В большинстве анархистских проектов преобразований центральное место занимали фабзавкомы. Расширению их полномочий уделялось большое внимание. Так, на II конференции ПФАГ (26–28 ноября 1917 г.) большинство делегатов поддержало идею вхождения в комитеты с целью пропаганды и подготовки к социализации производства. 15 ноября на V конференции ФЗК Петрограда и окрестностей анархо-синдикалисты предложили передать комитетам контроль над снабжением населения. Предполагалось усилить их роль в органах управления экономикой. Так, 7 декабря на Совещании председателей и секретарей ФЗК Петрограда Блейхман требовал предоставить представителям комитетов большинство мест в составе Высшего совета народного хозяйства (ВСНХ). На I Всероссийском съезде профсоюзов Григорий Максимов выступил с резолюцией фракции анархо-синдикалистов, предложив превратить ВСНХ в совет представителей отраслевых и региональных федераций «фабрично-заводских, железнодорожных, банковых, торгово-промышленных, домовых […] комитетов». Другим органом, воспринимаемым как ячейка либертарного строя, были домовые комитеты, охранявшие дома и защищавшие жильцов от произвола домовладельцев и властей.

Влияние анархистов в фабзавкомах по-прежнему оставалось значительным. Так, в Харькове они контролировали Центральное бюро ФЗК. В октябре 1917 г. I областная конференция Союза металлистов Донецко-Криворожского бассейна по предложению анархиста П. Рыбина попыталась передать производство в руки фабзавкомов. В декабре 1917 г. съезд шахтеров Донбасса сформировал «Бюро заводов Донбасса», в состав которого вошли анархисты М.М. Коняев, М.О. Петровский и П.А. Рыбин. Его целью было проведение социализации промышленных и горнодобывающих предприятий. В ответ в конце января 1918 г. большевики на IV областном съезде Советов провозгласили борьбу против анархизма. Весной 1918 г. в Астрахани анархисты возглавили фабзавкомы завода «Кавказ и Меркурий» и Болдинских рыболовецких промыслов братьев Сапожниковых.

Большинство анархистов уже не рассматривали профсоюзы как организующую силу революции. Считая, что они утратили свое революционное значение, активисты САСП объявили ФЗК организацией рабочего класса, соответствующей «новым революционным формам экономико-политической жизни». Профсоюзы же предлагалось подчинить комитетам, оставив за ними задачу социального обеспечения и просвещения рабочих. Ковалевич также утверждал, что в условиях назревшей реорганизации производства на анархо-коммунистических началах «профессиональные союзы разных рангов должны окончить свое существование», их заменит объединение ФЗК, которое возьмет в свои руки обмен продуктами.

Но, анархисты завоевывают серьезное влияние и в ряде профсоюзов. В Москве под их влиянием оказались профсоюзные организации железнодорожников, пекарей и парфюмеров. В Сибири анархисты пользовались влиянием в профсоюзах горнодобывающей промышленности и железнодорожников (особенно в Красноярске, Томске, на Забайкальской железной дороге). Активист САСП и секретарь Харьковской федерации анархистов М.М. Коняев основал Союз рудокопов Таганрогского района и союз шахтеров Дебальцево, построенные по типу ИРМ.

Кроме того, организации, входившие в анархистские федерации, часто организовывались по предприятиям или отраслям. Так, в состав МФАГ входили группы железнодорожников, анархистов-коммунистов Сокольнических мастерских, Деревообделочного завода Московско-Казанской железной дороги и завода «Геофизика». В Федерацию анархистов Одессы, основанную в конце февраля 1918 г., вошли, среди прочих, группы заводов «Анатра» и Попова, активистов Союза моряков и Союза кожевенников.

Готовясь к «третьей революции», анархисты в конце 1917 – начале 1918 гг. создают по всей России вооруженные отряды. Одним из первых призыв к их формированию выдвинул активист ПФАГ, писатель Б.А. Верхоустинский: «Идти впереди восставшего народа, прокладывать ему путь пушками и штыками – вот то, что одухотворит бойцов и сделает их львами. […] Для организованного удара по Капиталу и по Власти, для смертельной битвы за Социальную Революцию – вот для чего необходимы эти вооруженные кадры. […] Мы признали, что: Земля – народу. Фабрики – народу. Дворцы – народу. Да будет так: массы слабы для осуществления этого, вольные дружины или помогут им своей силой, или умрут вместе с ними». А. Гордин более широко трактовал задачи анархических боевых дружин, призывая использовать их как средство «для переходного к анархии периода». Эти призывы и действия не сопровождались, однако, подготовкой свержения большевиков, хотя анархисты не исключали и такую перспективу, что вполне логично вытекало из теории «третьей революции». «Мы ничем не можем ограничивать себя в своих действиях. Пока их действия будут достаточно революционны, будем двигать их вперед и станем в положение войны, когда они будут направлены против нас», – так в конце января 1918 г. активисты Самарской федерации анархистов оценивали перспективы развития отношений с советскими властями. Тем не менее весной 1918 г. анархисты поддерживали лозунг единого революционного фронта. Лидеры ПФАГ и МФАГ неоднократно опровергали слухи о подготовке восстания.

В Москве постановлением МФАГ от 1 ноября 1917 г. была образована «боевая анархистская дружина» во главе со штабом в составе 5 чел. Вооружение и обмундирование для анархистских частей было предоставлено московскими военными властями, приравнявшими анархистские отряды к другим военным подразделениям. Уже с 3 января, почти открыто заявляя о готовности поддержать большевиков в случае роспуска Учредительного собрания, секретарь МФАГ Турчанинов обратился в Моссовет с просьбой предоставить оружие. Разрешение на право ношения оружия активистами МФАГ было выдано военным комиссаром Москвы, большевиком Я.Я. Пече. Кроме того, черногвардейцы получали оружие от анархистских отрядов, сражавшихся на фронтах Гражданской войны.

Снабжение Черной гвардии в Москве частично осуществлялось за счет конфискационных мер. Так, в своих показаниях перед ВЧК черногвардейцы заявляли, что продукты доставлялись и реквизиционной комиссией МФАГ в результате обысков у спекулянтов. Из того же источника известно, что бойцы Черной гвардии получали жалование, источником которого могли быть захваченные в реквизированных особняках суммы денег, как и финансирование со стороны властей. В тех условиях вряд ли можно было иным способом прокормить тысячи или хотя бы сотни бойцов. Что же касается экспроприации имущества капиталистов, аристократии и даже государственных учреждений – это не было нарушением принципов анархизма, а напротив являлось ничем иным, как проведением в жизнь идей П.А. Кропоткина. Более того, разного рода реквизиции, вводимые местными и военными властями чрезвычайные налоги, как и введенная в масштабах всей страны продразверстка в годы Гражданской войны, становятся закономерностью, а не нарушением правил. Это тем более логично, что анархисты рассматривали себя как самостоятельную революционную силу, а не придаток государственной машины.

Подразделение МФАГ получило наименование «Черных боевых дружин», или «Черной гвардии». Последнее наименование в 1917–1918 гг. широко использовалось анархистскими вооруженными отрядами. Они имели свою символику. Так, кавалерийский дивизион, сформированный Н.И. Каландаришвили в Иркутске в феврале 1918 г., имел черное знамя. На одной его стороне было написано: «1-й Иркутский отдельный кавалерийский дивизион анархистов-коммунистов». На другой стороне красовался лозунг: «Анархия – мать порядка». Бойцы иркутского отряда «черной гвардии», которым командовал Пережогин, носили нашитую на рукаве пятиконечную черную звезду. Лишь по рекомендации анархистов, ее бойцов или рабочих организаций можно было вступить в ряды Черной гвардии.