Церковь в принципе была права, отождествляя масонство с секуляризмом. В последней четверти XIX века испанское масонство наконец начало процветать, хотя и было намного менее могущественным, чем в других католических странах, таких как Франция и Италия. Число масонов возросло до десяти тысяч человек. Издавалось восемь масонских газет. Братья считали себя просвещенным меньшинством, выступающим против массового религиозного фанатизма. Они активно работали в антиклерикальных газетах и в светских школах. Однако, как и в других странах Европы, в Испании было несколько независимых друг от друга лож и, таким образом, масонство не имело возможности оказывать коллективное влияние.

Переломный момент наступил в 1898 году, когда Испания потерпела болезненное военное поражение в борьбе с США за последние свои колонии на Американском континенте. Четыре столетия империи Нового Света подошли к концу. Католики обвинили в этом национальном унижении масонов — как испанских, так и тех, кто был на Кубе и Филиппинах. Полиция совершила налет на мадридские штаб-квартиры «Великого востока» Испании и «Национального Великого востока», двух важнейших масонских руководящих органов страны. Многие вышли из лож. После 1898 года своя антимасонская философия появилась у военных. Вырастут два поколения офицеров, считающих, что пятая колонна масонов способствовала поражению Испании и активно препятствовала попыткам получения новых территорий в Марокко.

Стремительные социальные изменения начала XX века лишь ужесточили спор «Церковь против государства». Несмотря на то что развитие масонства было приостановлено, церковный страх перед ложами возрос. Чем больше система пропитывалась католической идеей общества, основанной на религии, собственности, порядке и семье, тем меньше она была способна противостоять вызовам современности и тем больше врагов приобретала Церковь. Либералы насаждали стремление к секуляризации, росла угроза атеистического социализма. Произошел ряд антиклерикальных восстаний. Выступления рабочего класса в Барселоне в 1909 году, известные как «Трагическая неделя», начались с того, что радикалы, социалисты и анархисты обезглавили статуи святых и религиозных деятелей, осквернили могилы и подожгли церкви. К концу Первой мировой войны Церковь ненавидели целые пласты испанского общества, особенно городской рабочий класс и ожесточенное крестьянство на юге страны. Судьба испанских масонов была неопределенной: они были поборниками либеральных идей, к которым все чаще начинали относиться с презрением как правые, так и левые.

В 1923 году на фоне забастовок, беспорядков и международного страха перед большевистской революцией военная диктатура генерала Мигеля Примо де Риверы отказалась от конституционного правительства, чем обрадовала представителей Церкви. Масонство подвергалось преследованиям, хотя и не было запрещено. «Протоколы сионских мудрецов», в которых рассказывалось о жидомасонском заговоре, были впервые переведены на испанский язык как раз в то время. Отныне евреи были постоянными партнерами масонов в воображаемом заговоре. Но отчасти потому, что евреев в Испании было очень мало — они, как известно, были изгнаны еще в 1492 году, — угроза с их стороны не казалась чем-то реальным. Масоны, напротив, казались угрозой вполне явной.

Диктатура Примо де Риверы пала, потому что его попытки провести консервативную реформу только усилили противодействие даже со стороны военных. С падением диктатуры пал и исторический союзник Церкви — монархия. Когда в апреле 1931 года была провозглашена демократическая республика, силы передовой светской идеологии наконец-то получили шанс направить Испанию в будущее. Многие масоны, верные давним конституционным симпатиям братства, взяли на себя ведущую роль. Из 468 членов Учредительного собрания, избранных в июне 1931 года с целью составления конституции республики, 149 предположительно были масонами (чуть меньше трети). Эти данные тем более примечательны, что во всей стране масонов насчитывалось всего около пяти тысяч. Тем не менее они рассматривали республику как свое творение. Вот что писалось в журнале, издаваемом испанскими масонами Шотландского устава: «Не было более совершенной масонской политической революции, чем испанская. Всем руководили умеренность, справедливость, порядок, сдержанность, гуманизм, терпимость и благочестие».

Католиков, даже тех, кто поддерживал республику, такой настрой насторожил. Вновь заговорили о масонском заговоре. Конституция для республики была написана не иначе как вольными каменщиками. Были приняты гражданский брак и развод, а также свобода вероисповедания. Религиозные ордена монахов, монахинь и священников были лишены какой-либо роли в образовании. «Испания перестала быть католической», — ликовал в октябре 1931 года выдающийся республиканский министр Мануэль Асанья. К ужасу католиков, Асанья сначала был премьер-министром, а затем президентом республики. Правительство издало провокационные директивы, запрещающие религиозные захоронения и процессии.

Такие меры только разжигали неприязнь к республике. Ненависть к масонам стала неотъемлемой частью правого мироощущения, объединявшей сторонников различных антиреспубликанских фракций. Масштаб пропаганды значительно вырос. Католическая газета El Debate твердила направо и налево, что за всем стоит «призрак ложи». Один из лидеров карлистов, сторонников возвращения к почти теократическому варианту монархии, сказал на съезде в Паленсии: «Нами управляет кучка масонов, и я заявляю, что, если они продолжат попытки дехристианизации страны, в борьбе с ними разрешены любые средства». В 1932 году было образовано католическое молодежное движение, и начали они с манифеста «Объявление войны коммунизму и масонству». Католическое сопротивление республике сосредоточилось вокруг Испанской конфедерации автономных правых, которая все больше подражала риторике и стилю нацизма. В пропагандистских лозунгах этой партии звучал антимасонский барабанный бой: «Страна гудит в муках трагической агонии из-за преступлений, совершаемых сумасшедшими, которых спонсируют и которыми командуют масонские ложи и интернациональный иудаизм. В сотрудничестве с марксистским сектантством они разорвали священные узы Церкви и государства».

На какое-то время победа правых на выборах в 1933 году остановила продвижение секуляристов. В октябре 1934 года лидер Испанской конфедерации автономных правых стал военным министром и сразу же запретил масонам служить в армии (шесть генералов были уволены). На новых выборах в феврале 1936 года антимасонство снова стало боевым кличем правых. «Они не пройдут! Марксизм не пройдет! Масонство не пройдет!»

Несмотря на всю эту резкость, результаты выборов 1936 года снова привели к власти левых, а вместе с ними и силы антиклерикализма. Испанское общество было расколото. С обеих сторон было сформировано ополчение. Произошла череда убийств по принципу «око за око».

Вскоре возникли планы военного восстания против республики. Человек, стоящий в средоточии этих планов, генерал Эмилио Мола считал, что сама республика возникла благодаря «ненависти одной расы, передаваемой через умело управляемую организацию: я имею в виду именно евреев и масонство». 30 июня 1936 года Мола издал длинный список инструкций своим товарищам по заговору в Марокко, где начнется восстание. Они включали устранение левых элементов: коммунистов, анархистов, профсоюзных деятелей, масонов и т. д.