православия и подчинился римскому папе.

Еще до избрания Могилы на митрополию началось слияние его Лаврского училища с Богоявленскою братскою школою. Теперь слияние это совершилось: новый митрополит окончательно перевел свой фундуш или записанные за училищем имения на Братскую школу; причем испросил ей от короля разные привилегии и наименование ее коллегией. Наставники, получившие образование за границей, и преобладание латинского языка среди учебных предметов продолжали по временам волновать киевлян, опасавшихся за чистоту православия и подстрекаемых злонамеренными людьми. Но митрополит и его сотрудники своими речами и сочинениями умели рассеивать эти опасения. Киево-Могилянская коллегия скоро дала хорошие плоды; из нее вышел целый ряд ученых и писателей, получивших значение в истории не только южнорусского, но и всего русского просвещения. Она надолго послужила образцом среди средних и высших русских училищ.