6 марта 1918 г. Совет МФАГ принял решение, что «черная армия» должна быть организована на федеративных принципах. Предполагалось, что ее базисными ячейками станут заводские группы, объединенные в районные организации. Их деятельность будет координировать центральный штаб. При нем должны были функционировать постоянная группа сотрудников штаба и 4 отдела (учебный, технический, санитарный и осведомительный). Задачей анархистских боевых отрядов провозглашалась борьба против контрреволюционеров и интервентов. В качестве ее методов признавались обыски, аресты и разоружение противника. Оговаривалось, что обыски должны производиться с согласия специальной комиссии МФАГ в составе 3 активистов. О своих решениях последняя должна была извещать органы власти. Особой военной комиссии была поручена работа по организации отрядов Черной гвардии.

В дальнейшем отмечается тенденция к ужесточению контроля МФАГ и командования Черной гвардии за действиями ее бойцов. Эти меры были ответом на попытки уголовников действовать под прикрытием анархистской фразеологии. Так, 8 марта штаб Черной гвардии принял постановление о том, что любые операции ее бойцов могут производиться лишь в присутствии члена штаба с соответствующим мандатом, подписанным двумя другими членами штаба. Граждан, столкнувшихся с несанкционированными действиями анархистов или псевдоанархистских групп, призывали обращаться по телефону к командованию черногвардейцев.

Возникновение анархистских подразделений совпало по времени с акциями, проводимыми уголовными элементами, использовавшими имя анархистов. 12 марта вышло постановление Совета МФАГ, отмечавшее «злоупотребление именем Федерации анархистских групп»: «Неизвестные личности отбирают кошельки, производят угрозы с целью вымогательства, обысков, арестов и т. д., пользуясь именем Федерации». Любые реквизиции «с целью личной наживы или вообще личной выгоды» приравнивались к проявлениям «буржуазности». Провозглашалась борьба «всеми мерами» против таких действий. Производились исключения из Черной гвардии. Пытаясь предотвратить бесконтрольные действия своих бойцов, МФАГ ввела практику выдачи мандатов за подписью своего секретаря. Весной 1918 г. такие же правила ввела Самарская федерация анархистов.

Черногвардейцы с разрешения властей осуществляли аресты и обыски. Так, 4 марта 1918 г. отряд московской Черной гвардии провел задержание членов подпольной организации белогвардейцев в здании «Экономического общества офицеров». В борьбе с контрреволюцией и преступностью черногвардейцы сотрудничали с ВЧК и другими карательными структурами советского государства. По словам Павла Турчанинова, именно к начальнику штаба Черной гвардии Гнилосарову-Козловскому представители советского руководства обращались за справками о принадлежности к МФАГ арестованных участников реквизиций. Кроме того, черногвардейцы участвовали с чекистами на обысках и передавали им арестованных, в том числе уголовников.

Имеющиеся данные, связанные с показаниями черногвардейцев, арестованных во время разоружения анархистов 12 апреля 1918 г., показывают, что они руководствовались достаточно разными мотивами для вступления в ряды вооруженных анархистских отрядов. Среди них было довольно много идейных людей, которых разделяли принципы анархизма или симпатизировали анархистам. Вместе с тем были те, кто желал отправиться на фронт сражаться против белых и германо-австрийских интервентов. Были и беженцы из регионов, оккупированных германскими войсками, а также безработные, искавшие средств существования. «В деревне моей мне делать нечего сейчас, находится она под немцем», – заявлял на допросе один из них. Шофер МФАГ, 24-летний Петр Иванович Василькевич, в феврале 1918 г. примкнувший к Федерации, утверждал, что сделал это, поскольку «был без места». В таких случаях, как правило, играли роль отношения блата. В МФАГ Василькевича рекомендовал его друг. Впрочем, нет точных данных, позволяющих сделать выводы о преобладании именно таких людей в московской Черной гвардии. Заметим, что для того времени вступление в состав политических партий людей, имевших корыстные цели, не было чем-то из ряда вон выходящим. Это объяснимо – ведь левые организации после февральских революционных событий и Октябрьского переворота заняли позиции во власти и получили в свое распоряжение определенные материальные ресурсы.

Ряд мемуаристов, принадлежащих к большевикам, утверждают, ссылаясь на допросы, что большинство арестованных московских черногвардейцев «и понятия не имели, что такое анархизм, не представляли себе ни основ анархистского учения, ни анархистских доктрин». Но документальных свидетельств, подтверждающих такого рода выводы, недостаточно. Исследователями выявлено лишь очень небольшое количество протоколов допросов. Кроме того, целесообразно задать вопрос, насколько вероятно, что каждый сочувствующий, или член РКП(б), или ПЛСР, примкнувший к партии неделю или месяц назад, мог внятно и подробно объяснить цели собственной организации, раскрыть «основы учения» и «доктрины» теоретиков марксизма или неонародничества? Особенно если иметь в виду рабочих, солдат, матросов, многие из которых были малограмотны или вовсе неграмотны. Также возникает вопрос, насколько подследственный может быть откровенен со следователем? Тем более, если речь идет о принадлежности к организации, только что подвергшейся не просто преследованиям властей, а разгрому в результате войсковой операции с массовыми арестами активистов. Между тем допрашивали людей, недавно примкнувших к движению, незнакомых с революционной этикой, в отличие от бывших политкаторжан, которые вели себя как принципиальные революционеры, обращавшиеся к таким же революционерам.

Ранее наплыв огромного числа новых членов переживала партия эсеров. Среди этих «мартовских эсеров» историк К.Н. Морозов выделяет наиболее многочисленную группу сродни новым адептам анархизма, привлеченным в ряды движения популярными лозунгами: «Другая самая понятная, самая известная часть мартовских эсеров – это те, кто записывались в эсеровскую партию целыми деревнями, целыми полками, такое тоже было. И записывались, кстати говоря, во многом из-за симпатий в программе и социализации земли, и кроме социализации земли еще требования федералистского устройства…» Похожим образом выглядела ситуация со сторонниками большевиков, пополнявшими РСДРП(б) в 1917 – начале 1918 гг. Характеризуя данное явление, историк К.А. Тарасов говорит о своеобразном «солдатском» или «шкурном» большевизме.

Вместе с тем среди участников анархистских отрядов оказалось и некоторое количество преступников, пытавшихся использовать их ради наживы. Прежде всего следует сказать о банде Якова Абрамовича Липковича, внедрившейся в состав Самарского партизанского отряда, входившего в состав Черной гвардии. 7 апреля вместе с 6 подельниками из Харькова, прибывшими в Москву с одним из партизанских отрядов, эвакуировавшимся из Украины, он вступил в сговор с секретарем Самарского отряда Тупицыным. Многие из этой банды были демобилизованными солдатами, оставшимися без работы и искавшими способ заработка, не возражая против обогащения криминальным путем. В Москве к ним присоединились еще несколько человек, не имевших отношения к анархистам. Согласно показаниям арестованных бандитов, были установлены 9 совершенных ими нападений и грабежей состоятельных горожан, сопровождавшихся убийствами.