Борьба между православными и латино-униатами в эту эпоху происходила почти во всех углах Западной и Южной Руси, вошедшей в состав Речи Посполитой. Меж тем как в Киевской области перевес был на стороне православных, в Северо-Западной Руси брали верх латино-униаты, несмотря на горячее им сопротивление. Примером такого сопротивления могут служить половчане. По сеймовой конституции 1632 года решено было разделить Полоцкую епархию между православным и униатским архиереями: последнему назначен местопребыванием Полоцк, а первому Могилев. Но в Полоцке значительная часть жителей еще крепко держится православия. Отсюда видим настойчивые жалобы со стороны преемника Кунцевича, Антония Селявы, на полоцких мещан, которые поднимали против него бунты и даже покушались на его жизнь. Так, однажды, когда он плыл в лодке по Двине из Полоцкого замка в монастырь Борисоглебский, в него с берега сделаны были два выстрела из мушкета; но пули пролетели мимо. Далее полоцкое духовенство жалуется, что окрестные мещане не ходят в его церкви и не хотят совершать требы у попов униатских; не упускает оно обжаловать в ратуше и такой случай, когда униаты-родители позволяли своей дочери выйти за православного и венчаться в православном храме. Нередко встречаем со стороны католико: и униатов предъявленные властям протестации на то, что православные половчане ругаются над образами Казимира и Иосафата (Кунцевича) и другими латинскими иконами, называют униатскую веру «дьявольскою» и т. п. Очевидно, религиозная вражда здесь доходила до ожесточения. Городские власти, конечно, на стороне латино-униатов, а православных открыто притесняют и, в случаях тяжбы, выказывают явное пристрастие. Так, они бросают в тюрьму мещанина за то, что он назвал Кунцевича только «велебным», а не благословенным. Для распространения унии власти не брезгали никакими средствами: например, преступники, чтобы избежать наказания или смягчить его, принимали унию; даже убийцы таким способом избавлялись от смертной казни. В свою очередь, гонение на православие вело и к таким последствиям: в 1633 году, во время войны с Москвою, половчане не радели обороною города, и при нападении московского войска он был сожжен. Напротив, могилевцы, довольные водворением у них православной кафедры, в этой войне помогали полякам провиантом, амуницией и т. п.; за что были награждены мостовым сбором.

Что вероисповедная борьба, кипевшая в пределах Речи Посполитой, нередко принимала весьма жестокий и кровавый характер, тому, кроме фанатизма, способствовали также грубость нравов и господство суеверий, которыми отличалась данная эпоха. Эти черты ярко отражаются в судебных процессах того времени. Мы встречаем подаваемые в суд жалобы на порчу здоровья или другой какой вред, который будто бы насылали люди, занимавшиеся колдовством. Судьи серьезно разбирают такие жалобы и приговаривают обвиненных к жестоким наказаниям. Например, в 1631 году видим долгий процесс, возбужденный по обвинению одной попадьи (Раины Громыкиной) в чародействе. Начатый в Новгородском суде, этот процесс окончился в Минском трибунале, который приговорил обвиняемую к пыткам и затем к казни. А в 1643 году полоцкий магистрат приговорил к сожжению одного мещанина (Василия Брыкуна), также обвиненного в чародействе. Следовательно, не только простолюдины, но и члены городского самоуправления и сами высшие суды, состоявшие из людей, казалось бы, наиболее образованных, были одинаково исполнены невежественных и грубых суеверий.

В ту же эпоху борьбы с унией из ревнителей и мучеников православия особенно выдвигается брест-литовский игумен Афанасии Филиппович.

Деятельность его, между прочим, связана с историей самозванца Лубы. Когда последний мальчиком был отдан на воспитание Льву Сапеге, то канцлер обучение его вверил именно Филипповичу, как человеку очень образованному, и тот семь лет занимался этим обучением, вероятно не вполне сознавая, к чему готовили мальчика. Потом он постригся в виленском Святодуховом монастыре и отдался подвижнической жизни, а вместе с нею усердной борьбе против унии. В бытность его наместником Дубойского монастыря под Пинском, канцлер литовский Станислав Радивил отобрал от православных эту обитель и отдал ее иезуитам. Филиппович отсюда удалился в ближайший Купятицкий монастырь, известный своей типографией, в которой печатались церковные книги. В 1637 году он отправился для сбора подаяний в Белую Русь; а отсюда пробрался в Москву, был принят там радушно и подал царю Михаилу Феодоровичу описание бедственного положения православной Западнорусской церкви. По возвращении своем, митрополитом Могилою он был поставлен на игуменство брестского Симеоновского монастыря, при Луцком епископе Афанасии Пузыне, к епархии которого принадлежал Брест. (Этот монастырь Св. Симеона, по решению короля, был оставлен за православными и находился под покровительством знатной фамилии Дорогостайских.) В качестве шумна он не раз ездил в Краков и Варшаву, где подавал королю и сенаторам горькие жалобы на притеснения, чинимые православию; причем пророческим голосом грозил Речи Посполитой страшными бедствиями, если уния не будет уничтожена.

В 1644 г. во время приезда московских послов по делу самозванца Лубы, по их желанию, игумен сообщил им все нужные сведения о своем бывшем ученике, с которым он вновь познакомился в Бресте. Когда король Владислав отправил Лубу с послом своим Стемпковским в Москву, то Филиппович был взят под стражу и заключен в оковы в качестве заложника, т. е. он должен был своею головою отвечать за безопасность самозванца. По возвращении сего последнего игумен получил свободу. Во время своего заключения он написал несколько полемических сочинений против латино-униатов и, между прочим, наиболее известное из них, озаглавленное «Диариуш», где горячо и живо изображает гонения, воздвигаемые на православие, а также рассказывает бывшие ему чудесные видения и таинственные голоса. В 1648 году, при начале восстания Хмельницкого, поляки схватили Филипповича под предлогом, будто он тайно посылал казакам порох и возмутительные листы. Когда же на требование иезуитов, чтобы он принял унию, игумен отвечал решительным отказом и проклятием унии, поляки подвергли его мучительной смерти.

Итак, хотя король Владислав IV не следовал католическому фанатизму своего отца, много смягчал или отменял правительственные меры, направленные в пользу унии и против православия, однако толчок, данный латино-униатскому движению, продолжал действовать и в царствование сего веротерпимого короля. Латино-униатская партия, опираясь на сильную католическую иерархию, особенно на Иезуитский орден, а также на польско-русскую католическую аристократию, после недолгого перемирия, вызванного смертию Сигизмунда III, возобновила свой наступательный образ действия; опять всеми возможными средствами стала теснить православие и постепенно отнимать у него почву, несмотря на его успешную оборону в эпоху Петра Могилы. Почти во всех областях Юго-Западной Руси кипела то открытая, то глухая вероисповедная борьба; причем обиды и насилия, чинимые православным, обыкновенно остаются безнаказанными, а их обращения к суду тщетными. Постепенная утрата почвы прежде всего обусловливалась отступничеством русских дворянских родов, которые продолжают переходить в католичество отчасти под влиянием иезуитской пропаганды, а главное, из-за мирских выгод: так как королевская власть наделяет должностями, сенаторством, староствамии тому подобными благами по преимуществу католиков; людей же православных обходит, невзирая ни на какие их заслуги. И, однако, православие все еще было крепко, преимущественно в южнорусском населении, собственно, в мещанстве и крестьянстве, опиравшихся на казачество. С католичеством в Польше и Литве продолжала еще бороться сильная протестантская партия, в особенности Социнианская секта; поэтому возникновение раскола, раздвоившего Южнорусскую церковь на унитов и дизунитов (православных), и происшедшие отсюда их враждебные отношения только увеличили элементы государственного разлада и разложения.