Анархисты возглавляют ряд Советов. Так, в ноябре 1917 г. анархист С.Д. Кириченко был избран председателем Херсонского совета. В декабре 1917 г. анархо-синдикалист К. Гринбаум возглавил Екатеринославский совет. Анархисты становятся председателями Советов Семипалатинского уезда (М.Т. Трусов), Могочинского района (П. Смолин) и Исполкома Читинского Совета (Б.Г. Жданов).

Важно отметить, что участие анархистов на выборах в Советы рабочих, солдатских, матросских и крестьянских депутатов вплоть до конца 1921 г. было обусловлено тем обстоятельством, что каждый делегат избирался коллективом определенного предприятия или учреждениям. Таким образом, Советы являлись органами классового представительства, а депутаты – представителями трудовых коллективов, де-факто представлявших интересы рабочего класса и крестьянства.

После Октябрьского переворота среди анархистов усилились разногласия во взглядах на роль Советов. Многие призывали бойкотировать их как новые органы власти. Так, в заявлении редакции органа ПФАГ, газеты «Буревестник», в начале декабря 1917 г. говорилось: «С того же момента, когда в руки советов перешла государственная власть и эти выборные классовые учреждения начали издавать законы-приказы, стали указывать, что неповинующиеся этим законам люди должны быть наказаны тюремным заключением, штрафами, обязательными, то есть рабскими работами, – с этого времени анархистам нельзя входить в эти властные государственные учреждения, стало невозможным покрывать их деятельность своим присутствием».

Между тем многие признавали власть Советов как меньшее зло в сложившейся ситуации. «Мы не пойдем в советы. Но мы не пойдем против них, а мимо них», – писал, например, А. Гордин, выражая позицию МФАГ. Анархо-синдикалисты и часть «бунтарей» приняли противоположную точку зрения. Так, Самарская федерация анархистов в конце января выступила с критикой действующих Советов. Рассматривая переход к ним власти как прогрессивный этап, самарские анархисты считали необходимым создание подлинных Советов, возникших «из свободного объединения творческих сил» трудящихся. При этом Самарская федерация анархистов вводила «с информационной целью» представителей в состав советских структур. На II конференции ПФАГ большинство делегатов поддержали вхождение в Советы с целью пропаганды, при отказе от участия в исполнительных и судебно-карательных органах. Отдельные из них, как Г.М. Богацкий, предлагали войти и в исполнительные советские структуры, рассчитывая преобразовать их на либертарных началах. Активист САСП Аникст писал: «В настоящее время Советы являются теми организациями, которые, – впервые в истории революционной борьбы, – объединяют весь революционный народ на принципе автономности и самостоятельности». Он призвал анархо-синдикалистов входить в их состав для ведения пропаганды. Другой активист САСП, А.М. Шапиро, надеялся превратить Советы «в органы самой интенсивной самодеятельности на местах, по всем отраслям политического, экономического и социального быта, […] в неизбежных предшественников Свободных Коммун».

Впрочем, анархо-синдикалисты не исключали в перспективе превращения Советов в послушное орудие СНК. «Ваши Советы и другие организации на местах должны будут, понемногу, стать простыми исполнительными органами воли центрального правительства», – утверждал, например, Волин. Наиболее радикальное крыло движения призывало бойкотировать Советы, рассматривая их как органы власти и диктатуры РКП(б). Отдельные группы даже призывали к боевым акциям. «Относясь отрицательно к Советам, как учреждениям государственным, считаем необходимым бороться с ними путем террора», – провозглашала резолюция группы «Возрождение», действовавшей в Харькове.

В середине января, на III Всероссийском Съезде Советов образовалась фракция анархистов-коммунистов численностью 16 чел. Из них 3 делегата (А. Ге, Ф. Горбов и Г. Шатилов) были избраны во Всероссийский Центральный исполнительный комитет (ВЦИК), заявив, однако, что входят в него «лишь с целью агитации и пропаганды», не принимая участия в голосованиях: «Мы выступаем по всем вопросам со своими резолюциями. Провести их мы, конечно, не рассчитываем, а смотрим на свои выступления исключительно как на политические, имеющие демонстративный характер». Деятельность фракции вызвала раскол в движении. В январе 1918 г. из ПФАГ были исключены А. Карелин, Б. Верхоустинский, А. Ге и их сторонники. Их охарактеризовали как «анархо-меньшевиков и полугосударственных коммунистов», участвующих в «парламентских интрижках», а Советы – как парламентские учреждения. Большинство ПФАГ, возглавляемое В. Гординым, Г. Богацким, Е. Чернознаменским и А. Андреевым, выдвинуло лозунг создания «Анархических Советов», консультативных по своим полномочиям, дающих рекомендации представителям трудящихся.

На этом борьба не завершилась. В апреле на страницах анархистских газет были опубликованы заявления протеста против участия анархистов во ВЦИК. Различные организации объявляли, что Ге не является их делегатом и отвергли участие анархистов в этом органе власти. Подобные заявления выпустили: МФАГ, САСП, Организация анархистов Кронштадта, Союз анархистов-синдикалистов-коммунистов Кронштадта, Фракция анархо-синдикалистов IV Всероссийского съезда советов, редакция газеты «Голос труда», Федерация анархистов Одессы, Московский союз анархо-синдикалистов, Группа анархистов-коммунистов интернационалистов, коллектив русских анархистов Женевы, группа анархистов-коммунистов «Взаимопомощь».

Издательская группа «Голос труда» назвала сторонников Ге и Карелина «анархистами-шкурниками», обвинив в карьеризме и манипуляции: «Пользуясь слабой связью между нашими организациями, разрозненностью наших сил, они не стесняются выдавать себя за „представителей“ мифических, не существующих анархических групп и организаций». По мнению анархо-синдикалистов, такие действия превращали анархистское движение «в марионетку в руках совета народных комиссаров».

В то же время, признавая, в той или иной форме, Советы, анархисты оставались противниками парламентаризма, призывая бойкотировать выборы в Учредительное собрание, прошедшие в ноябре 1917 г. Они предполагали, что этот представительный орган власти превратится в «буржуазно-социалистическое» учреждение, тормозящее развитие революции, или же – в опору диктатуры большевиков. Исходя из этого анархистские организации одобрили его роспуск.

Несколько социально-экономических преобразований, проведенных большевиками в первые месяцы правления, были поддержаны частью анархистов. Так, Ярчук приветствовал «Декрет о земле» и переход власти к Советам, но возражал против создания СНК, наделенного властными полномочиями. Один из лидеров ПФАГ, А. Карелин, поддержал декрет, видя в нем документ, дающий санкцию на раздел крестьянами помещичьих владений по общинным традициям: «Большевики сделали даже больше, чем обещали, так как новый „закон“ предлагает крестьянам взять землю в трудовое владение». Некоторые даже апеллировали к СНК, призывая санкционировать обобществление банковских капиталов, промышленности и недвижимости, передать предприятия в ведение рабочих, частную торговлю – кооперативным объединениям, а дома – жителям. Карелин утверждал, что правительство «большевиков ленинского толка» не будет мешать трудящимся в проведении анархо-коммунистических преобразований.