Петр Могила согласился занять митрополичью кафедру с тем условием, чтобы за ним оставлена была Киево-Печерская архимандрия. Соединив таким образом в своих руках ведение ее имуществами с доходами митрополии, он широкою рукою употреблял эти средства на нужды Южнорусской церкви, на свои просветительные учреждения и благолепие храмов. Кафедральный Киево-Софийский собор был возвращен от униатов в совершенно запущенном состоянии. В одной жалобе православных говорится, что наместник униатского митрополита (Садковский) ободрал оловянную кровлю и продал ее, а храм покрыл тресками (жердями), даже не соломою, которая не допускала бы течи и происходящего отсюда разрушения. Митрополит обновил собор, украсил живописью и вновь освятил. Он обновил и Выдубецкий монастырь, возвращенный православным в обмен на Гродненский (по сеймовой конституции 1635 года); очистил от земли развалины Десятинной церкви и т. д. Вообще в митрополичьем сане Петр Могила продолжал все начинания, предпринятые им в качестве Киево-Печерского архимандрита. Между прочим, он много заботился о более исправном издании богослужебных книг и требовал, чтобы таковые прежде своего печатания представлялись на его рассмотрение и разрешение. Кроме неисправностей в рукописях и прежних изданиях, к этой мере побудило его также коварство иезуитов и униатов, которые стали издавать на польском и русском языках книги, якобы православные, но заключавшие в себе католические, а иногда и протестантские примеси, вызывавшие соблазн среди православных. Например, в Женеве около того времени появилось на латинском и греческом языках сочинение, озаглавленное «Восточное исповедание православной веры» и ложно подписанное именем константинопольского патриарха Кирилла Лукариса. Это сочинение, написанное в духе кальвинского учения, произвело большую смуту на Востоке и повлекло за собою свержение неповинного в ней Лукариса. Подобное обстоятельство побудило Петра Могилу издать для Западнорусской церкви катехизис, который был составлен под его руководством и озаглавлен: «Православное исповедание веры». Книга эта была рассмотрена и одобрена на Киевском соборе 1640 года, а впоследствии подтверждена и восточными патриархами. В сокращенном виде она была издана тем же митрополитом под именем «Краткий катехизис» (принятый как руководство и в Московской Руси).

Киевский духовный Собор 1640 года был созван Могилою вследствие вновь усилившихся гонений на православие. Латино-униаты воспользовались для сего рядом неудачных казацких восстаний, после которых и сам король Владислав относился к православным уже не так благосклонно. Вновь начались притеснения духовенству и насильственное отнятие церквей со стороны униатов, во главе которых стоял новый их митрополит Антоний Селява (преемник Рафаила Корсака). В самом Киеве латино-униатская партия действовала под покровительством киевского воеводы Януша Тышкевича.

Петр Могила вновь отправился лично в Варшаву ходатайствовать перед сеймом и королем, и его неослабным усилиям удалось еще раз добиться некоторых конституций, смягчавших означенные гонения. В то же время ему приходилось продолжать усердную борьбу и в сфере литературной полемики.

Известный Касьян Сакович, бывший униатским Дубенским архимандритом и успевший опять переменить веру, т. е. перейти в католичество, издал в Кракове на польском языке сочинение под заглавием: «Перспектива» или «Обозрение заблуждении, ересей и предрассудков церкви Русской». (1642). Тут он с ожесточением напал на православную, преимущественно Южнорусскую церковь, и, как самое заглавие показывает, старался изобразить ее преисполненной всяких суеверий и повреждений, от которых единственным спасением предлагал, конечно, соединение с римским костелом. Православные не могли равнодушно снести его злые нападки, способные соблазнить нетвердых в вере. Спустя два года в ответ ему издана была в Киеве на польском языке книга под названием «или камень с пращи истинной св. православной церкви Русской». Полагают, что она была сочинена или самим Могилою, или под его непосредственным руководством. Здесь со строгою последовательностию разбираются и опровергаются обвинения противника; а затем автор нападает на унию, как славную виновницу беспорядков, возникших в Южнорусской церкви, и подвергает критическому разбору два главные догмата, отличающие Латинскую церковь от Греческой, т. е. об исхождении Св. Духа и о главенстве папы. Книга эта имела большой успех и в литературной борьбе с латино-униатами заметно склонила перевес в пользу православных. Наиболее же известным и прочным памятником трудов Петра Могилы, понесенных на пользу Южнорусской церкви и ради благоустроения ее обрядовой стороны, служит его большой Требник или молитв послов (Евхологион). С течением времени в рукописных и даже печатных требниках оказалось много неисправностей; притом на многие случаи частной и общественной жизни в них недоставало особых молитв и обрядовых указаний. Исправления и дополнения сделаны были при сличении греческих и славянских (в том числе московских) изданий с римскими, а также со старыми харатейными рукописями. Требник Могилы снабжен и объяснительными статьями о значении того или другого таинства, того или другого священнодействия и чинопоследования. (Всего в Требнике до 126 чинов и статей.) Он был издан в 1646 году, незадолго до кончины его знаменитого автора.

Любопытны отношения Петра Могилы к Москве. В начале своей церковной деятельности он, по всем данным, верно служил интересам Речи Посполитой; но борьба с латино-униатами и возобновлявшиеся гонения на православие, особенно жестокости, наступившие за усмирением казацкого мятежа 1638 года, заставили его пойти по стопам Иова Борецкого и обращаться в Москву ради материального и духовного вспоможения для своей митрополии.

Непосредственным его сношениям с Москвою предшествовало прибытие сюда южнорусских монахов, бежавших из Северских монастырей в 1638 году от польских гонений. То были монастыри мужской Густынский и девичий Ладинский, оба близ города Прилук, на р. Удае. Они основаны в 1610–1614 гг. в землях князей Вишневецких, которые, вместе с Конецпольскими и Потоцкими, получили громадные поместья в левобережной Украине. Фундаторами сих монастырей (наделившими их землями и угодьями) были князь Михаил-Корибут Вишневецкий и супруга его Регина (двоюродная сестра Петра Могилы), оба отличавшиеся усердием к православию. Спустя лет десять, уже по смерти князя Михаила и его супруги, на их землях основался еще мужской монастырь Мгарский. Юный их сын Иеремия, воспитанный под надзором густынского архимандрита Исаии Копинского, по кончине родителей поступил под опеку своего дальнего родственника Константина Вишневецкого, принявшего католицизм (известный зять Юрия Мнишка?), и отдан был на воспитание в Львовское иезуитское училище. Там его, конечно, совратили. Став ревностным католиком, он принялся в своих червонорусских, волынских и украинских владениях воздвигать костелы и кляшторы и притеснять православных. Тщетно бывший его воспитатель, а теперь Киевский митрополит, обратился к нему с посланием, в котором напоминал завет умиравшей его матери и увещевал воротиться к вере предков. Иеремия остался глух к его увещаниям и продолжал фанатически преследовать своих прежних единоверцев. Мало того, когда Копинский был изгнан из Киева и удалился в свою Северскую епархию, Иеремия Вишневецкий отнял у него помянутые монастыри (Густынский и Мгарский), которые передал его счастливому сопернику, а своему родственнику Петру Могиле (1635 г.). Во время казацко-польской войны монахи и монахини Густынские и Ладинские, спасаясь от гонений, покинули свои монастыри, забрав с собою дорогую церковную утварь и книги, и бежали в пограничный московский город Путивль; но прежде чем добрались сюда, все захваченное ими церковное имущество и всякое добро, до 20 возов, было ограблено какими-то «ляхами и жидами». Любопытно, что путивльский воевода Плещеев в своем донесении царю пишет, будто и сам митрополит Петр Могила, по словам бежавших чернецов, отпал от православия. Эта клевета (вероятно, распущенная его соперником Копинским), впрочем, была опровергнута новым донесением Плещеева в том же 1638 году. Мало того, усердием киевского митрополита те же запустевшие монастыри вскоре были обновлены, снабжены новою утварью и книгами, при помощи московско-царских пожертвований.