В то же время приходили сообщения о бегстве за границу ряда видных деятелей Эстонии. Остался в Швейцарии Селтер. При этом сообщалось, что он «в несколько приемов дипломатической почтой вывез крупную сумму иностранной валюты. Причем эти деньги принадлежат не только ему лично, а также так называемой «веронской группе» (бывшие члены студенческой корпорации «Веронцы» в Рижском политехникуме, во главе которых стоят Селтер, Сепп, Виктор Пяте и другие)».

В этой сложной обстановке в трех республиках началась подготовка к выборам в верховные органы власти. Коммунисты Прибалтики выдвигали своих кандидатов в союзе с представителями левых сил. Такими коалициями на выборах в Народные сеймы Латвии и Литвы, Государственную думу Эстонии стали Союзы или Блоки трудового народа. В предвыборных лозунгах Союза трудового народа Эстонии говорилось: «Высшая власть в Эстонии должна принадлежать народу и только народу». Многие призывы подчеркивали важность дружбы и тесного союза Эстонии и Советского Союза.

В то же время часть населения прибалтийских стран негативно относилась к внешнеполитической переориентации на СССР и к осуществленным и намечаемым преобразованиям внутри трех республик. Газета «Рахва Хеаль» 3 июля в передовой, озаглавленной «Враги народа зашевелились», разоблачала замаскированную кампанию против нового правительства, которую вели газеты «Пяевалехт» и «Удислехт». Резидент НКВД сообщал в Москву 5 июля: «В течение 3 июля в Таллине в небольшом количестве распространились листовки, напечатанные типографским способом с лаконическими лозунгами: «Долой правительство», «Бей коммунистов и евреев» и прочее». В начале июля резидент НКВД докладывал в Москву: «Внешне в Таллине все спокойно… Бывшие члены кайцелита, не отваживаясь на резкие выступления, ходят по улицам с трехцветными национальными эстонскими значками, женщины носят белые цветы, подчеркивая этим, что они белые, а не красные. Но таких лиц немного».

В информации резидента НКВД из Эстонии от 9 июля говорилось: «Буржуазные круги, члены прежнего отечественного союза и прочие реакционные элементы в большинстве случаев выдвижение кандидатур откладывают на последний день регистрации на завтра, 9 июля. Так как кандидаты Союза трудового народа ежедневно публикуются в газетах, они рассчитывают в последний день сманеврировать так, чтобы своих наиболее сильных кандидатов выдвинуть против слабых кандидатов Союза трудового народа.

9 июля резидентура НКВД сообщала из Эстонии: «Враги эстонского народа в период выборов в парламент проводят агитацию среди населения, призывая последнее голосовать за кандидатов — сторонников старого реакционного правительства. Враждебные элементы, проводя агитацию среди сельского населения, играют на собственнических интересах последнего, распуская слух о том, что коммунисты будут отбирать землю и передавать ее на нужды Советской Армии. Для обработки городского населения усиленно распускают слухи о близком приходе немцев, когда начнется расправа с коммунистами и всеми, кто будет голосовать за них. В русских районах отмечены случаи, когда бывшие члены кайцелитов с оружием пытались помешать проведению митингов, но были разоружены народной самозащитой».

В ответ на активизацию противников новой власти Главному комитету выборов было предоставлено право отклонять не входящих в Союз трудящихся Эстонии кандидатов в депутаты. Как утверждалось позже в докладе Комиссии Верховного Совета ЭССР от 1989 года, «были аннулированы письма о выдвижении 57 кандидатов, 20 кандидатов… сняли свои кандидатуры».

Объясняя причины исключения ряда кандидатов из списка, в своем выступлении 11 июля 1940 года эстонский коммунист Н. Руус сообщил: «Среди конкурирующих кандидатов нашлись, с одной стороны, прямые реакционеры и противники народа и их подручные. Нет оснований верить, что пастор Таллмейстер, который раньше выступал против семинаристов-марксистов, профессор Пийп, который сам осуществлял провоцирующую войну внешнюю политику и заключил враждебный Советскому Союзу военный договор между Эстонией, Латвией и Литвой, господа Пенно, Кестер, Вайн и другие, которые открыто выступали в Государственной думе с речами и репликами, порочащими Советский Союз, теперь вдруг стали друзьями Советского Союза. Также нельзя поверить, что господа Салуранд, Тайосте и другие, которые принадлежали к числу антинародного Эстонского клуба националистов, закрытого начальником внутренних войск, и которые в журнале «ЭКН» публиковали клеветнические и подлые писульки против марксистского рабочего движения, вдруг за одну ночь изменили свои взгляды. Невозможно поверить и в то, что господин Рей, который десятки раз наказывался за нарушение законов о защите труда, за обман больничной кассы и рабочих, в новой Государственной думе стал бы защищать интересы трудового народа… Исключение таких лиц из списков кандидатов полностью оправданно. Мы не можем позволить провокаторам войны, их подручным, нарушителям законов и лицам, разжигающим вражду против трудового народа, использовать предвыборную агитацию для пропаганды своих подлых приемов».

Вряд ли можно признать эти основания для отводов кандидатур достаточно вескими. Из речи Н. Рууса следует, что депутат Думы должен был иметь репутацию последовательного друга СССР и не запятнать ее критикой марксизма. Лишь немногие политические деятели пятсовской Эстонии могли соответствовать таким критериям. В то же время следует учесть, что впервые после многих лет своего политического господства в условиях авторитарной диктатуры представители правящей верхушки оказались уязвимыми для критики. Так как в небольшой республике было хорошо известно о политической и моральной беспринципности некоторых из них, семейственности и коррумпированности, то и все представители правящей верхушки легко становилась объектами для широких обвинений в их адрес. В начале июля 1940 года в газете «Рахва Хеаль» были опубликованы материалы, разоблачающие мошенническую деятельность многих лиц из правящих кругов Эстонии. Так, 8 июля газета опубликовала статью, озаглавленную «Эстонское земельнокредитное общество — дойная корова Юримаа, Суурсета и Виктора Пятса».

С 1989 года состоявшиеся 14–15 июля 1940 года выборы в верховные органы власти трех республик стали предметом дотошных разбирательств в публикациях, стремящихся доказать «незаконность» вступления Прибалтики в Советский Союз. Но многие из этих «доказательств» не выдерживали критики. Например, много было спекуляций о том, что избиратели получали специальные отметки в паспортах. Однако подобные отметки делались во всех паспортах избирателей на всех выборах в Прибалтике с 20-х годов. В то же время предъявлять к выборам, проходившим в военном 1940 году, требования, сформировавшиеся в общественном сознании страны в конце 80-х годов, без учета реальной обстановки 50-летней давности было нелепо.

Реальная же обстановка выборов 1940 года в Прибалтике характеризовалась сочетанием разных и противоречивых факторов. С одной стороны, население трех стран впервые освободилось от постоянного террора полиции, айзеаргов, шаулисов, кайцелита. После многих лет можно было проводить свободно митинги, собрания, демонстрации. От участия в выборах были отстранены коррумпированные политиканы, державшиеся у власти с помощью демагогии, подкупа и террора. Взрыв массовой политической активности после ввода Красной Армии был резким контрастом по сравнению с теми событиями, которые в это время творились в Западной Европе. Ведь тогда население Прибалтики узнавало о подавлении свобод, запретах, массовых экзекуциях, которые происходили в странах, оккупированных германскими армиями.