Но Мария его опередила. В день возвращения, едва он успел найти себе жилье в Эдинбурге, Роксби был арестован, а бумаги конфискованы. Мария явно обрадовалась, когда среди вещей Роксби нашли явную улику — зашифрованное письмо от Сесила. После расшифровки письмо подтвердило вину Роксби, которому в случае успеха Сесил обещал щедрое вознаграждение. Новый английский посол в Шотландии, Генри Киллигрю, зять Сесила, которого прислали на замену Рэндольфу, выдворенному из страны за то, что он финансировал второй мятеж Морея, был единственным, кому первый министр Елизаветы рассказал о своих истинных отношениях с Роксби. Киллигрю пришел в ужас, когда письмо обнаружилось, и тут же написал Сесилу, предупреждая, что нужно готовиться к ответным шагам Марии.

Это был необычный, практически уникальный сбой системы безопасности Сесила. Но мысли Марии были заняты будущими родами. Она тянула время, выбирая наиболее удобный момент для контратаки. Затем отправила письмо лично Сесилу. «Со времени прибытия в наше королевство Шотландия, — писала Мария, — мы всегда были высокого мнения о Вас, полагая, что Вы достойно исполняете обязанности преданного министра». Мария отмечала, что никогда не сомневалась в мотивах Сесила, пока ее доброе отношение не было поколеблено «странными действиями англичанина по имени Роксби». С тех пор она «должна немного приостановить наше суждение, пока мы не получим новых доказательств».

Упрек Марии был исполнен чувства собственного достоинства и сдержанности. Она объяснила, что просила Роберта Мелвилла, своего представителя в Лондоне, обсудить дело Роксби с Сесилом. Мелвилл ответил, что Сесил «нисколько не изменил» своего «доброго расположения» к Марии, «что нас в немалой степени порадовало». Она убеждала Сесила «сохранять и поддерживать мир и дружбу». Так, она уверена, он «верно послужит Елизавете». Это был очень искусный ход, едва прикрытая угроза, поскольку Мария — в результате тайных расспросов Мелвилла — прекрасно знала, что Елизавета придет в ярость, если узнает, что Сесил использовал агента-провокатора.

3 июня 1566 г. Мария удалилась в личные покои Эдинбургского замка. После убийства Риццио она опасалась за свою безопасность и настояла, чтобы граф Аргайл, который, как она полагала, будет защищать шотландскую монархию до последней капли крови, несмотря на ссоры с ней самой и с ее матерью, поселился в соседней комнате и не покидал ее ни днем ни ночью. Сын Марии, принц Джеймс, родился в среду, 19 июня между десятью и одиннадцатью утра. Роды были долгими и трудными. Тем не менее Мария не утратила чувства юмора, в самый разгар родов воскликнув, что если бы она знала, как будет больно, то никогда не вышла бы замуж.

Появившийся на свет ребенок был абсолютно здоров. Мария торжествовала, хотя сил у нее почти не осталось. Она родила законного наследника престола для своей страны — сделала то, что ожидали от женщины-правительницы. Это значительно усилило ее позиции в противостоянии с Елизаветой, у которой от этой новости испортилось настроение. Пушки Эдинбургского замка дали залп в честь рождения наследника, и начались спонтанные празднования. В Эдинбурге и пригородах жители зажгли более пятисот костров.

Два дня спустя Киллигрю навестил Марию в ее покоях. Он поздравил ее с благополучным разрешением от бремени, а королева поблагодарила посла и извинилась, что разговор будет коротким. Она все еще была в постели, и у нее болела грудь. Из-за слабости она говорила очень тихо, и ее голос все время прерывался гулким кашлем. Киллигрю провели в детскую и показали ребенка. Джеймс, как выразился посол, повторяя своего предшественника Садлера, восхищавшегося маленькой Марией, был «прекраснейшим ребенком». Сначала Киллигрю посмотрел, как мальчик «сосет грудь кормилицы», Маргариты Литтл, а затем увидел младенца «обнаженным, я имею в виду голову, руки и ноги, и насколько я могу судить, это будет пропорционально сложенный и здоровый принц».

В XVI в. роды бывали опасным для жизни событием, и женщины всегда готовились к худшему. 9 июня Мария созвала приближенных, чтобы продиктовать завещание. Были сделаны три копии: одну следовало отправить ее родственникам Гизам, вторую она оставила себе, а третью подписала, запечатала и отдала тем, кого в случае ее смерти назначат регентами. Ни одна из этих копий не сохранилась. Мы знаем лишь, что функции регента должен был исполнять коллективный орган. Дарнли не был включен в его состав или (что более вероятно) его присутствие уравновешивалось двумя независимыми регентами, одним из которых был лорд Эрскин, умеренный протестант и капитан Эдинбургского замка, которому Мария пожаловала титул графа Мара. Другой член регентского совета — полностью реабилитированный граф Аргайл. Впоследствии враги Марии утверждали, что Мария назначила регентом Босуэлла, что явно не соответствовало действительности. Несмотря на то что отчаянный граф возвысился в ее глазах, он все еще оставался противоречивой фигурой, чей буйный нрав и любовь к дуэлям делали его менее подходящим для защиты интересов ее семьи и монархии, чем Мар и Аргайл. Но и Мар, и Аргайл ненавидели Дарнли. Он пришел в ярость: условия завещания Марии возмутили Ленноксов. Киллигрю предположил, что их склонность к заговорам только усилится.

У завещания имелось приложение, в котором указывалось, кому достанутся драгоценности Марии, и это приложение сохранилось. На шестнадцати потертых и подпорченных водой листах большого формата перечислены 250 предметов, и против каждого на полях указано имя человека, которому отписывается этот предмет. Список составляли Мария Ливингстон, одна из четырех Марий, отвечавшая за драгоценности королевы, и Маргарита Карвуд, любимая фрейлина Марии. Записи на полях сделаны рукой самой Марии. Почерк неаккуратный, даже для нее. На последних месяцах беременности она несколько раз жаловалась на судороги, хотя почерк ее и так постепенно портился.

Мария написала, что это приложение к завещанию вступит в силу, если и она, и ее ребенок умрут. Она понимала, насколько близок может быть ее последний час, и неровный почерк, вероятно, отражал ее психологическое и физическое состояние. Список явно указывает на то, чем были заняты ее мысли, потому что в числе получателей наследства большинство составляли не шотландские лорды и муж, а ее родственники Гизы. Мария прожила в Шотландии больше пяти лет и, должно быть, часто чувствовала себя одиноко, поскольку так и не забыла своих связей с Францией. Впоследствии даже коротенькая записка из Франции доставляла ей удовольствие, а когда она получала письма от родственников, у нее на глазах выступали слезы радости. Из почти шестидесяти человек, присутствовавших в списке наследников, четырнадцать были из семьи Гизов. В первую очередь Мария думала о них — они шли вторыми после шотландской короны и получали львиную долю самых дорогих и роскошных предметов. Например, великолепная коллекция рубинов, жемчуга, брошей, воротников, золотых цепей, серег, а также пояс с золотой пряжкой и драгоценными камнями переходили в вечное владение семьи.

После Гизов следовали шотландские родственники Марии, а также четыре Марии и их семьи. В списке присутствовали несколько родственников королевы, преимущественно женщин и детей: графиня Аргайл, жена и старшая дочь Морея, Фрэнсис, осиротевший сын лорда Колдингема, которому Мария приходилась крестной матерью. Четыре Марии получали вещи менее ценные, но личного характера — как знак их детской дружбы.